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- PDB-6h4e: Proteus mirabilis N-acetylneuraminate lyase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6h4e
タイトルProteus mirabilis N-acetylneuraminate lyase
要素Putative N-acetylneuraminate lyase
キーワードLYASE / sialic acid / N-acetylneuraminate lyase / NAL
機能・相同性
機能・相同性情報


N-acetylneuraminate lyase activity / N-acetylneuraminate catabolic process / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
DapA-like / Dihydrodipicolinate synthetase family / Dihydrodipicolinate synthetase family / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
N-acetylneuraminate lyase
類似検索 - 構成要素
生物種Proteus mirabilis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.561 Å
データ登録者North, R.A. / Garcia-Bonete, M.J. / Goyal, P. / Katona, G. / Dobson, R.C.J. / Friemann, R.
資金援助 ニュージーランド, スウェーデン, 4件
組織認可番号国
Royal Society of New ZealandUOC1506 ニュージーランド
Swedish Research Council2011-5790 スウェーデン
Swedish Research Council2010-1759 スウェーデン
European Molecular Biology Organization584-2014 ニュージーランド
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: The structure of Proteus mirabilis N-acetylneuraminate lyase reveals an intermolecular disulphide bond
著者: North, R.A. / Garcia-Bonete, M.J. / Goyal, P. / Katona, G. / Dobson, R.C.J. / Friemann, R.
履歴
登録2018年7月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年6月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative N-acetylneuraminate lyase
B: Putative N-acetylneuraminate lyase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,5094
ポリマ－63,3172
非ポリマー1922
水11,800655
1
A: Putative N-acetylneuraminate lyase
B: Putative N-acetylneuraminate lyase
ヘテロ分子

A: Putative N-acetylneuraminate lyase
B: Putative N-acetylneuraminate lyase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)127,0178
ポリマ－126,6334
非ポリマー3844
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
Buried area10470 Å2
ΔGint-150 kcal/mol
Surface area40200 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)80.777, 81.984, 106.839
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-727-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Putative N-acetylneuraminate lyase


分子量: 31658.285 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Proteus mirabilis (strain HI4320) (バクテリア)
株: HI4320 / 遺伝子: PMI2973 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: B4EZY4
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 655 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.97 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 0.5 M ammonium sulfate, 1 M lithium sulfate monohydrate, 0.1 M sodium citrate tribasic dehydrate, pH 5.6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.8729 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年7月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8729 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.56→44.76 Å / Num. obs: 100351 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.149 / Rrim(I) all: 0.162 / Net I/σ(I): 7.8
反射 シェル解像度: 1.56→1.65 Å / Rmerge(I) obs: 0.664 / Rrim(I) all: 0.72

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10.1_2155精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1nal

1nal


解像度: 1.561→44.757 Å / SU ML: 0.13 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.35
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1806 4910 4.9 %
Rwork0.1663 --
obs0.167 100268 98.94 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 50.38 Å2 / Biso mean: 11.4543 Å2 / Biso min: 3.18 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.561→44.757 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4448 0 10 657 5115
Biso mean--21.31 20.72 -
残基数----590
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0054566
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.826196
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.053698
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005802
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.4362720
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.5606-1.57840.2491540.22732957311193
1.5784-1.59690.25481640.21813129329399
1.5969-1.61640.26651810.21183106328798
1.6164-1.63690.20591530.2043114326799
1.6369-1.65840.24731450.20743131327699
1.6584-1.68110.23511630.19623121328498
1.6811-1.70510.21461740.18793138331299
1.7051-1.73060.21251720.17983138331099
1.7306-1.75760.22821530.19063125327898
1.7576-1.78650.2461680.18723156332499
1.7865-1.81730.19331250.17943155328099
1.8173-1.85030.19411300.17193207333799
1.8503-1.88590.18781790.16673140331999
1.8859-1.92440.16781780.15483151332999
1.9244-1.96620.16781820.15393125330799
1.9662-2.0120.18881630.15663190335399
2.012-2.06230.19111700.16023187335799
2.0623-2.11810.1891760.16123131330799
2.1181-2.18040.1721680.1593200336899
2.1804-2.25080.17051480.15173185333399
2.2508-2.33120.17951740.155631973371100
2.3312-2.42450.16751480.15532003348100
2.4245-2.53490.18331440.163632383382100
2.5349-2.66850.19691520.166332403392100
2.6685-2.83570.2081410.167732413382100
2.8357-3.05450.17332230.16731933416100
3.0545-3.36180.14941890.156832323421100
3.3618-3.84810.15411650.147432963461100
3.8481-4.84730.14351700.142332843454100
4.8473-44.77520.15961580.18643451360999

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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