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- PDB-4ldq: Crystal Structure of the Mediator of Rho Dependent Invasion -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ldq
タイトルCrystal Structure of the Mediator of Rho Dependent Invasion
要素Methylthioribose-1-phosphate isomerase
キーワードISOMERASE (異性化酵素) / CELL INVASION / Helix bundle (ヘリックスバンドル) / Rossmann-like fold
機能・相同性
機能・相同性情報


S-methyl-5-thioribose-1-phosphate isomerase / S-methyl-5-thioribose-1-phosphate isomerase activity / Methionine salvage pathway / L-methionine salvage from S-adenosylmethionine / L-methionine salvage from methylthioadenosine / cell projection / 核小体 / 核質 / identical protein binding / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
Methylthioribose-1-phosphate isomerase / Initiation factor 2B alpha/beta/delta / translation initiation factor eif-2b, domain 1 / Translation initiation factor eif-2b; domain 2 / Methylthioribose-1-phosphate isomerase, N-terminal / Initiation factor 2B-related / Initiation factor 2B-like, C-terminal / Initiation factor 2 subunit family / NagB/RpiA transferase-like / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) ...Methylthioribose-1-phosphate isomerase / Initiation factor 2B alpha/beta/delta / translation initiation factor eif-2b, domain 1 / Translation initiation factor eif-2b; domain 2 / Methylthioribose-1-phosphate isomerase, N-terminal / Initiation factor 2B-related / Initiation factor 2B-like, C-terminal / Initiation factor 2 subunit family / NagB/RpiA transferase-like / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Up-down Bundle / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Methylthioribose-1-phosphate isomerase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.496 Å
データ登録者Sousa, M.C. / Templeton, P.D. / Metzner, S.I.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2013
タイトル: Structure of Mediator of RhoA-Dependent Invasion (MRDI) Explains Its Dual Function as a Metabolic Enzyme and a Mediator of Cell Invasion.
著者: Templeton, P.D. / Litman, E.S. / Metzner, S.I. / Ahn, N.G. / Sousa, M.C.
履歴
登録2013年6月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年7月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年9月4日Group: Database references
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Methylthioribose-1-phosphate isomerase
B: Methylthioribose-1-phosphate isomerase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,3892
ポリマ－78,3892
非ポリマー00
水2,918162
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4360 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area27540 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)44.785, 116.591, 136.867
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Methylthioribose-1-phosphate isomerase / MRDI / M1Pi / MTR-1-P isomerase / Mediator of RhoA-dependent invasion / S-methyl-5-thioribose-1- ...MRDI / M1Pi / MTR-1-P isomerase / Mediator of RhoA-dependent invasion / S-methyl-5-thioribose-1-phosphate isomerase / Translation initiation factor eIF-2B subunit alpha/beta/delta-like protein


分子量: 39194.691 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MRI1, MRDI, UNQ6390/PRO21135
参照: UniProt: Q9BV20, S-methyl-5-thioribose-1-phosphate isomerase
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 162 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.03 %

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データ収集

放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.496→88.754 Å / Num. all: 25738 / Num. obs: 25486
反射 シェル最高解像度: 2.496 Å

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: (phenix.refine: 1.8.2_1309) / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.496→26.817 Å / SU ML: 0.24 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.46 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2114 1296 5.09 %RANDOM
Rwork0.1785 ---
obs0.1801 25482 99.12 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.496→26.817 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5282 0 0 162 5444
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0065362
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0587289
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.5321947
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.055872
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006953
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.496-2.59580.25581300.19582574X-RAY DIFFRACTION97
2.5958-2.71390.25021690.20582612X-RAY DIFFRACTION99
2.7139-2.85680.2751270.20232646X-RAY DIFFRACTION99
2.8568-3.03550.23571360.20492686X-RAY DIFFRACTION100
3.0355-3.26950.24161480.20482675X-RAY DIFFRACTION100
3.2695-3.59790.20211330.1872688X-RAY DIFFRACTION100
3.5979-4.11690.1941460.16572718X-RAY DIFFRACTION100
4.1169-5.18070.17691420.14492740X-RAY DIFFRACTION100
5.1807-26.81810.19281650.17262847X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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