[日本語] English
万見
- PDB-6gzc: heterotetrameric katanin p60:p80 complex -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6gzc
タイトルheterotetrameric katanin p60:p80 complex
要素
  • Katanin p60 ATPase-containing subunit A1
  • Katanin p80 WD40 repeat-containing subunit B1
キーワードHYDROLASE / Katanin / severing enzyme / MICROTUBULE / cytoskeleton
機能・相同性
機能・相同性情報


ATPase regulator activity / katanin complex / microtubule-severing ATPase / microtubule severing ATPase activity / mitotic chromosome movement towards spindle pole / microtubule severing / positive regulation of microtubule depolymerization / negative regulation of microtubule depolymerization / microtubule bundle formation / microtubule depolymerization ...ATPase regulator activity / katanin complex / microtubule-severing ATPase / microtubule severing ATPase activity / mitotic chromosome movement towards spindle pole / microtubule severing / positive regulation of microtubule depolymerization / negative regulation of microtubule depolymerization / microtubule bundle formation / microtubule depolymerization / Cul3-RING ubiquitin ligase complex / dynein complex binding / mitotic spindle pole / cytoplasmic microtubule organization / isomerase activity / lipid droplet / neuron migration / protein localization / positive regulation of neuron projection development / spindle pole / spindle / microtubule cytoskeleton / negative regulation of neuron projection development / midbody / growth cone / microtubule binding / microtubule / positive regulation of apoptotic process / cell cycle / protein heterodimerization activity / cell division / axon / centrosome / neuronal cell body / ATP hydrolysis activity / ATP binding / nucleus / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Katanin p80 WD40 repeat-containing subunit B1 / Katanin p80 subunit, C-terminal / : / : / con80 domain of Katanin / Katanin p60 subunit A1, MIT domain / Katanin p60 subunit A1 / Phosphotransferase system, lactose/cellobiose-type IIA subunit / MIT domain superfamily / Vps4 oligomerisation, C-terminal ...Katanin p80 WD40 repeat-containing subunit B1 / Katanin p80 subunit, C-terminal / : / : / con80 domain of Katanin / Katanin p60 subunit A1, MIT domain / Katanin p60 subunit A1 / Phosphotransferase system, lactose/cellobiose-type IIA subunit / MIT domain superfamily / Vps4 oligomerisation, C-terminal / Vps4 C terminal oligomerisation domain / AAA ATPase, AAA+ lid domain / AAA+ lid domain / ATPase, AAA-type, conserved site / AAA-protein family signature. / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / ATPase family associated with various cellular activities (AAA) / ATPase, AAA-type, core / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD domain, G-beta repeat / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Up-down Bundle / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Katanin p80 WD40 repeat-containing subunit B1 / Katanin p60 ATPase-containing subunit A1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Faltova, L. / Jiang, K. / Frey, D. / Wu, Y. / Capitani, G. / Prota, A.E. / Akhmanova, A. / Steinmetz, M.O. / Kammerer, R.A.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2019
タイトル: Crystal Structure of a Heterotetrameric Katanin p60:p80 Complex.
著者: Faltova, L. / Jiang, K. / Frey, D. / Wu, Y. / Capitani, G. / Prota, A.E. / Akhmanova, A. / Steinmetz, M.O. / Kammerer, R.A.
履歴
登録2018年7月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年8月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年9月18日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Katanin p80 WD40 repeat-containing subunit B1
B: Katanin p60 ATPase-containing subunit A1
D: Katanin p60 ATPase-containing subunit A1
C: Katanin p80 WD40 repeat-containing subunit B1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,8208
ポリマ－65,4844
非ポリマー3364
水1,29772
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: equilibrium centrifugation
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10360 Å2
ΔGint-53 kcal/mol
Surface area24500 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.490, 57.850, 59.770
Angle α, β, γ (deg.)108.32, 101.00, 98.26
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質 Katanin p80 WD40 repeat-containing subunit B1 / Katanin p80 subunit B1 / p80 katanin


分子量: 23207.762 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Katnb1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8BG40
#2: タンパク質 Katanin p60 ATPase-containing subunit A1 / Katanin p60 subunit A1 / Lipotransin / p60 katanin


分子量: 9534.086 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Katna1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9WV86, EC: 3.6.4.3
#3: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 72 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.69 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5 / 詳細: 10% PEG 8000, 0.1 M HEPES (7.5), 8% EG

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1.00004 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年9月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.00004 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→43.6 Å / Num. obs: 36685 / % possible obs: 97.9 % / 冗長度: 7 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.041 / Rrim(I) all: 0.045 / Net I/σ(I): 20.2
反射 シェル解像度: 2→2.05 Å / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 1.534 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 2671 / CC1/2: 0.587 / Rrim(I) all: 1.656 / % possible all: 97

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.13_2998: ???)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5OW5

5ow5


解像度: 2→43.575 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 31.57
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2282 1834 5 %
Rwork0.2091 --
obs0.21 36685 98.04 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→43.575 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3820 0 22 72 3914
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0043898
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5385248
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.5032388
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.038630
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003641
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2-2.05410.41231380.37652622X-RAY DIFFRACTION97
2.0541-2.11450.37341390.33842641X-RAY DIFFRACTION97
2.1145-2.18280.34571410.30162676X-RAY DIFFRACTION97
2.1828-2.26080.29181390.27592658X-RAY DIFFRACTION97
2.2608-2.35130.30251400.25022643X-RAY DIFFRACTION97
2.3513-2.45830.28671410.23242693X-RAY DIFFRACTION98
2.4583-2.58790.28661410.22332672X-RAY DIFFRACTION98
2.5879-2.750.25961430.2212713X-RAY DIFFRACTION98
2.75-2.96230.25031410.22372690X-RAY DIFFRACTION99
2.9623-3.26030.30221430.24092704X-RAY DIFFRACTION99
3.2603-3.73190.2331430.20832722X-RAY DIFFRACTION99
3.7319-4.70090.17821420.17282685X-RAY DIFFRACTION99
4.7009-43.58530.18331430.18552732X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.49880.7453-0.9645.0399-1.08577.1381-0.1897-0.1909-0.49930.3202-0.1605-1.02330.02940.8590.44590.37060.03820.05750.80560.00540.8964-193.830944.2192-98.2641
22.08860.55750.82774.5826-0.5291.2098-0.0732-0.0373-0.2286-0.34540.13220.09910.0743-0.1374-0.04320.39170.06020.13070.4074-0.0440.5089-220.171823.7036-92.5951
33.66422.4314-3.25414.5085-3.75218.22930.44861.0298-0.1218-0.73830.0340.0765-0.1212-0.9415-0.30870.87840.18390.09470.7988-0.02490.913-226.280522.2073-102.0665
42.63031.36370.1253.9793-5.34519.2514-0.2303-0.17770.05710.36010.82341.5346-0.0961-1.9149-0.63670.60820.16480.06831.1379-0.03031.0999-236.856421.5617-88.2543
56.00930.8895-0.6065.6747-5.11554.7110.3272-0.49440.39741.78330.57821.2506-0.7772-1.2545-0.89870.86380.04340.26330.53780.03210.8924-222.99260.4423-64.8124
64.89461.0516-1.82535.1585-1.19735.83260.2705-0.6379-0.02891.7515-0.1983-0.084-0.07850.6545-0.18290.864-0.01240.05460.487-0.07070.53-212.28170.3715-61.875
77.76715.0176-4.63653.471-3.25533.61110.30651.29890.2574-0.69340.44850.2656-1.07160.0026-0.68770.7301-0.08130.22680.81330.09310.8648-198.054453.1966-112.8923
83.32362.6483-0.58126.7358-4.85274.26610.35761.4295-0.5281-1.7555-0.0112-1.1205-0.26861.23630.11971.14560.01060.47411.3106-0.05521.0769-191.776448.2121-120.0853
98.04161.0112-3.45336.0663-1.70767.3942-0.49831.102-0.5131-1.40870.0877-1.34590.56081.39320.62320.59240.02280.16831.2182-0.11750.9697-188.483244.3153-111.5526
102.2647-1.1742-0.41884.0386-1.29649.7126-0.04050.10740.1386-0.4959-0.1675-0.27650.84180.59850.39360.36380.10550.06380.4309-0.02770.5876-212.05592.478-78.6296
112.5024-0.6483-0.50146.62790.0932.01350.0491-0.11660.15290.6455-0.01940.1175-0.466-0.0751-0.08530.31340.05820.05390.3716-0.00860.3696-217.938938.658-85.5063
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 486 through 536 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 537 through 600 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 601 through 638 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 639 through 658 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 1 through 21 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 22 through 77 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'D' and (resid 2 through 21 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'D' and (resid 22 through 45 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'D' and (resid 46 through 77 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resid 485 through 536 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 537 through 656 )

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る