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- PDB-6h3d: Staphylopine dehydrogenase in complex with xNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6h3d
タイトルStaphylopine dehydrogenase in complex with xNA
要素DUF2338 domain-containing protein
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / staphylopine biosynthesis
機能・相同性staphylopine dehydrogenase / : / Opine metallophore dehydrogenase / Staphylopine dehydrogenase / oxidoreductase activity / D-HISTIDINE / Chem-NDP / Staphylopine synthase / :
機能・相同性情報
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Hajjar, C. / Arnoux, P.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
French National Research AgencyANR-14-CE09-0007-02 フランス
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2019
タイトル: Control by Metals of Staphylopine Dehydrogenase Activity during Metallophore Biosynthesis.
著者: Hajjar, C. / Fanelli, R. / Laffont, C. / Brutesco, C. / Cullia, G. / Tribout, M. / Nurizzo, D. / Borezee-Durant, E. / Voulhoux, R. / Pignol, D. / Lavergne, J. / Cavelier, F. / Arnoux, P.
履歴
登録2018年7月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年4月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / software
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DUF2338 domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,3875
ポリマ－51,1991
非ポリマー1,1884
水2,306128
1
A: DUF2338 domain-containing protein
ヘテロ分子

A: DUF2338 domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)104,77310
ポリマ－102,3972
非ポリマー2,3768
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565-x,-y+1,z1
Buried area7240 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area35740 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)185.090, 48.750, 59.400
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 DUF2338 domain-containing protein


分子量: 51198.660 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
遺伝子: RK60_12795, RK98_07680, RL06_05590, SAMEA3448991_00758
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1K7Y513, UniProt: A0A0H3JT80*PLUS

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非ポリマー , 5種, 132分子

#2: 化合物 ChemComp-NDP / NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NADPH


分子量: 745.421 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H30N7O17P3
#3: 化合物 ChemComp-DHI / D-HISTIDINE


タイプ: D-peptide linking / 分子量: 156.162 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H10N3O2
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 128 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 53 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2M ammonium acetate, 22% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-1 / 波長: 0.966 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年4月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.966 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→92.54 Å / Num. obs: 142598 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 4.1 % / Net I/σ(I): 2.3
反射 シェル解像度: 2.05→2.1 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
XDSデータ削減
autoPROCデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6GMZ

6gmz


解像度: 2.05→92.54 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.959 / SU B: 5.966 / SU ML: 0.146 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.185 / ESU R Free: 0.162 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22852 1733 5.1 %RANDOM
Rwork0.19162 ---
obs0.19344 32581 99.2 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 54.126 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.73 Å20 Å20 Å2
2---2.86 Å20 Å2
3---3.59 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.05→92.54 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3476 0 78 128 3682
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.0193692
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.023385
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.2252.0055001
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.15237899
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.4975429
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.18724.911169
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.66315661
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.3471515
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1330.2554
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0213945
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02724
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it5.0184.9641716
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other5.014.9611715
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it6.3157.4412142
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other6.3187.4442143
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it6.925.9211976
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other6.9195.9221976
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other10.0658.5892859
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined12.01459.8864125
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other12.01659.8364112
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.052→2.105 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.409 124 -
Rwork0.426 2368 -
obs--99.4 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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