PDB-6h2p: Crystal Structure of Arg184Gln mutant of Human Prolidase with Mn ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6h2p

タイトル

Crystal Structure of Arg184Gln mutant of Human Prolidase with Mn ions and Cacodylate ligand

要素

Xaa-Pro dipeptidase

キーワード

HYDROLASE / prolidase / peptidase / hydrolysis / pita-bread / metalloenzyme / mutation

機能・相同性

機能・相同性情報

Xaa-Pro dipeptidase / proline dipeptidase activity / amino acid metabolic process / negative regulation of programmed cell death / metalloaminopeptidase activity / collagen catabolic process / metallocarboxypeptidase activity / peptidase activity / manganese ion binding / proteolysis / extracellular exosome
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 1.479 Å

データ登録者

Wilk, P. / Piwowarczyk, R. / Weiss, M.S.

引用

ジャーナル: FEBS J. / 年: 2018
タイトル: Structural basis for prolidase deficiency disease mechanisms.
著者: Wilk, P. / Uehlein, M. / Piwowarczyk, R. / Dobbek, H. / Mueller, U. / Weiss, M.S.

履歴

登録	2018年7月14日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年8月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年9月26日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.2	2020年4月22日	Group: Database references / カテゴリ: pdbx_related_exp_data_set
改定 1.3	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
改定 1.4	2024年10月23日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6h2p.cif.gz	584.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6h2p.ent.gz	489 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6h2p.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h2/6h2p ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h2/6h2p	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5mbySC 5mbzC 5mc0C 5mc1C 5mc2C 5mc3C 5mc4C 5mc5C 6h2qC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5m4q-d 5mc2-d 5mbz-d 6srf-d 5mby-d 5m4g-d 5mc5-d 5mc3-d 5m4j-d 5mc0-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
実験データセット #1	データ参照: 10.18430/m36h2p / データの種類: diffraction image data

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#133 - 2011年1月一酸化窒素合成酵素 (Nitric Oxide Synthase) 類似性 (1) #203 - 2016年11月アミノペプチダーゼ1とオートファジー (Aminopeptidase 1 and Autophagy) 類似性 (1) #75 - 2006年3月組織因子 (Tissue Factor) 類似性 (1) #90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Xaa-Pro dipeptidase

B: Xaa-Pro dipeptidase

ヘテロ分子

110 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	103.453, 107.075, 216.543
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-692- HOH

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	chain A
2	1	chain B

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	chain A	A	6 - 500
2	1	1	chain B	B	6 - 500

#1: タンパク質	Xaa-Pro dipeptidase / X-Pro dipeptidase / Imidodipeptidase / Peptidase D / Proline dipeptidase / Prolidase 分子量: 54514.898 Da / 分子数: 2 / 変異: R184Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PEPD, PRD / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta / 参照: UniProt: P12955, Xaa-Pro dipeptidase
#2: 化合物	ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION 分子量: 54.938 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物	ChemComp-CAC / CACODYLATE ION / dimethylarsinate / ジメチルアルシン酸アニオン分子量: 136.989 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆AsO₂
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1309 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.75 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.22 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.9 / 詳細: 100mM NaCacodylate, 690-760mM NaCitrate

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

BESSY

/ ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184, 1.8932

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年8月25日

放射

モノクロメーター: Double Crystal Monochromator Si-11
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.9184	1
2	1.8932	1

反射

解像度: 1.479→47.991 Å / Num. obs: 198755 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 5.674 % / B_iso Wilson estimate: 23 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_pim(I) all: 0.0502 / R_rim(I) all: 0.127 / Net I/σ(I): 10.76

反射シェル

解像度: 1.479→1.57 Å / 冗長度: 6.4 % / Mean I/σ(I) obs: 1.25 / Num. unique obs: 31784 / CC_1/2: 0.522 / R_pim(I) all: 0.593 / R_rim(I) all: 1.509 / % possible all: 99.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
XSCALE		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成
開始モデル: 5MBY

5mby

解像度: 1.479→47.991 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 19.82

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1704	2101	1.06 %
R_work	0.148	-	-
obs	0.1482	198703	99.77 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 142.19 Å² / B_iso mean: 26.9542 Å² / B_iso min: 11.89 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.479→47.991 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7460	0	96	1309	8865
B_iso mean	-	-	48.36	36.53	-
残基数	-	-	-	-	959

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.015	8020
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.611	10864
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.082	1185
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.009	1419
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.86	2972

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	Rms	タイプ
1	1	A	5306	X-RAY DIFFRACTION	7.463	TORSIONAL
1	2	B	5306	X-RAY DIFFRACTION	7.463	TORSIONAL

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 15

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.479-1.5134	0.3947	137	0.3324	12796	12933	98
1.5134-1.5513	0.3134	139	0.3026	13075	13214	100
1.5513-1.5932	0.3094	139	0.2615	12989	13128	100
1.5932-1.6401	0.2394	139	0.2346	12998	13137	100
1.6401-1.693	0.2033	140	0.2134	13106	13246	100
1.693-1.7536	0.2348	139	0.2011	13008	13147	100
1.7536-1.8238	0.1948	140	0.1796	13055	13195	100
1.8238-1.9068	0.1973	140	0.1603	13110	13250	100
1.9068-2.0073	0.164	139	0.1413	13078	13217	100
2.0073-2.1331	0.161	140	0.131	13101	13241	100
2.1331-2.2978	0.173	140	0.1232	13079	13219	100
2.2978-2.529	0.128	141	0.1248	13149	13290	100
2.529-2.8949	0.1535	141	0.1307	13223	13364	100
2.8949-3.6471	0.1511	141	0.1231	13242	13383	100
3.6471-48.0163	0.14	146	0.1263	13593	13739	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.4113	-0.1043	0.0546	0.7298	-0.0382	0.2966	-0.0129	-0.0565	-0.0112	0.2798	0.0341	0.0689	-0.0223	-0.0228	-0.0222	0.2421	0.0071	0.0222	0.1855	0.0191	0.15	13.6318	19.3635	96.0048
2	0.5177	-0.0719	0.251	0.9405	0.1748	0.8202	-0.0491	-0.0959	0.0183	0.3323	0.0484	0.061	-0.0837	-0.0227	0.0038	0.2718	0.0094	0.0299	0.1787	0.0124	0.1384	14.6767	20.445	98.1519
3	0.3676	-0.2079	-0.0788	0.8415	0.1666	0.2063	0.0303	0.1028	-0.0864	-0.0891	-0.0338	0.0536	0.0078	-0.0589	-0.0019	0.1513	0.0026	-0.0168	0.1803	-0.0178	0.1545	16.3317	8.0592	68.7348
4	0.7275	-0.2893	-0.2101	1.0974	0.3391	0.8582	-0.0113	0.0208	-0.1683	0.1024	0.0065	0.0181	0.0972	0.0289	-0.0098	0.146	-0.0065	-0.0121	0.1425	-0.0045	0.1912	21.2216	-6.4239	76.4669
5	0.7432	0.0997	-0.0067	0.8717	0.0141	0.4061	0.0289	0.0628	0.0204	-0.0534	-0.0016	-0.2177	-0.0274	0.0354	-0.0275	0.1524	0.0077	0.0195	0.1627	-0.0007	0.1911	37.7867	28.5039	70.9241
6	0.6587	0.2855	0.1653	1.9606	-0.2512	0.9278	0.0627	0.0965	-0.1339	-0.1141	0.0362	-0.2543	0.0513	0.0101	-0.0825	0.1403	0.0122	0.0099	0.1764	-0.0207	0.2454	41.8683	14.921	69.5422
7	0.4387	-0.3347	0.3058	1.0329	-0.1896	0.2194	-0.0691	-0.0526	-0.0002	0.0385	0.0747	-0.2809	0.0172	0.061	-0.0013	0.1582	0.0113	-0.0101	0.1972	-0.0183	0.3149	47.797	28.6485	78.7297
8	0.7582	-0.1761	-0.1321	0.9951	0.0207	0.1649	-0.0021	0.0514	0.1229	-0.0625	-0.0061	-0.1685	-0.0115	0.0184	0.0016	0.1576	0.0135	0.0146	0.1607	0.0072	0.1507	33.7672	35.6166	70.6594
9	0.8844	-0.4946	-0.1799	1.2356	0.0416	0.332	-0.0219	0.0324	0.0132	0.0021	-0.0037	0.1463	-0.0373	-0.0362	0.022	0.1452	0.0084	-0.0132	0.1629	0.0072	0.164	8.6382	33.0887	74.9542
10	0.7089	-0.2729	-0.1463	1.11	0.1639	0.29	0.0464	0.0916	0.0922	-0.1309	-0.0551	0.1561	-0.0683	-0.0502	0.0061	0.1693	0.0226	-0.0223	0.1708	0.0229	0.1756	11.2005	45.5977	68.5541
11	1.2419	-0.5801	-0.3895	1.2475	0.1768	0.3304	-0.0257	-0.0932	0.284	0.0875	0.0493	-0.1344	-0.0511	0.0222	-0.0275	0.1607	0.0142	-0.015	0.1487	-0.0106	0.2023	18.6927	55.4602	79.294
12	1.8542	0.0708	-0.3931	1.1231	-0.1507	0.9331	0.0622	0.0449	0.2327	-0.0429	-0.0309	0.1315	-0.0611	-0.0717	-0.0665	0.1521	0.0088	-0.0097	0.1469	0.0274	0.2007	11.4441	50.9159	73.1727
13	6.3684	-1.0378	-0.0132	0.389	-0.1055	0.3806	0.0313	0.8119	0.0303	-0.3254	-0.0942	0.2342	0.012	-0.0434	0.0347	0.2589	0.0337	-0.0704	0.2883	0.0173	0.1967	7.3599	43.7132	59.6749

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 6 through 82 )	A	6 - 82
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 83 through 211 )	A	83 - 211
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 212 through 319 )	A	212 - 319
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 320 through 482 )	A	320 - 482
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 6 through 82 )	B	6 - 82
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 83 through 124 )	B	83 - 124
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 125 through 159 )	B	125 - 159
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 160 through 212 )	B	160 - 212
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 213 through 277 )	B	213 - 277
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 278 through 319 )	B	278 - 319
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 320 through 436 )	B	320 - 436
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 437 through 464 )	B	437 - 464
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 465 through 489 )	B	465 - 489

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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