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万見
- PDB-6h1m: Neutron structure of Lactobacillus brevis alcohol dehydrogenase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6h1m
タイトルNeutron structure of Lactobacillus brevis alcohol dehydrogenase
要素R-specific alcohol dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / short chain reductases/dehydrogenases / magnesium dependence / R-specific alcohol dehydrogenase
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase activity, acting on the CH-OH group of donors, NAD or NADP as acceptor / nucleotide binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Short-chain dehydrogenase/reductase, conserved site / Short-chain dehydrogenases/reductases family signature. / Enoyl-(Acyl carrier protein) reductase / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / R-specific alcohol dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Levilactobacillus brevis (バクテリア)
手法中性子回折 / NUCLEAR REACTOR / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Hermann, J. / Nowotny, P. / Schrader, T.E. / Biggel, P. / Hekmat, D. / Weuster-Botz, D.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research FoundationSPP 1934 ドイツ
引用ジャーナル: Acta Crystallogr F Struct Biol Commun / 年: 2018
タイトル: Neutron and X-ray crystal structures of Lactobacillus brevis alcohol dehydrogenase reveal new insights into hydrogen-bonding pathways.
著者: Hermann, J. / Nowotny, P. / Schrader, T.E. / Biggel, P. / Hekmat, D. / Weuster-Botz, D.
履歴
登録2018年7月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年12月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02024年1月24日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity_src_gen / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y ..._atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_alt_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: R-specific alcohol dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,7353
ポリマ－26,6561
非ポリマー792
水1,63991
1
A: R-specific alcohol dehydrogenase
ヘテロ分子

A: R-specific alcohol dehydrogenase
ヘテロ分子

A: R-specific alcohol dehydrogenase
ヘテロ分子

A: R-specific alcohol dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)106,94112
ポリマ－106,6244
非ポリマー3178
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
Buried area14920 Å2
ΔGint-122 kcal/mol
Surface area32880 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.508, 84.572, 115.419
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-301-

MG

21A-302-

MN

31A-465-

HOH

41A-472-

HOH

51A-484-

HOH

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要素

#1: タンパク質 R-specific alcohol dehydrogenase


分子量: 26656.061 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Levilactobacillus brevis (バクテリア)
遺伝子: radh / プラスミド: pET28a(+) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q84EX5
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 91 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: 中性子回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: PEG 550 MME, Magnesium chloride, HEPES

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データ収集

回折平均測定温度: 293.15 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: NUCLEAR REACTOR / サイト: FRM II / ビームライン: BIODIFF / 波長: 2.675 Å
検出器タイプ: MAATEL BIODIFF / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2018年6月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: neutron
放射波長波長: 2.675 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→21.76 Å / Num. obs: 14121 / % possible obs: 91.56 % / 冗長度: 2.6 % / Biso Wilson estimate: 14.47 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.155 / Rpim(I) all: 0.111 / Rrim(I) all: 0.192 / Net I/σ(I): 5.14
反射 シェル解像度: 2.15→2.23 Å / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.368 / Mean I/σ(I) obs: 2.24 / Num. unique obs: 995 / CC1/2: 0.61 / Rpim(I) all: 0.282 / Rrim(I) all: 0.466 / % possible all: 79.01

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.13_2998: ???)精密化
HKL-2000v705bデータ削減
Coot0.8.9モデル構築
HKL-2000v705bデータスケーリング
PHASER2.8.2位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6H07

6h07


解像度: 2.15→21.759 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 22.97 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2493 1412 10 %
Rwork0.2177 --
obs0.221 14119 91.56 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
NEUTRON DIFFRACTIONf_bond_d0.0614219
NEUTRON DIFFRACTIONf_angle_d2.8287455
NEUTRON DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.6651124
NEUTRON DIFFRACTIONf_chiral_restr0.06293
NEUTRON DIFFRACTIONf_plane_restr0.006780
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1498-2.22660.28881200.26911081NEUTRON DIFFRACTION79
2.2266-2.31560.30871190.27081066NEUTRON DIFFRACTION79
2.3156-2.42090.30931290.26251163NEUTRON DIFFRACTION85
2.4209-2.54830.27591380.24911246NEUTRON DIFFRACTION91
2.5483-2.70770.32321430.24311280NEUTRON DIFFRACTION93
2.7077-2.91630.27491450.23121309NEUTRON DIFFRACTION95
2.9163-3.2090.24341510.21891355NEUTRON DIFFRACTION97
3.209-3.67140.19241520.1961376NEUTRON DIFFRACTION98
3.6714-4.61830.18431550.16451391NEUTRON DIFFRACTION99
4.6183-21.75980.22131600.18081440NEUTRON DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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