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- PDB-6h5o: Crystal structure of PBP2a from MRSA in complex with piperacillin... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6h5o
タイトルCrystal structure of PBP2a from MRSA in complex with piperacillin at active site.
要素Penicillin binding protein 2 prime
キーワードHYDROLASE / Penicillin Binding Protein
機能・相同性
機能・相同性情報


peptidoglycan L,D-transpeptidase activity / serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase / serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase activity / penicillin binding / cell wall organization / response to antibiotic / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Penicillin-binding protein 2a; domain 3 / NTF2-like; domain 1 / NTF2-like N-terminal transpeptidase / NTF2-like N-terminal transpeptidase domain / Penicillin-binding protein 2a (Domain 2) / Penicillin-binding protein 2a (Domain 2) / Ribosomal Protein L30; Chain: A, / Penicillin-binding protein, dimerisation domain / Penicillin-binding Protein dimerisation domain / Penicillin-binding protein, dimerisation domain superfamily ...Penicillin-binding protein 2a; domain 3 / NTF2-like; domain 1 / NTF2-like N-terminal transpeptidase / NTF2-like N-terminal transpeptidase domain / Penicillin-binding protein 2a (Domain 2) / Penicillin-binding protein 2a (Domain 2) / Ribosomal Protein L30; Chain: A, / Penicillin-binding protein, dimerisation domain / Penicillin-binding Protein dimerisation domain / Penicillin-binding protein, dimerisation domain superfamily / : / Penicillin-binding protein, transpeptidase / Penicillin binding protein transpeptidase domain / NTF2-like domain superfamily / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, / Beta-lactamase / DD-peptidase/beta-lactamase superfamily / Beta-lactamase/transpeptidase-like / Roll / Alpha-Beta Complex / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Piperacillin (Open Form) / Penicillin binding protein 2 prime / Penicillin binding protein 2 prime
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.82 Å
データ登録者Batuecas, M.T. / Martinez-Caballero, S. / Hermoso, J.A.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)1R01AI116548 米国
引用ジャーナル: Antimicrob.Agents Chemother. / 年: 2019
タイトル: The Quinazolinone Allosteric Inhibitor of PBP 2a Synergizes with Piperacillin and Tazobactam against Methicillin-Resistant Staphylococcus aureus.
著者: Janardhanan, J. / Bouley, R. / Martinez-Caballero, S. / Peng, Z. / Batuecas-Mordillo, M. / Meisel, J.E. / Ding, D. / Schroeder, V.A. / Wolter, W.R. / Mahasenan, K.V. / Hermoso, J.A. / Mobashery, S. / Chang, M.
履歴
登録2018年7月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年8月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年9月9日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / struct_conn / struct_conn_type
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id
改定 1.22022年3月30日Group: Author supporting evidence / Database references / カテゴリ: database_2 / pdbx_audit_support
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32024年1月17日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.42024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Penicillin binding protein 2 prime
B: Penicillin binding protein 2 prime
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)148,62413
ポリマ－146,5732
非ポリマー2,05111
水2,018112
1
A: Penicillin binding protein 2 prime
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,70610
ポリマ－73,2871
非ポリマー1,4199
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Penicillin binding protein 2 prime
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,9193
ポリマ－73,2871
非ポリマー6322
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)80.713, 105.014, 185.624
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ASP / Beg label comp-ID: ASP / End auth comp-ID: GLU / End label comp-ID: GLU / Refine code: _ / Auth seq-ID: 27 - 668 / Label seq-ID: 1 - 642

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

-
要素

#1: タンパク質 Penicillin binding protein 2 prime


分子量: 73286.656 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (strain Mu50 / ATCC 700699) (黄色ブドウ球菌)
株: Mu50 / ATCC 700699 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: A0A0J9X1X5, UniProt: A0A0H3JPA5*PLUS, serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase
#2: 化合物 ChemComp-JPP / Piperacillin (Open Form)


分子量: 519.571 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C23H29N5O7S
#3: 化合物
ChemComp-CD / CADMIUM ION


分子量: 112.411 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 112 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.45 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 20% PEG 1000, 0.1M HEPES pH 7, 0.016M Cadmium Chloride, 0.8M Sodium Chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.97926 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年2月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97926 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.82→46.45 Å / Num. obs: 38700 / % possible obs: 99.61 % / 冗長度: 8.7 % / Rpim(I) all: 0.025 / Net I/σ(I): 11.4
反射 シェル解像度: 2.82→2.92 Å / Rpim(I) all: 0.68

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0230精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1VQQ

1vqq


解像度: 2.82→46.45 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.922 / SU B: 30.55 / SU ML: 0.529 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.467 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.31064 1856 4.8 %RANDOM
Rwork0.24097 ---
obs0.24439 36832 99.65 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 121.859 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.95 Å20 Å20 Å2
2---2.35 Å20 Å2
3---1.4 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.82→46.45 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9900 0 81 112 10093
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.01410140
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0179332
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1331.66913644
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.7951.66321956
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.38151229
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.32425.768508
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.432151982
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.1811523
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0570.21327
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0211168
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021740
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it7.71512.134931
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other7.70712.134930
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it11.89318.1826155
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other11.89218.1816156
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it7.4412.8095209
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other7.43712.8095206
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other11.89618.9087488
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined16.8211696
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other16.81211691
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 17905 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.15 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 2.82→2.893 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.569 144 -
Rwork0.567 2683 -
obs--99.82 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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