PDB-6gy8: Crystal structure of XaxA from Xenorhabdus nematophila

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6gy8

タイトル

Crystal structure of XaxA from Xenorhabdus nematophila

要素

XaxA

キーワード

TOXIN / bacterial toxin / pore forming-toxins

機能・相同性

Hemolysin E; Chain: A; / Hemolysin E; Chain: A; - #10 / Up-down Bundle / Mainly Alpha / membrane / XaxA

機能・相同性情報

生物種

Xenorhabdus nematophila (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Schubert, E. / Raunser, S.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: Elife / 年: 2018
タイトル: Membrane insertion of α-xenorhabdolysin in near-atomic detail.
著者: Evelyn Schubert / Ingrid R Vetter / Daniel Prumbaum / Pawel A Penczek / Stefan Raunser /

要旨: α-Xenorhabdolysins (Xax) are α-pore-forming toxins (α-PFT) that form 1-1.3 MDa large pore complexes to perforate the host cell membrane. PFTs are used by a variety of bacterial pathogens to attack ...

履歴

登録	2018年6月28日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年7月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年5月15日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6gy8.cif.gz	149.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6gy8.ent.gz	117.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6gy8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6gy8_validation.pdf.gz	434 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6gy8_full_validation.pdf.gz	440.4 KB	表示
XML形式データ	6gy8_validation.xml.gz	26.6 KB	表示
CIF形式データ	6gy8_validation.cif.gz	37.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gy/6gy8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gy/6gy8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	0088C 6gy6C 6gy7C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3zmf-3 3zmf-1 5yl9-1 3zmf-2 1wyy-1 4n21-1 3a1m-d 5zuv-d 4n21-2 2pjw-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: XaxA

B: XaxA

91.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: XaxA

登録者が定義した集合体
45.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: XaxA

登録者が定義した集合体
45.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	67.270, 90.830, 153.040
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	XaxA 分子量: 45594.812 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Xenorhabdus nematophila (strain ATCC 19061 / DSM 3370 / LMG 1036 / NCIB 9965 / AN6) (バクテリア) 遺伝子: xaxA, XNC1_3766 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / Variant (発現宿主): RIPL / 参照: UniProt: D3VB22
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 244 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.46 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.05 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.2 詳細: 0.2 M sodium chloride, 0.1 M phosphate citrate pH 4.2, 10 % PEG 3000

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2	100	1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	PETRA III, DESY	P11	1	1.8233
シンクロトロン	SLS	X06DA	2	2

検出器

タイプ	ID	検出器	日付
DECTRIS PILATUS 6M-F	1	PIXEL	2016年11月6日
DECTRIS EIGER X 16M	2	PIXEL	2016年11月26日

放射

ID	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
2	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	2

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	1.8233	1
2	2	1

反射

解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 62589 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 15.93 % / Net I/σ(I): 18.47

反射シェル

解像度: 2.5→2.56 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.13_2998: ???)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
HKL2Map		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.5→45.415 Å / SU ML: 0.44 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 34.27

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2856	3124	4.99 %
R_work	0.2382	-	-
obs	0.2406	62573	99.89 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→45.415 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5372	0	0	244	5616

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	5435
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.462	7304
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.062	3378
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.035	850
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	933

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.5-2.5391	0.4054	154	0.3513	2669	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5391-2.5807	0.4717	149	0.3565	2733	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5807-2.6252	0.4207	132	0.3456	2695	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6252-2.673	0.3733	137	0.3357	2681	X-RAY DIFFRACTION	100
2.673-2.7244	0.4005	129	0.3182	2702	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7244-2.78	0.4272	141	0.3195	2725	X-RAY DIFFRACTION	100
2.78-2.8404	0.3195	142	0.3012	2731	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8404-2.9065	0.4065	141	0.3061	2683	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9065-2.9791	0.4322	143	0.3315	2692	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9791-3.0597	0.3665	144	0.3223	2734	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0597-3.1497	0.3897	141	0.3085	2676	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1497-3.2513	0.3567	145	0.2879	2706	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2513-3.3675	0.2916	140	0.2709	2702	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3675-3.5023	0.3685	135	0.2551	2698	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5023-3.6616	0.2609	145	0.2488	2712	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6616-3.8545	0.3353	145	0.2361	2675	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8545-4.0959	0.2435	142	0.2171	2696	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0959-4.4119	0.258	143	0.1897	2724	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4119-4.8554	0.2237	147	0.1942	2704	X-RAY DIFFRACTION	100
4.8554-5.557	0.2196	141	0.2195	2711	X-RAY DIFFRACTION	100
5.557-6.9971	0.2751	144	0.2358	2699	X-RAY DIFFRACTION	100
6.9971-45.4225	0.1944	144	0.1661	2701	X-RAY DIFFRACTION	100

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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