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万見
- PDB-6h1u: GlnH bound to Asp, Mycobacterium tuberculosis -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6h1u
タイトルGlnH bound to Asp, Mycobacterium tuberculosis
要素Probable glutamine-binding lipoprotein GlnH (GLNBP)
キーワードSIGNALING PROTEIN / Solute-binding protein / amino acid binding / transport / serine threonine protein kinase
機能・相同性: / Bacterial periplasmic substrate-binding proteins / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 3 / Solute-binding protein family 3/N-terminal domain of MltF / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / extracellular region / ASPARTIC ACID / Probable glutamine-binding lipoprotein GlnH (GLNBP)
機能・相同性情報
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.68 Å
データ登録者O'Hare, H.M. / Wallis, R. / Lin, L.Y. / Newland-Smith, Z.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Medical Research Council (United Kingdom)MC_PC_16051 英国
引用ジャーナル: MBio / 年: 2018
タイトル: An Aspartate-Specific Solute-Binding Protein Regulates Protein Kinase G Activity To Control Glutamate Metabolism in Mycobacteria.
著者: Bhattacharyya, N. / Nkumama, I.N. / Newland-Smith, Z. / Lin, L.Y. / Yin, W. / Cullen, R.E. / Griffiths, J.S. / Jarvis, A.R. / Price, M.J. / Chong, P.Y. / Wallis, R. / O'Hare, H.M.
履歴
登録2018年7月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年8月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年8月29日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Probable glutamine-binding lipoprotein GlnH (GLNBP)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,4462
ポリマ－31,3131
非ポリマー1331
水4,810267
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area12710 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.980, 81.880, 88.030
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Probable glutamine-binding lipoprotein GlnH (GLNBP)


分子量: 31312.684 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌)
株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: glnH, Rv0411c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P96257
#2: 化合物 ChemComp-ASP / ASPARTIC ACID / アスパラギン酸


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 133.103 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H7NO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 267 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.36 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1 M MES pH6, 0.2M MgCl2, 20% PEG 6000, 10 mM sodium aspartate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年9月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.68→59.93 Å / Num. obs: 41100 / % possible obs: 99.95 % / 冗長度: 5.9 % / Biso Wilson estimate: 20.12 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.058 / Rpim(I) all: 0.029 / Rrim(I) all: 0.071 / Net I/σ(I): 16.3
反射 シェル解像度: 1.68→1.71 Å

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXdev_2722精密化
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
MOSFLMデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2v25

2v25


解像度: 1.68→42.801 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.46
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1978 1988 4.84 %
Rwork0.1725 --
obs0.1737 41074 99.96 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 133.36 Å2 / Biso mean: 25.1345 Å2 / Biso min: 10.03 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.68→42.801 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2200 0 9 267 2476
Biso mean--16.65 48.13 -
残基数----287
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0072264
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8483101
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.06367
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006410
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d5.1491925
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
1.68-1.7220.28141410.236327132854
1.722-1.76860.28881520.212127582910
1.7686-1.82060.21771390.193327502889
1.8206-1.87940.21341530.18427532906
1.8794-1.94660.20211260.183327702896
1.9466-2.02450.18881340.165827542888
2.0245-2.11660.18961470.170427622909
2.1166-2.22820.20191380.172627882926
2.2282-2.36780.21251270.176227872914
2.3678-2.55060.20661640.168627752939
2.5506-2.80730.18861550.173427892944
2.8073-3.21330.19211510.16628042955
3.2133-4.0480.19951280.153628813009
4.048-42.81470.17281330.177230023135
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -17.5669 Å / Origin y: -13.5845 Å / Origin z: 13.7135 Å
111213212223313233
T0.0913 Å2-0.0232 Å20.0127 Å2-0.1063 Å2-0.0134 Å2--0.0756 Å2
L1.0589 °2-0.8231 °2-0.0594 °2-1.7965 °2-0.0088 °2--0.6828 °2
S-0.008 Å °-0.0512 Å °0.0034 Å °0.0055 Å °0.0174 Å °-0.0235 Å °-0.0395 Å °0.041 Å °-0.01 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA42 - 328
2X-RAY DIFFRACTION1allB1
3X-RAY DIFFRACTION1allS1 - 318

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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