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- PDB-6h2q: Crystal Structure of Arg184Gln mutant of Human Prolidase with Mn ... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6h2q | ||||||
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Title | Crystal Structure of Arg184Gln mutant of Human Prolidase with Mn ions and LeuPro ligand | ||||||
![]() | Xaa-Pro dipeptidase | ||||||
![]() | HYDROLASE / prolidase / peptidase / hydrolysis / pita-bread / metalloenzyme / mutation | ||||||
Function / homology | ![]() Xaa-Pro dipeptidase / proline dipeptidase activity / amino acid metabolic process / negative regulation of programmed cell death / metalloaminopeptidase activity / collagen catabolic process / metallocarboxypeptidase activity / peptidase activity / manganese ion binding / proteolysis / extracellular exosome Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Wilk, P. / Piwowarczyk, R. / Weiss, M.S. | ||||||
![]() | ![]() Title: Structural basis for prolidase deficiency disease mechanisms. Authors: Wilk, P. / Uehlein, M. / Piwowarczyk, R. / Dobbek, H. / Mueller, U. / Weiss, M.S. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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PDBx/mmCIF format | ![]() | 563.1 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 489.7 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 470.9 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 474.8 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 45.5 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 69.9 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 5mbyC ![]() 5mbzC ![]() 5mc0C ![]() 5mc1C ![]() 5mc2C ![]() 5mc3C ![]() 5mc4C ![]() 5mc5C ![]() 6h2pC C: citing same article ( |
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Similar structure data | |
Experimental dataset #1 | Data reference: ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Components
-Protein , 1 types, 2 molecules AB
#1: Protein | Mass: 54585.980 Da / Num. of mol.: 2 / Mutation: R184Q Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() |
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-Non-polymers , 5 types, 1081 molecules ![](data/chem/img/MN.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/LEU.gif)
![](data/chem/img/PRO.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/LEU.gif)
![](data/chem/img/PRO.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: Chemical | ChemComp-MN / #3: Chemical | #4: Chemical | #5: Chemical | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.75 Å3/Da / Density % sol: 55.27 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.9 / Details: 100mM NaCacodylate, 690-760mM NaCitrate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Aug 25, 2016 |
Radiation | Monochromator: Double Crystal Monochromator Si-11 / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9184 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.78→47.88 Å / Num. obs: 776794 / % possible obs: 99.8 % / Redundancy: 6.77 % / Biso Wilson estimate: 28.26 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rpim(I) all: 0.0454 / Rrim(I) all: 0.118 / Net I/σ(I): 13.58 |
Reflection shell | Resolution: 1.78→1.89 Å / Redundancy: 6.82 % / Mean I/σ(I) obs: 1.77 / Num. unique obs: 18252 / CC1/2: 0.72 / Rpim(I) all: 0.421 / Rrim(I) all: 1.1 / % possible all: 99.3 |
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Processing
Software |
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Refinement | Resolution: 1.78→46.748 Å / SU ML: 0.16 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / Phase error: 19.65
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 163.69 Å2 / Biso mean: 32.2598 Å2 / Biso min: 15.93 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.78→46.748 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 15
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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