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- PDB-3pol: 2.3 Angstrom Crystal Structure of 3-deoxy-manno-octulosonate Cyti... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3pol
タイトル2.3 Angstrom Crystal Structure of 3-deoxy-manno-octulosonate Cytidylyltransferase (kdsB) from Acinetobacter baumannii.
要素3-deoxy-manno-octulosonate cytidylyltransferase
キーワードTRANSFERASE / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / Alpha and beta proteins (a/b) / Nucleotide-diphospho-sugar transferases / Cytidylytransferase
機能・相同性
機能・相同性情報


3-deoxy-manno-octulosonate cytidylyltransferase / 3-deoxy-manno-octulosonate cytidylyltransferase activity / CMP-keto-3-deoxy-D-manno-octulosonic acid biosynthetic process / lipopolysaccharide biosynthetic process / cytosol
類似検索 - 分子機能
3-deoxy-D-manno-octulosonate cytidylyltransferase / Acylneuraminate cytidylyltransferase / Cytidylyltransferase / Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A / Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A / Nucleotide-diphospho-sugar transferases / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
3-deoxy-manno-octulosonate cytidylyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Acinetobacter baumannii (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Minasov, G. / Halavaty, A. / Shuvalova, L. / Dubrovska, I. / Winsor, J. / Papazisi, L. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: 2.3 Angstrom Crystal Structure of 3-deoxy-manno-octulosonate Cytidylyltransferase (kdsB) from Acinetobacter baumannii.
著者: Minasov, G. / Halavaty, A. / Shuvalova, L. / Dubrovska, I. / Winsor, J. / Papazisi, L. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
履歴
登録2010年11月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年12月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 3-deoxy-manno-octulosonate cytidylyltransferase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,2061
ポリマ－31,2061
非ポリマー00
水1,49583
1
A: 3-deoxy-manno-octulosonate cytidylyltransferase

A: 3-deoxy-manno-octulosonate cytidylyltransferase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,4132
ポリマ－62,4132
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,y,-z1
Buried area3040 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area23700 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)107.702, 40.832, 56.491
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 97.23, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 3-deoxy-manno-octulosonate cytidylyltransferase / CMP-2-keto-3-deoxyoctulosonic acid synthase / CKS / CMP-KDO synthase


分子量: 31206.363 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Acinetobacter baumannii (バクテリア)
株: ATCC 17978 / 遺伝子: A1S_1557, kdsB / プラスミド: pCR2.1-TOPO / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta 2(DE3)pLysS
参照: UniProt: A3M4Z0, 3-deoxy-manno-octulosonate cytidylyltransferase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 83 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.7 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: Protein: 7mg/mL, 0.1M Sodium cloride, Tris-HCl (pH 8.3); Screen: Classics II (D7), 0.1M Bis-Tris pH 6.5, 25% (w/v) PEG 3350. , VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年11月8日 / 詳細: Beryllium lenses
放射モノクロメーター: Diamond / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→30 Å / Num. all: 11015 / Num. obs: 11015 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 39.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 15.3
反射 シェル解像度: 2.3→2.34 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.331 / Mean I/σ(I) obs: 4 / Num. unique all: 548 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-IceMaxデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0102精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1VH1

1vh1


解像度: 2.3→28.02 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.933 / SU B: 15.254 / SU ML: 0.167 / Isotropic thermal model: Individually refined / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.25 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22275 1073 9.8 %RANDOM
Rwork0.17586 ---
all0.18052 9822 --
obs0.18052 9822 98.68 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 35.236 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.41 Å2-0 Å22.73 Å2
2---1.44 Å20 Å2
3---2.54 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→28.02 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2066 0 0 83 2149
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0222113
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021436
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4891.9772867
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.84333513
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg3.0175262
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.77524.563103
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.3615376
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.6251517
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0790.2327
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0212353
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02394
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2661.51318
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.3391.5523
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.23122137
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.6523795
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.8634.5730
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.359 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.323 82 -
Rwork0.208 707 -
obs-707 99.37 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.0485-2.1894-0.42775.46050.91911.4715-0.04890.0765-0.15950.22850.0068-0.0416-0.0248-0.01250.04220.066-0.0267-0.01740.0107-0.0040.024727.489327.318116.5595
21.7237-1.1422-0.90641.76510.09482.9602-0.1157-0.1192-0.07550.3560.1139-0.0668-0.08180.19870.00170.09620.0009-0.03670.01630.00180.029832.479325.547318.8187
32.94690.3564-0.80193.7107-1.00493.1250.10190.16890.3385-0.2137-0.05560.1664-0.26570.1201-0.04630.04130.02-0.0110.18480.00880.041445.624536.4604-2.7377
41.81721.0721-1.0961.64350.12931.44970.0472-0.3014-0.0670.1265-0.1259-0.0788-0.0530.31840.07870.0442-0.0201-0.02930.1140.02720.012546.710527.490410.1296
55.44851.66055.13915.29-0.50616.22720.12720.3753-0.05590.1356-0.1716-0.13560.12970.18250.04440.1063-0.013-0.03140.1384-0.01030.063520.552141.497110.1471
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A-8 - 43
2X-RAY DIFFRACTION2A44 - 114
3X-RAY DIFFRACTION3A115 - 182
4X-RAY DIFFRACTION4A183 - 233
5X-RAY DIFFRACTION5A234 - 253

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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