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万見
- PDB-6h3e: Receptor-bound Ghrelin conformation -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6h3e
タイトルReceptor-bound Ghrelin conformation
要素Appetite-regulating hormone
キーワードHORMONE / Neuropeptide / acyl chain / growth hormone secretagogue receptor / GPCR / lipopeptide hormone / obesity / diabetes / addiction.
機能・相同性
機能・相同性情報


ghrelin receptor binding / positive regulation of bone development / positive regulation of gastric mucosal blood circulation / negative regulation of locomotion / cortisol secretion / positive regulation of small intestinal transit / growth hormone-releasing hormone activity / negative regulation of circadian sleep/wake cycle, REM sleep / positive regulation of circadian sleep/wake cycle, non-REM sleep / regulation of response to food ...ghrelin receptor binding / positive regulation of bone development / positive regulation of gastric mucosal blood circulation / negative regulation of locomotion / cortisol secretion / positive regulation of small intestinal transit / growth hormone-releasing hormone activity / negative regulation of circadian sleep/wake cycle, REM sleep / positive regulation of circadian sleep/wake cycle, non-REM sleep / regulation of response to food / regulation of gastric motility / regulation of transmission of nerve impulse / gastric acid secretion / positive regulation of corticotropin secretion / positive regulation of cortisol secretion / growth hormone secretion / positive regulation of growth rate / positive regulation of eating behavior / positive regulation of small intestine smooth muscle contraction / positive regulation of appetite / adult feeding behavior / positive regulation of growth hormone secretion / protein tyrosine kinase activator activity / positive regulation of growth hormone receptor signaling pathway / positive regulation of multicellular organism growth / actin polymerization or depolymerization / positive regulation of synapse assembly / cartilage development / negative regulation of interleukin-1 beta production / positive regulation of vascular endothelial cell proliferation / regulation of postsynapse organization / postsynaptic modulation of chemical synaptic transmission / positive regulation of sprouting angiogenesis / dendrite development / negative regulation of endothelial cell proliferation / positive regulation of insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / negative regulation of interleukin-6 production / negative regulation of tumor necrosis factor production / decidualization / Synthesis, secretion, and deacylation of Ghrelin / positive regulation of adipose tissue development / negative regulation of insulin secretion / hormone-mediated signaling pathway / negative regulation of angiogenesis / response to electrical stimulus / synapse assembly / Peptide ligand-binding receptors / excitatory postsynaptic potential / response to hormone / G protein-coupled receptor binding / negative regulation of inflammatory response / positive regulation of insulin secretion / Schaffer collateral - CA1 synapse / response to estrogen / glucose metabolic process / positive regulation of cold-induced thermogenesis / regulation of cell population proliferation / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / G alpha (q) signalling events / secretory granule lumen / postsynapse / positive regulation of MAPK cascade / G protein-coupled receptor signaling pathway / endoplasmic reticulum lumen / axon / glutamatergic synapse / negative regulation of apoptotic process / extracellular space / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Preproghrelin peptide / Motilin/ghrelin-associated peptide / Motilin/ghrelin / Motilin/ghrelin-associated peptide / Motilin/ghrelin
類似検索 - ドメイン・相同性
octan-1-amine / Appetite-regulating hormone
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / molecular dynamics
データ登録者Ferre, G. / Damian, M. / M'Kadmi, C. / Saurel, O. / Czaplicki, G. / Demange, P. / Marie, J. / Fehrentz, J.A. / Baneres, J.L. / Milon, A.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
French National Research AgencyANR-17-CE11-0011-03 フランス
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2019
タイトル: Structure and dynamics of G protein-coupled receptor-bound ghrelin reveal the critical role of the octanoyl chain.
著者: Ferre, G. / Louet, M. / Saurel, O. / Delort, B. / Czaplicki, G. / M'Kadmi, C. / Damian, M. / Renault, P. / Cantel, S. / Gavara, L. / Demange, P. / Marie, J. / Fehrentz, J.A. / Floquet, N. / ...著者: Ferre, G. / Louet, M. / Saurel, O. / Delort, B. / Czaplicki, G. / M'Kadmi, C. / Damian, M. / Renault, P. / Cantel, S. / Gavara, L. / Demange, P. / Marie, J. / Fehrentz, J.A. / Floquet, N. / Milon, A. / Baneres, J.L.
履歴
登録2018年7月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年7月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年8月21日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22019年8月28日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.32019年9月4日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.42023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Appetite-regulating hormone
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,2602
ポリマ－2,1301
非ポリマー1291
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: mass spectrometry, The peptide primary structure has been verified by mass spectrometry.
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area100 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area2140 Å2
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 1000structures with the least restraint violations
代表モデルモデル #1fewest violations

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Appetite-regulating hormone / Growth hormone secretagogue / Growth hormone-releasing peptide / Motilin-related peptide / Protein M46


分子量: 2130.301 Da / 分子数: 1 / 変異: S3D / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9UBU3
#2: 化合物 ChemComp-FKZ / octan-1-amine / オクチルアミン


分子量: 129.243 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H19N

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-1H NOESY
161isotropic12D 1H-1H TOCSY
122isotropic12D 1H-1H NOESY
152isotropic12D 1H-1H TOCSY
133isotropic13D 1H-1H-15N NOESY-HMQC
173isotropic12D 1H-15N SOFAST-HMQC
144isotropic13D 1H-1H-15N NOESY-HMQC
184isotropic12D 1H-15N SOFAST-HMQC

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容詳細Label溶媒系
solution11.37 mM [U-15N]-Phe-Leu-Val Ghrelin 1-18, 2.05 uM [U-2H] Ghrelin receptor, 90% H2O/10% D2OGhrelin receptor (growth hormone secretagogue receptor, GHSR) reconstituted in POPC/POPG 3/2 mol/mol nanodiscs.Ghrelin total binding for 1H1H-NOESY90% H2O/10% D2O
solution21.37 mM [U-15N]-Phe-Leu-Val Ghrelin 1-18, 2.05 uM [U-2H] Ghrelin receptor, 2.05 uM JMV5327, 90% H2O/10% D2OGhrelin receptor (growth hormone secretagogue receptor, GHSR) reconstituted in POPC/POPG 3/2 mol/mol nanodiscs.Ghrelin unspecific binding for 1H1H-NOESY90% H2O/10% D2O
solution31.15 mM [U-15N]-Phe-Leu-Val-Ser-Gln-Glu Ghrelin 1-18, 1.72 uM [U-2H] Ghrelin receptor, 90% H2O/10% D2OGhrelin receptor (growth hormone secretagogue receptor, GHSR) reconstituted in POPC/POPG 3/2 mol/mol nanodiscs.Ghrelin total binding for 1H1H15N-NOESY-HMQC90% H2O/10% D2O
solution41.15 mM [U-15N]-Phe-Leu-Val-Ser-Gln-Glu Ghrelin 1-18, 1.72 uM [U-2H] Ghrelin receptor, 1.72 uM JMV5327, 90% H2O/10% D2OGhrelin receptor (growth hormone secretagogue receptor, GHSR) reconstituted in POPC/POPG 3/2 mol/mol nanodiscs.Ghrelin unspecific binding for 1H1H15N-NOESY-HMQC90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1.37 mMGhrelin 1-18[U-15N]-Phe-Leu-Val1
2.05 uMGhrelin receptor[U-2H]1
1.37 mMGhrelin 1-18[U-15N]-Phe-Leu-Val2
2.05 uMGhrelin receptor[U-2H]2
2.05 uMJMV5327natural abundance2
1.15 mMGhrelin 1-18[U-15N]-Phe-Leu-Val-Ser-Gln-Glu3
1.72 uMGhrelin receptor[U-2H]3
1.15 mMGhrelin 1-18[U-15N]-Phe-Leu-Val-Ser-Gln-Glu4
1.72 uMGhrelin receptor[U-2H]4
1.72 uMJMV5327natural abundance4
試料状態詳細: The buffer is 20mM [U-2H]-MES pH 6.5, 100mM KCl, 100uM DSS, 10%vol D2O.
イオン強度: 100 KCl mM / Label: Conditions for all samples / pH: 6.5 / PH err: 0.1 / 圧: 1 atm / 温度: 280 K / Temperature err: 1

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE III / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE III / 磁場強度: 700 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
TopSpin3.5Bruker Biospincollection
TopSpin3.2Bruker Biospin解析
Sparky1.2T. D. Goddard and D. G. Kneller, SPARKY 3, University of California, San Franciscopeak picking
Amber14Case, Darden, Cheatham III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, ... and Kollmanstructure calculation
精密化手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 3
代表構造選択基準: fewest violations
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 1000 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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