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- PDB-6h2v: Crystal structure of human METTL5-TRMT112 complex, the 18S rRNA m... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6h2v
タイトルCrystal structure of human METTL5-TRMT112 complex, the 18S rRNA m6A1832 methyltransferase at 2.5A resolution
要素
  • Methyltransferase-like protein 5
  • Multifunctional methyltransferase subunit TRM112-like protein
キーワードTRANSFERASE / rRNA maturation / methyltransferase / translation / ribosome synthesis
機能・相同性
機能・相同性情報


rRNA (adenine-N6-)-methyltransferase activity / peptidyl-glutamine methylation / tRNA (m2G10) methyltransferase complex / rRNA (guanine-N7)-methylation / tRNA methyltransferase activator activity / tRNA modification in the nucleus and cytosol / Methylation / protein methyltransferase activity / tRNA methylation / positive regulation of rRNA processing ...rRNA (adenine-N6-)-methyltransferase activity / peptidyl-glutamine methylation / tRNA (m2G10) methyltransferase complex / rRNA (guanine-N7)-methylation / tRNA methyltransferase activator activity / tRNA modification in the nucleus and cytosol / Methylation / protein methyltransferase activity / tRNA methylation / positive regulation of rRNA processing / S-adenosyl-L-methionine binding / rRNA methylation / rRNA modification in the nucleus and cytosol / Eukaryotic Translation Termination / maturation of LSU-rRNA / transcription initiation-coupled chromatin remodeling / 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの / positive regulation of translation / cell projection / maturation of SSU-rRNA / stem cell differentiation / fibrillar center / rRNA processing / presynapse / nucleic acid binding / postsynapse / protein heterodimerization activity / nucleolus / perinuclear region of cytoplasm / protein-containing complex / nucleoplasm / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Multifunctional methyltransferase subunit Trm112 / Trm112-like / Trm112p-like protein / Methyltransferase small domain / Methyltransferase small domain / N-6 Adenine-specific DNA methylases signature. / DNA methylase, N-6 adenine-specific, conserved site / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / S-ADENOSYLMETHIONINE / rRNA N(6)-adenosine-methyltransferase METTL5 / Multifunctional methyltransferase subunit TRM112-like protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.49 Å
データ登録者van Tran, N. / Graille, M.
資金援助 フランス, 2件
組織認可番号国
French National Research AgencyANR-14-CE09-0016 フランス
French National Research AgencyANR-16-CE11-0003 フランス
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2019
タイトル: The human 18S rRNA m6A methyltransferase METTL5 is stabilized by TRMT112.
著者: van Tran, N. / Ernst, F.G.M. / Hawley, B.R. / Zorbas, C. / Ulryck, N. / Hackert, P. / Bohnsack, K.E. / Bohnsack, M.T. / Jaffrey, S.R. / Graille, M. / Lafontaine, D.L.J.
履歴
登録2018年7月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年7月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年9月18日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Methyltransferase-like protein 5
B: Multifunctional methyltransferase subunit TRM112-like protein
C: Methyltransferase-like protein 5
D: Multifunctional methyltransferase subunit TRM112-like protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,68618
ポリマ－77,7464
非ポリマー1,94014
水50428
1
A: Methyltransferase-like protein 5
B: Multifunctional methyltransferase subunit TRM112-like protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,8249
ポリマ－38,8732
非ポリマー9517
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3650 Å2
ΔGint-48 kcal/mol
Surface area15940 Å2
手法PISA
2
C: Methyltransferase-like protein 5
D: Multifunctional methyltransferase subunit TRM112-like protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,8629
ポリマ－38,8732
非ポリマー9897
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3000 Å2
ΔGint-41 kcal/mol
Surface area14480 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.380, 105.894, 169.239
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

-
タンパク質 , 2種, 4分子 ACBD

#1: タンパク質 Methyltransferase-like protein 5


分子量: 24581.426 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: METTL5, DC3, HSPC133 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9NRN9, 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの
#2: タンパク質 Multifunctional methyltransferase subunit TRM112-like protein / tRNA methyltransferase 112 homolog


分子量: 14291.479 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TRMT112, AD-001, HSPC152, HSPC170 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9UI30

-
非ポリマー , 6種, 42分子

#3: 化合物 ChemComp-SAM / S-ADENOSYLMETHIONINE


分子量: 398.437 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H22N6O5S
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#6: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#7: 化合物 ChemComp-PG0 / 2-(2-METHOXYETHOXY)ETHANOL / PEG 6000 / ジエチレングリコ-ルモノメチルエ-テル


分子量: 120.147 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H12O3 / コメント: 阻害剤, 沈殿剤*YM
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 28 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.96 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 25% PEG 4,000; 0.2 M ammonium sulfate; 100 mM Na citrate pH 5.6

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.97996 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年5月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97996 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.49→50 Å / Num. obs: 36060 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 13.5 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.144 / Net I/σ(I): 14.05
反射 シェル解像度: 2.49→2.65 Å / CC1/2: 0.747 / % possible all: 99

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
PHASER位相決定
BUSTER2.10.2精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6H2U

6h2u


解像度: 2.49→49.77 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.921 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.888 / Rfactor Rfree error: 0 / SU R Cruickshank DPI: 0.309 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.306 / SU Rfree Blow DPI: 0.232 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.235
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.249 1803 5 %RANDOM
Rwork0.213 ---
obs0.215 36058 99.2 %-
原子変位パラメータBiso max: 182.33 Å2 / Biso mean: 75.81 Å2 / Biso min: 43.04 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-8.9318 Å20 Å20 Å2
2---24.8929 Å20 Å2
3---15.9611 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.37 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.49→49.77 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5031 0 120 28 5179
Biso mean--93.88 59.62 -
残基数----630
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1879SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes135HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes764HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it5273HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion683SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact5751SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d5273HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg7116HARMONIC21.22
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.15
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion20.08
LS精密化 シェル解像度: 2.49→2.56 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 18
Rfactor反射数%反射
Rfree0.302 133 4.99 %
Rwork0.271 2530 -
all0.272 2663 -
obs--90.29 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.15340.06161.43181.46041.4934.0087-0.2151-0.26110.3983-0.1385-0.00220.0641-0.6358-0.1660.2173-0.13870.0029-0.0113-0.1159-0.0842-0.17810.02533.001834.6388
22.4127-0.04091.44742.9396-0.72664.0780.0830.1350.0813-0.2391-0.1485-0.1593-0.04150.03580.0655-0.14740.01110.0279-0.0653-0.0339-0.1144-1.9045-15.554217.651
33.03040.55490.63452.50080.64613.84650.01620.3427-0.51120.09280.1746-0.25240.57970.2639-0.1907-0.0590.0475-0.0786-0.2423-0.128-0.164624.36431.798160.4487
43.4335-0.3208-1.59723.2013-0.28643.48610.0856-0.19420.28180.33380.0521-0.2830.00380.1427-0.1377-0.1960.0142-0.0659-0.0789-0.0385-0.09822.218922.913970.9038
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A2 - 211
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }B1 - 118
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|* }C3 - 211
4X-RAY DIFFRACTION4{ D|* }D1 - 123

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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