[日本語] English
万見
- PDB-6h00: Crystal structure of human pyridoxine 5-phophate oxidase, R116Q v... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6h00
タイトルCrystal structure of human pyridoxine 5-phophate oxidase, R116Q variant
要素Pyridoxine-5'-phosphate oxidase
キーワードOXIDOREDUCTASE / PNPO / FMN-binding / PNP-oxidase activity
機能・相同性
機能・相同性情報


pyridoxal 5'-phosphate synthase / pyridoxamine metabolic process / Vitamin B6 activation to pyridoxal phosphate / pyridoxamine phosphate oxidase activity / pyridoxal phosphate biosynthetic process / pyridoxine biosynthetic process / pyridoxal phosphate binding / FMN binding / protein homodimerization activity / cytosol
類似検索 - 分子機能
Pyridoxamine 5'-phosphate oxidase, conserved site / Pyridoxamine 5'-phosphate oxidase signature. / Pyridoxamine 5'-phosphate oxidase / Pyridoxine 5'-phosphate oxidase, dimerisation, C-terminal / Pyridoxine 5'-phosphate oxidase C-terminal dimerisation region / Pyridoxamine 5'-phosphate oxidase, putative / Pyridoxamine 5'-phosphate oxidase / Electron Transport, Fmn-binding Protein; Chain A / Pnp Oxidase; Chain A / FMN-binding split barrel ...Pyridoxamine 5'-phosphate oxidase, conserved site / Pyridoxamine 5'-phosphate oxidase signature. / Pyridoxamine 5'-phosphate oxidase / Pyridoxine 5'-phosphate oxidase, dimerisation, C-terminal / Pyridoxine 5'-phosphate oxidase C-terminal dimerisation region / Pyridoxamine 5'-phosphate oxidase, putative / Pyridoxamine 5'-phosphate oxidase / Electron Transport, Fmn-binding Protein; Chain A / Pnp Oxidase; Chain A / FMN-binding split barrel / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN MONONUCLEOTIDE / Pyridoxine-5'-phosphate oxidase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.66 Å
データ登録者Mackinnon, S. / Wilson, M.P. / Shrestha, L. / Bezerra, G.A. / Newman, J. / Fox, N. / Sorrell, F. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A. / Bountra, C. ...Mackinnon, S. / Wilson, M.P. / Shrestha, L. / Bezerra, G.A. / Newman, J. / Fox, N. / Sorrell, F. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A. / Bountra, C. / Clayton, P.T. / Mills, P.B. / Yue, W.W.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of human pyridoxine 5-phophate oxidase, R116Q variant
著者: Mackinnon, S. / Wilson, M.P. / Shrestha, L. / Bezerra, G.A. / Newman, J. / Fox, N. / Sorrell, F. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A. / Bountra, C. / Clayton, P.T. / Mills, P.B. / Yue, W.W.
履歴
登録2018年7月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年8月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / reflns
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _reflns.number_obs

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Pyridoxine-5'-phosphate oxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,9939
ポリマ－30,0001
非ポリマー9938
水81145
1
A: Pyridoxine-5'-phosphate oxidase
ヘテロ分子

A: Pyridoxine-5'-phosphate oxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,98618
ポリマ－60,0002
非ポリマー1,98616
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_554x-y,-y,-z-1/31
Buried area9700 Å2
ΔGint-90 kcal/mol
Surface area17930 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)83.330, 83.330, 58.930
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

-
要素

#1: タンパク質 Pyridoxine-5'-phosphate oxidase / Pyridoxamine-phosphate oxidase


分子量: 29999.959 Da / 分子数: 1 / 変異: R116Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PNPO / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9NVS9, pyridoxal 5'-phosphate synthase
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN


分子量: 456.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 45 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.3 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.2
詳細: 20% PEG1000, 0.2 M lithium sulphate, 0.1 M citrate, pH 4.2

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年4月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.66→34.03 Å / Num. obs: 29800 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 4.1 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.036 / Rpim(I) all: 0.02 / Rrim(I) all: 0.042 / Net I/σ(I): 17.9 / Num. measured all: 116657 / Scaling rejects: 1
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.66-1.74.21.053874420870.5140.5781.2071.499.8
7.42-34.033.60.03712443450.9970.0220.04347.995.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.5.23データスケーリング
REFMAC5.8.0135精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
xia2データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1NRG

1nrg


解像度: 1.66→34.03 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.963 / SU B: 3.601 / SU ML: 0.056 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.105 / ESU R Free: 0.084
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2033 1418 4.8 %RANDOM
Rwork0.169 ---
obs0.1705 28380 99.94 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 98.92 Å2 / Biso mean: 39.03 Å2 / Biso min: 21.07 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.18 Å2-0.09 Å2-0 Å2
2---0.18 Å20 Å2
3---0.59 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.66→34.03 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1629 0 62 45 1736
Biso mean--55.93 43.03 -
残基数----204
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0191760
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021585
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5381.9872390
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.94433651
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8825210
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.0923.90887
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.0515279
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.5611513
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0940.2243
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0211985
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02416
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr2.21633345
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free26.553517
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded9.95753330
LS精密化 シェル解像度: 1.63→1.672 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.28 119 -
Rwork0.24 2077 -
all-2196 -
obs--100 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -26.6633 Å / Origin y: -6.6947 Å / Origin z: -2.038 Å
111213212223313233
T0.0228 Å2-0.0118 Å2-0.005 Å2-0.0204 Å2-0.009 Å2--0.0112 Å2
L0.5006 °2-0.0098 °20.1407 °2-2.0651 °2-0.0575 °2--1.3373 °2
S0.0289 Å °-0.0309 Å °0.0063 Å °0.1944 Å °-0.0831 Å °-0.0699 Å °0.0611 Å °-0.081 Å °0.0542 Å °

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る