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- PDB-6h5q: Cryo-EM structure of in vitro assembled Measles virus N into nucl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6h5q
タイトルCryo-EM structure of in vitro assembled Measles virus N into nucleocapsid-like particles (NCLPs) bound to polyA RNA hexamers.
要素
  • Nucleocapsid
  • RNA (5'-R(*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
キーワードVIRAL PROTEIN / Measles / Nucleocapsid / Helical / RNA
機能・相同性
機能・相同性情報


helical viral capsid / viral nucleocapsid / host cell cytoplasm / ribonucleoprotein complex / structural molecule activity / RNA binding
類似検索 - 分子機能
Paramyxovirus nucleocapsid protein / Paramyxovirus nucleocapsid protein
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / Nucleocapsid
類似検索 - 構成要素
生物種Measles morbillivirus (ウイルス)
synthetic construct (人工物)
手法電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Desfosses, A. / Milles, S. / Ringkjobing Jensen, M. / Guseva, S. / Colletier, J. / Maurin, D. / Schoehn, G. / Gutsche, I. / Ruigrok, R. / Blackledge, M.
資金援助 フランス, 5件
組織認可番号国
European Molecular Biology OrganizationALTF 468-2014 フランス
GRALANR-10-LABX-49-01 フランス
FRISBIANR-10-INSB-05-02 フランス
European CommissionEMBOCOFUND2012, GA-2012-600394
Fondation Recherche Medicale (FRM)ARF20160936266 フランス
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2019
タイトル: Assembly and cryo-EM structures of RNA-specific measles virus nucleocapsids provide mechanistic insight into paramyxoviral replication.
著者: Ambroise Desfosses / Sigrid Milles / Malene Ringkjøbing Jensen / Serafima Guseva / Jacques-Philippe Colletier / Damien Maurin / Guy Schoehn / Irina Gutsche / Rob W H Ruigrok / Martin Blackledge /
要旨: Assembly of paramyxoviral nucleocapsids on the RNA genome is an essential step in the viral cycle. The structural basis of this process has remained obscure due to the inability to control ...Assembly of paramyxoviral nucleocapsids on the RNA genome is an essential step in the viral cycle. The structural basis of this process has remained obscure due to the inability to control encapsidation. We used a recently developed approach to assemble measles virus nucleocapsid-like particles on specific sequences of RNA hexamers (poly-Adenine and viral genomic 5') in vitro, and determined their cryoelectron microscopy maps to 3.3-Å resolution. The structures unambiguously determine 5' and 3' binding sites and thereby the binding-register of viral genomic RNA within nucleocapsids. This observation reveals that the 3' end of the genome is largely exposed in fully assembled measles nucleocapsids. In particular, the final three nucleotides of the genome are rendered accessible to the RNA-dependent RNA polymerase complex, possibly enabling efficient RNA processing. The structures also reveal local and global conformational changes in the nucleoprotein upon assembly, in particular involving helix α6 and helix α13 that form edges of the RNA binding groove. Disorder is observed in the bound RNA, localized at one of the two backbone conformational switch sites. The high-resolution structure allowed us to identify putative nucleobase interaction sites in the RNA-binding groove, whose impact on assembly kinetics was measured using real-time NMR. Mutation of one of these sites, R195, whose sidechain stabilizes both backbone and base of a bound nucleic acid, is thereby shown to be essential for nucleocapsid-like particle assembly.
履歴
登録2018年7月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年3月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年7月31日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: refine / Item: _refine.pdbx_refine_id
改定 1.22019年11月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32019年12月11日Group: Other / カテゴリ: atom_sites
Item: _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]
改定 1.42024年5月15日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

ムービー
  • 生物学的単位 - software_defined_assembly
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-0141
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-0141
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Nucleocapsid
R: RNA (5'-R(*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,3562
ポリマ－48,3562
非ポリマー00
水00
1
B: Nucleocapsid
R: RNA (5'-R(*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
x 15


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)725,34230
ポリマ－725,34230
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation14
手法UCSF CHIMERA

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要素

#1: タンパク質 Nucleocapsid / Nucleocapsid protein


分子量: 46425.863 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Measles morbillivirus (ウイルス) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta / 参照: UniProt: B8PZP0
#2: RNA鎖 RNA (5'-R(*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')


分子量: 1930.277 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: HELICAL ARRAY / ３次元再構成法: らせん対称体再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1Measles virus Nucleoprotein assembled into nucleocapsid-like particles (NCLPs) bound to polyA RNA hexamers.COMPLEXall0MULTIPLE SOURCES
2Measles virus NucleoproteinCOMPLEX#11RECOMBINANT
3polyA RNACOMPLEX#21RECOMBINANT
分子量単位: KILODALTONS/NANOMETER / 実験値: NO
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
22Measles virus (ウイルス)11234
33synthetic construct (人工物)32630
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
22Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)469008
33synthetic construct (人工物)32630
緩衝液pH: 6 / 詳細: 50 mM Na-phosphate pH 6, 150 mM NaCl, 2 mM DTT
試料濃度: 1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 293.15 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI POLARA 300
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 23000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 3 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 nm / Cs: 2 mm / アライメント法: COMA FREE
撮影平均露光時間: 4 sec. / 電子線照射量: 30 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 186
画像スキャンサンプリングサイズ: 5 µm / 横: 4000 / 縦: 4000 / 動画フレーム数/画像: 40 / 利用したフレーム数/画像: 2-20

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1RELION2.1粒子像選択
2LatitudeS画像取得
4GctfCTF補正
9SPRING初期オイラー角割当
10RELION2.1最終オイラー角割当
12RELION３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
らせん対称回転角度/サブユニット: -29.17105583 ° / 軸方向距離/サブユニット: 3.920265781 Å / らせん対称軸の対称性: C1
粒子像の選択選択した粒子像数: 111582
3次元再構成解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 111582 / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 対称性のタイプ: HELICAL
精密化最高解像度: 3.3 Å

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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