[日本語] English
万見
- PDB-6h6d: Crystal structures of the murine class I major histocompatibility... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6h6d
タイトルCrystal structures of the murine class I major histocompatibility complex H-2Db in complex with adenovirus-derived peptide Ad10
要素
  • Beta-2-microglobulin
  • Early E1A protein
  • H-2 class I histocompatibility antigen, D-B alpha chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / MHC class I / adenovirus
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation by virus of viral protein levels in host cell / positive regulation of protein sumoylation / molecular sequestering activity / Endosomal/Vacuolar pathway / DAP12 interactions / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / ER-Phagosome pathway / DAP12 signaling / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / symbiont-mediated perturbation of host cell cycle G1/S transition checkpoint ...regulation by virus of viral protein levels in host cell / positive regulation of protein sumoylation / molecular sequestering activity / Endosomal/Vacuolar pathway / DAP12 interactions / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / ER-Phagosome pathway / DAP12 signaling / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / symbiont-mediated perturbation of host cell cycle G1/S transition checkpoint / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-dependent / beta-2-microglobulin binding / cellular defense response / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / Neutrophil degranulation / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / peptide binding / cellular response to iron(III) ion / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / negative regulation of forebrain neuron differentiation / regulation of erythrocyte differentiation / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of iron ion transport / response to molecule of bacterial origin / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / MHC class I protein complex / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / negative regulation of neurogenesis / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / MHC class II protein complex / cellular response to nicotine / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / phagocytic vesicle membrane / positive regulation of cellular senescence / peptide antigen binding / negative regulation of epithelial cell proliferation / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / regulation of protein localization / positive regulation of immune response / sensory perception of smell / positive regulation of T cell activation / negative regulation of neuron projection development / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / iron ion transport / symbiont-mediated suppression of host gene expression / T cell differentiation in thymus / protein refolding / symbiont-mediated perturbation of host ubiquitin-like protein modification / protein homotetramerization / DNA-binding transcription factor binding / intracellular iron ion homeostasis / amyloid fibril formation / molecular adaptor activity / learning or memory / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / immune response / lysosomal membrane / external side of plasma membrane / signaling receptor binding / virus-mediated perturbation of host defense response / host cell nucleus / positive regulation of cell population proliferation / protein-containing complex binding / regulation of DNA-templated transcription / structural molecule activity / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / extracellular space / metal ion binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Adenovirus early E1A protein / Early E1A protein / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / MHC class I-like antigen recognition-like ...Adenovirus early E1A protein / Early E1A protein / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Beta-2-microglobulin / H-2 class I histocompatibility antigen, D-B alpha chain / Early E1A protein
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
unidentified adenovirus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Achour, A. / Sandalova, T. / Han, X.
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal structures of H-2Db and H-2Dbm13 with cancer-associated Ad 10 peptide reveal that subtle changes in the peptide environment impact thermostability and alloreactivity
著者: Han, X. / Abualrous, E.T. / Badia-Martines, D. / Sandalova, T. / Sun, R. / van Hall, T. / Ossendorp, F. / Achour, A.
履歴
登録2018年7月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年8月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: H-2 class I histocompatibility antigen, D-B alpha chain
B: Beta-2-microglobulin
C: Early E1A protein
D: H-2 class I histocompatibility antigen, D-B alpha chain
E: Beta-2-microglobulin
F: Early E1A protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,81429
ポリマ－102,3036
非ポリマー1,51123
水2,198122
1
A: H-2 class I histocompatibility antigen, D-B alpha chain
B: Beta-2-microglobulin
C: Early E1A protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,14818
ポリマ－51,1523
非ポリマー99715
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6620 Å2
ΔGint-100 kcal/mol
Surface area19480 Å2
手法PISA
2
D: H-2 class I histocompatibility antigen, D-B alpha chain
E: Beta-2-microglobulin
F: Early E1A protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,66611
ポリマ－51,1523
非ポリマー5148
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5460 Å2
ΔGint-56 kcal/mol
Surface area19480 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)47.140, 69.240, 87.160
Angle α, β, γ (deg.)84.20, 86.69, 81.75
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21D
12B
22E

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GLYGLYPROPROAA1 - 2761 - 276
21GLYGLYPROPRODD1 - 2761 - 276
12ILEILEMETMETBB1 - 991 - 99
22ILEILEMETMETEE1 - 991 - 99

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

-
タンパク質 , 2種, 4分子 ADBE

#1: タンパク質 H-2 class I histocompatibility antigen, D-B alpha chain / H-2D(B)


分子量: 38449.129 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: H2-D1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: P01899
#2: タンパク質 Beta-2-microglobulin


分子量: 11704.359 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: B2m / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: P01887

-
タンパク質・ペプチド , 1種, 2分子 CF

#3: タンパク質・ペプチド Early E1A protein / Early E1A 32 kDa protein


分子量: 998.045 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) unidentified adenovirus (ウイルス) / 参照: UniProt: P03255

-
非ポリマー , 4種, 145分子

#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 122 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.03 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9 / 詳細: 1.8M ammonium sulphate, 0.1M Tris

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2009年9月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.34→20 Å / Num. obs: 42622 / % possible obs: 90 % / 冗長度: 3.5 % / Rsym value: 0.137 / Net I/σ(I): 8.5
反射 シェル解像度: 2.34→2.5 Å / Rmerge(I) obs: 0.64

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0135精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1N5A

1n5a


解像度: 2.4→19.98 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.922 / SU B: 9.822 / SU ML: 0.215 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.345 / ESU R Free: 0.235 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23333 2000 4.9 %RANDOM
Rwork0.19815 ---
obs0.1999 38969 96.65 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 48.314 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.09 Å20.11 Å20.04 Å2
2--0.27 Å20.32 Å2
3----0.1 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.4→19.98 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6264 0 79 122 6465
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0196532
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0050.025908
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.761.9468859
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.165313639
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.0965759
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.88523.591337
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.428151065
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.8451550
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1010.2893
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0217323
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.021571
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.9064.5263048
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.9054.5263047
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it6.1636.7693797
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other6.1636.7693798
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.4085.0123484
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other4.4055.0123484
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other7.0357.3125061
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined9.93335.3957252
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other9.93635.3977252
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A316680.07
12D316680.07
21B116760.08
22E116760.08
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.461 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.328 128 -
Rwork0.314 2498 -
obs--84.76 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る