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- PDB-6h1x: Receptor-binding domain of Proteus mirabilis Uroepithelial Cell A... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6h1x
タイトルReceptor-binding domain of Proteus mirabilis Uroepithelial Cell Adhesin UcaD21-211
要素Putative fimbrial adhesin
キーワードCELL ADHESION / fimbriae / adhesin / Proteus mirabilis / urinary tract infection
機能・相同性Fimbrial-type adhesion domain / Fimbrial protein / : / Fimbrial-type adhesion domain superfamily / cell adhesion involved in single-species biofilm formation / Adhesion domain superfamily / pilus / : / Fimbrial adhesin
機能・相同性情報
生物種Proteus mirabilis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Wangshu, J. / Knight, S.D.
資金援助 スウェーデン, 1件
組織認可番号国
Swedish Research Council スウェーデン
引用ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2018
タイトル: Structures of two fimbrial adhesins, AtfE and UcaD, from the uropathogen Proteus mirabilis.
著者: Jiang, W. / Ubhayasekera, W. / Pearson, M.M. / Knight, S.D.
履歴
登録2018年7月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年11月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年11月14日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22024年5月15日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative fimbrial adhesin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,2463
ポリマ－21,1281
非ポリマー1182
水2,792155
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area230 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area9090 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.350, 73.350, 153.106
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number98
Space group name H-MI4122

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要素

#1: タンパク質 Putative fimbrial adhesin


分子量: 21127.893 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The expression plasmid (pNIC-CH2) introduces an additional alanine between the target DNA insertion site and the C-terminal His-6 tag encoded by the plasmid
由来: (組換発現) Proteus mirabilis (バクテリア) / 株: HI4320 / 遺伝子: PMI0533 / プラスミド: pNIC-CH2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): R3 pRARE2 / 参照: UniProt: B4EV65
#2: 化合物 ChemComp-CO / COBALT (II) ION


分子量: 58.933 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Co
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 155 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.8 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.005 M CoCl2, 1 M HEPES pH 7.5, 10-15% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.873 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年6月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.873 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→41.89 Å / Num. obs: 23405 / % possible obs: 99.75 % / 冗長度: 7.3 % / Biso Wilson estimate: 22.31 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.1162 / Rpim(I) all: 0.04577 / Rrim(I) all: 0.1251 / Net I/σ(I): 10.18
反射 シェル解像度: 1.7→1.761 Å / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 1.164 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 2269 / CC1/2: 0.699 / Rpim(I) all: 0.4643 / Rrim(I) all: 1.255 / % possible all: 99.21

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.13_2998: ???)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.7→41.89 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / 位相誤差: 24.24
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2201 1232 5.27 %
Rwork0.1972 --
obs0.1984 23365 99.65 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→41.89 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1466 0 2 155 1623
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0041560
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6752145
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d8.408916
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.049244
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004284
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.6997-1.76770.30411280.3132373X-RAY DIFFRACTION98
1.7677-1.84820.32511390.25842422X-RAY DIFFRACTION100
1.8482-1.94560.24791400.24582411X-RAY DIFFRACTION100
1.9456-2.06750.23241570.21082408X-RAY DIFFRACTION100
2.0675-2.22710.2541280.19122437X-RAY DIFFRACTION100
2.2271-2.45120.25561200.20212464X-RAY DIFFRACTION100
2.4512-2.80590.18681590.19642465X-RAY DIFFRACTION100
2.8059-3.53480.19931250.18752515X-RAY DIFFRACTION100
3.5348-41.90540.20061360.17622639X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.3828-0.0417-0.10351.4931-0.66990.30920.0773-0.220.00130.3005-0.1618-0.0286-0.24950.495300.2447-0.03360.00110.2683-0.00240.24313.5889-14.517-17.349
21.1433-0.56310.5770.43570.01450.96920.04820.13020.0247-0.05070.01040.04360.0320.07370.00010.2283-0.02340.0090.1830.00260.2443-5.0385-14.8767-30.5257
31.83740.9524-0.0681.1206-0.49481.23990.0293-0.3029-0.06310.1291-0.01970.0854-0.16220.0545-0.00010.30090.0066-0.0130.25360.02290.2445-3.6222-15.3489-15.607
40.3453-0.13220.21280.25980.05390.3669-0.0117-0.08520.0448-0.28050.05150.2344-0.1662-0.22150.00010.2719-0.01920.00440.20460.02240.293-7.9903-9.4445-25.3986
50.46440.1425-0.37540.5569-0.53641.3680.05080.00860.0290.0241-0.1016-0.0141-0.00270.1727-0.00010.2118-0.0172-0.01780.18270.00230.2248-2.8186-14.4216-24.0401
60.89230.5575-0.29191.30860.48130.82050.11810.0583-0.0932-0.0733-0.06660.02880.39470.26260.00030.24710.0157-0.00570.1795-0.00370.2274-3.9875-18.9393-36.3281
70.3096-0.14690.14650.3828-0.16830.09950.5325-0.3020.02440.60890.0338-0.28240.5129-0.33840.01180.4922-0.1128-0.07230.50560.03530.348611.6707-18.8354-3.9711
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 21 through 62 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 63 through 91 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 92 through 122 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 123 through 136 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 137 through 181 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 182 through 208 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 209 through 218 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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