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万見
- PDB-6h30: The crystal structure of SBD1-SBD2 tandem of GlnPQ transporter -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6h30
タイトルThe crystal structure of SBD1-SBD2 tandem of GlnPQ transporter
要素Glutamine ABC transporter permease and substrate binding protein protein
キーワードTRANSPORT PROTEIN / GLUTAMINE BINDING PROTEIN / AMINO ACID TRANSPORT
機能・相同性
機能・相同性情報


peptide transport / ligand-gated monoatomic ion channel activity / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / protein transport
類似検索 - 分子機能
Amino acid ABC transporter, permease protein, 3-TM domain / Solute-binding protein family 3, conserved site / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 3 signature. / ABC transporter type 1, transmembrane domain MetI-like / MetI-like superfamily / Binding-protein-dependent transport system inner membrane component / ABC transporter integral membrane type-1 domain profile. / Bacterial periplasmic substrate-binding proteins / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 3 / Solute-binding protein family 3/N-terminal domain of MltF ...Amino acid ABC transporter, permease protein, 3-TM domain / Solute-binding protein family 3, conserved site / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 3 signature. / ABC transporter type 1, transmembrane domain MetI-like / MetI-like superfamily / Binding-protein-dependent transport system inner membrane component / ABC transporter integral membrane type-1 domain profile. / Bacterial periplasmic substrate-binding proteins / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 3 / Solute-binding protein family 3/N-terminal domain of MltF / Ionotropic glutamate receptor / Eukaryotic homologues of bacterial periplasmic substrate binding proteins. / Periplasmic binding protein-like II / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TRIETHYLENE GLYCOL / Glutamine ABC transporter permease and substrate binding protein protein
類似検索 - 構成要素
生物種Lactococcus lactis subsp. lactis Il1403 (乳酸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Schuurman-Wolters, G.K. / Guskov, A. / Poolman, B.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: The crystal structure of SBD1-SBD2 tandem of GlnPQ transporter
著者: Schuurman-Wolters, G.K. / Guskov, A. / Poolman, B.
履歴
登録2018年7月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年8月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glutamine ABC transporter permease and substrate binding protein protein
B: Glutamine ABC transporter permease and substrate binding protein protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)107,42849
ポリマ－100,6612
非ポリマー6,76747
水4,216234
1
A: Glutamine ABC transporter permease and substrate binding protein protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,01833
ポリマ－50,3301
非ポリマー4,68732
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Glutamine ABC transporter permease and substrate binding protein protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,41016
ポリマ－50,3301
非ポリマー2,07915
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)93.560, 187.033, 134.432
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Glutamine ABC transporter permease and substrate binding protein protein


分子量: 50330.340 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: GM at the N-terminus is the cloning artefact
由来: (組換発現) Lactococcus lactis subsp. lactis Il1403 (乳酸菌)
遺伝子: glnP, L165 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9CES5

-
非ポリマー , 7種, 281分子

#2: 化合物...
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 30 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#3: 化合物
ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 化合物
ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル


分子量: 238.278 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22O6 / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 化合物 ChemComp-PE5 / 3,6,9,12,15,18,21,24-OCTAOXAHEXACOSAN-1-OL / 2-(2-{2-[2-(2-{2-[2-(2-ETHOXY-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHOXY)-ETHANOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG400 / オクタエチレングリコ-ルモノエチルエ-テル


分子量: 398.489 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H38O9 / コメント: 沈殿剤*YM
#7: 化合物
ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 234 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.89 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 125 mM MES pH 6.0, 25 % PEG200, 6.25% PEG3350 and 50 mM NaF

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年1月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→20 Å / Num. obs: 29326 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.14 / Net I/σ(I): 4
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.12_2829: ???)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4KPT

4kpt


解像度: 2.8→19.974 Å / SU ML: 0.41 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 23.94
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2399 1490 5.08 %
Rwork0.1638 --
obs0.1676 29325 100 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→19.974 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7010 0 445 234 7689
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0087582
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.06310075
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.1564519
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0551046
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071253
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.8-2.89020.36011430.27332476X-RAY DIFFRACTION100
2.8902-2.99310.32111430.24632518X-RAY DIFFRACTION100
2.9931-3.11250.29761260.2152491X-RAY DIFFRACTION100
3.1125-3.25360.28551350.20842486X-RAY DIFFRACTION100
3.2536-3.42440.29941490.18872493X-RAY DIFFRACTION100
3.4244-3.63770.24271080.16622540X-RAY DIFFRACTION100
3.6377-3.91660.23061390.14842530X-RAY DIFFRACTION100
3.9166-4.30720.19281410.13242527X-RAY DIFFRACTION100
4.3072-4.92230.21721360.12472541X-RAY DIFFRACTION100
4.9223-6.17110.19841500.14172557X-RAY DIFFRACTION100
6.1711-19.97430.20781200.15232676X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.01061.2810.11482.4506-0.22140.9951-0.0770.20370.1453-0.10480.0128-0.0665-0.0088-0.01120.05650.34680.0671-0.00420.33130.06730.2975-56.1679-57.105878.8535
23.9249-0.87880.62820.975-0.18711.07770.12890.1044-0.1336-0.0525-0.082-0.17940.14240.1666-0.05170.39620.0155-0.00650.2714-0.0180.293-22.2761-77.639890.6142
33.7399-2.28870.30154.945-0.67441.4870.03810.33170.0027-0.2845-0.04790.19370.17210.0050.00840.3903-0.08620.03750.33770.01090.2989-17.5095-65.891356.0228
42.51951.15581.9264-0.27880.70761.31940.34151.761-0.7010.04690.163-0.16640.10980.47320.03390.58830.0845-0.01921.0234-0.26240.6728-55.459-78.629650.9446
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 28 through 261 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 262 through 483 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 29 through 237 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 238 through 481 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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