PDB-6gy4: Crystal structure of the N-terminal KH domain of human BICC1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6gy4

タイトル

Crystal structure of the N-terminal KH domain of human BICC1

要素

Protein bicaudal C homolog 1

キーワード

RNA BINDING PROTEIN / Bicaudal / RNA binding / Transcription / KH domain

機能・相同性

機能・相同性情報

determination of left/right symmetry / kidney development / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / heart development / RNA binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.986 Å

データ登録者

Newman, J.A. / Katis, V.L. / Shrestha, L. / Burgess-Brown, N. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A. / Bountra, C. / Gileadi, O.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of the N-terminal KH domain of human BICC1
著者: Newman, J.A. / Katis, V.L. / Shrestha, L. / Burgess-Brown, N. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A. / Bountra, C. / Gileadi, O.

履歴

登録	2018年6月28日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年7月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6gy4.cif.gz	132.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6gy4.ent.gz	105.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6gy4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6gy4_validation.pdf.gz	478.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6gy4_full_validation.pdf.gz	482.3 KB	表示
XML形式データ	6gy4_validation.xml.gz	12.4 KB	表示
CIF形式データ	6gy4_validation.cif.gz	16.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gy/6gy4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gy/6gy4	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	1zzkS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1dwm-d 1vbw-d 7ci3-d 4ph1-2 2hgn-d 1wj0-d 3bs9-1 3q6c-5 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#86 - 2007年2月エキソソーム (Exosomes) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Protein bicaudal C homolog 1

B: Protein bicaudal C homolog 1

C: Protein bicaudal C homolog 1

D: Protein bicaudal C homolog 1

ヘテロ分子

39.8 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Protein bicaudal C homolog 1

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
9.76 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Protein bicaudal C homolog 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
9.86 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Protein bicaudal C homolog 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
10.4 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Protein bicaudal C homolog 1

登録者が定義した集合体
9.76 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	44.406, 153.164, 86.235
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	C-203- XPE
2	1	B-311- HOH

#1: タンパク質	Protein bicaudal C homolog 1 / Bic-C 分子量: 9763.319 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BICC1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9H694
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-XPE / 3,6,9,12,15,18,21,24,27-NONAOXANONACOSANE-1,29-DIOL / DECAETHYLENE GLYCOL / デカエチレングリコ-ル分子量: 458.541 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₀H₄₂O₁₁ / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 36 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 1.88 Å³/Da / 溶媒含有率: 34.48 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.1 M Lithium Sulfate, 50 % PEG 400, 0.1 M acetate pH 4.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.9212 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年9月30日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9212 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.986→19.74 Å / Num. obs: 11724 / % possible obs: 90.5 % / 冗長度: 6.4 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.099 / R_pim(I) all: 0.043 / Net I/σ(I): 10
反射シェル	解像度: 1.986→2.164 Å / 冗長度: 5.2 % / R_merge(I) obs: 0.949 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 576 / CC_1/2: 0.682 / R_pim(I) all: 0.457 / % possible all: 67.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.13_2998: ???)	精密化
XDS		データ削減
STARANISO		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1zzk

1zzk

解像度: 1.986→19.74 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 44.61 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3035	560	4.78 %
R_work	0.2557	-	-
obs	0.2579	11716	56.42 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.986→19.74 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2227	0	47	36	2310

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	2297
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.514	3060
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	19.176	1435
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.037	342
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	388

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9859-2.1855	0.364	35	0.3556	661	X-RAY DIFFRACTION	14
2.1855-2.5012	0.383	104	0.3495	1881	X-RAY DIFFRACTION	39
2.5012-3.1492	0.3348	152	0.3057	3551	X-RAY DIFFRACTION	72
3.1492-19.7406	0.2864	269	0.2304	5063	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.6577	-5.6844	-2.6357	7.9816	2.1511	2.8191	-0.6147	0.6456	-0.6317	0.9639	-0.1237	0.2554	0.5889	0.0914	0.6783	0.621	0.0765	-0.1125	0.3392	-0.0346	0.3589	6.0625	58.2743	51.1356
2	9.2935	2.1415	-1.5896	7.4008	-0.6988	8.8144	-0.4486	0.0701	0.7771	-1.0888	-0.2644	1.1801	-0.4707	-0.1679	0.5494	0.5572	0.1124	-0.2064	0.4472	-0.1073	0.413	-6.1969	71.1922	49.7264
3	3.718	-2.894	-2.6308	2.4381	2.2774	2.1849	0.3508	0.1497	1.7736	-2.63	1.2649	-1.6003	-0.5283	0.0622	-2.0441	0.9241	-0.1885	0.1756	0.625	0.0469	1.0365	2.2803	78.843	48.7648
4	8.9294	0.2	0.8086	2.0167	2.3605	8.9752	1.2105	-0.161	0.6821	-0.4113	1.1644	-2.0636	-0.1126	-0.4596	-0.8883	0.5492	0.0212	0.2395	0.39	0.0174	0.9253	11.3886	71.3376	51.55
5	5.5269	1.6092	-0.4516	1.5609	1.1062	1.4677	0.6017	0.9555	1.5208	-0.8555	0.9173	0.7234	-0.6741	-1.847	1.6743	0.6706	0.114	0.1039	0.888	0.5207	0.7908	4.0699	64.7707	46.4276
6	3.3614	-4.462	-0.1852	6.7462	-1.57	5.4735	0.7126	0.5046	-1.2814	0.0233	0.0375	-0.4193	-0.1482	0.0433	-0.441	0.4188	0.1679	-0.0298	0.3923	-0.0647	0.6772	7.2004	60.0497	50.0545
7	6.1656	0.3927	-7.5639	3.5827	-0.9878	9.3231	0.5597	-2.259	1.1611	1.2126	-0.8501	-1.6298	-1.0251	0.8332	-0.0231	0.3775	0.0299	-0.1585	0.4484	-0.0664	0.7583	11.1113	62.8392	57.9338
8	5.3129	-0.688	-0.6649	0.9154	-1.4756	9.1889	-0.1368	-0.8893	-1.3705	0.9544	0.3112	-0.7856	-0.4156	-0.2788	-0.2194	0.6302	0.1347	0.0096	0.3382	-0.0541	0.7105	-0.1658	65.9853	57.8594
9	4.804	3.1335	-0.2427	2.6125	1.1073	3.0923	0.4262	0.0109	-0.2396	-0.0748	-0.5159	-0.7148	0.3129	0.4235	-0.0499	0.2357	0.0044	0.0081	0.4396	0.0842	0.4558	18.264	52.6944	29.1116
10	7.7012	-3.1028	4.7356	3.2998	-1.7945	5.8499	0.3366	0.0041	-0.5429	-0.3165	-0.4353	1.3367	-0.5522	-0.503	-0.0599	0.377	-0.1172	0.0099	0.3946	0.0581	0.526	3.9167	42.2057	27.3986
11	4.0473	-3.9887	2.9436	3.9253	-2.877	2.137	0.1242	0.625	-1.7375	-0.4524	0.3317	2.1458	0.1667	-0.7336	-0.3126	0.5865	-0.192	-0.2091	0.689	-0.1265	0.9375	-2.5509	52.1412	27.4581
12	3.297	2.497	-5.4296	5.5409	-1.9354	2.0481	0.2448	0.3132	1.6811	0.1904	-0.1405	0.9003	-0.1654	-1.6151	0.0443	0.3455	0.0486	-0.0177	0.4393	-0.2154	1.0286	4.8016	58.8496	29.4502
13	7.7867	-5.0616	-0.2484	9.2558	2.1116	5.345	0.7443	1.1695	-0.3119	-0.7378	-1.4135	0.7592	0.1017	-0.4612	0.5063	0.3531	-0.0622	0.0411	0.4051	-0.0177	0.4274	10.9707	49.1036	21.9464
14	6.1293	-0.3165	-1.5996	1.8152	1.9471	7.1819	-0.0126	0.2385	-0.4293	0.3582	-0.2631	-1.2769	1.132	0.1103	-0.0359	0.5282	-0.0247	0.0151	0.2491	-0.0255	0.6421	17.3103	47.5724	25.8776
15	2.4808	0.4819	-0.7028	7.4397	-5.0672	3.5823	-0.0007	-0.8242	0.4729	0.5579	-0.224	-0.5533	-0.7492	-1.063	-0.0937	0.4257	-0.0065	0.0082	0.4067	-0.0872	0.4153	13.6258	60.3728	34.9723
16	4.4399	-4.5829	5.1353	4.7314	-5.2942	5.9936	0.0447	0.4311	-0.7533	2.2968	-0.3481	-0.2922	-1.8583	1.4996	0.4722	0.5116	-0.1394	-0.0742	0.5801	0.0513	0.6782	12.8771	46.1703	36.6724
17	5.0041	3.01	-2.1916	2.1277	-1.122	4.9192	-0.4622	0.8765	-0.0287	-0.4253	1.7061	-0.1162	-0.1117	0.3204	-0.955	0.319	-0.0211	-0.0387	0.3331	-0.0645	0.4748	25.4008	66.2756	29.1639
18	9.4321	0.5398	-1.6518	8.9927	0.3161	8.6996	-0.1901	0.1291	1.206	-1.0544	0.2915	-0.8563	-0.2389	1.2129	-0.1794	0.6061	-0.2073	0.106	0.4514	-0.0254	0.3776	39.288	79.3567	27.1819
19	5.5186	-4.0809	5.5476	3.0265	-4.119	5.5918	0.8687	0.9475	0.7243	-1.0131	-0.7332	-0.9114	0.0462	1.703	-0.8617	0.6384	0.0258	0.1174	0.7044	-0.1579	1.102	41.1905	68.8299	27.2128
20	4.2434	2.0477	2.8568	4.3048	-1.605	4.5577	0.5921	0.5801	-0.5773	0.1104	-0.3358	-2.3218	0.1645	1.6662	-0.3617	0.4072	-0.0033	-0.0341	0.3389	-0.0113	0.7592	36.8873	61.0693	29.3286
21	2.7429	2.2719	-0.2096	3.0408	-1.9356	2.6826	1.0654	0.8821	0.7221	0.6666	-1.0094	0.5107	-1.1296	0.0655	0.0857	0.6203	0.0533	0.0748	0.3923	0.0702	0.6401	32.7603	76.3775	19.9506
22	9.3849	-0.1572	0.0133	9.1301	0.271	7.4474	0.5858	-0.0445	-0.5068	0.7048	0.0046	-0.2048	-0.4168	-0.1244	-0.3097	0.1937	0.0053	0.0828	0.2187	0.0143	0.3851	27.916	64.5645	29.8381
23	2.0312	1.9242	-3.0131	5.4095	2.5195	2.1756	0.1841	-1.3526	-3.214	2.1556	-0.7437	-0.5515	-0.5505	-0.1426	-0.2919	0.1588	-0.5715	-1.1764	0.2809	-0.4416	-1.1746	31.5439	65.8445	36.46
24	4.0869	-3.0528	2.328	7.9699	0.5057	2.2365	-0.8737	-0.607	-0.1674	1.1349	-0.0986	0.0985	0.1717	-1.2768	0.0994	0.4312	-0.1252	0.0609	0.5334	-0.2037	0.6357	30.8886	75.6137	35.9529
25	4.4422	-5.6974	-0.3325	6.9623	0.2528	2.1121	-0.6296	-0.0247	0.4478	0.5389	0.1079	0.2257	-0.1606	0.4612	0.1959	0.4119	0.0877	-0.043	0.2442	0.0433	0.5889	18.197	48.6925	50.9699
26	6.3	0.1137	0.9607	5.28	0.6648	3.0754	0.0222	0.5278	-0.2727	-0.7823	-0.0925	-0.2907	-0.8647	-0.3389	-0.0904	0.4321	0.1343	0.0026	0.4548	0.0298	0.3796	26.6186	35.4651	49.1505
27	3.269	-3.452	-1.6838	5.3666	-1.5813	7.3157	-0.5364	1.0306	-0.9162	0.5237	-0.2476	-0.3583	0.5446	-1.5868	0.7794	0.6567	0.0804	0.0806	0.6488	-0.2916	0.7398	20.2696	29.5699	49.3175
28	2.152	-2.7743	-2.6179	8.8677	-0.0292	9.6553	-0.259	0.1567	-0.9913	-0.4649	0.2515	0.2917	-0.1084	-0.8534	0.2468	0.4439	-0.0113	-0.1484	0.3646	0.0173	0.6253	10.7058	36.913	51.6996
29	4.4669	-0.2597	-2.0888	6.305	-4.215	5.8962	0.379	2.2924	-1.7561	-1.0732	-1.2671	-0.5415	-0.4446	0.5467	0.0905	0.6956	0.1974	-0.0797	0.7586	-0.1121	0.5415	18.5184	43.4911	44.8557
30	9.3525	0.1207	-1.8903	4.8915	-0.5443	5.4652	-0.3863	0.881	-0.0482	-0.2617	-0.0528	-0.0176	0.6723	0.1157	-0.2269	0.3731	0.088	-0.1414	0.3882	0.1307	0.4424	14.407	47.9851	51.735
31	4.7713	-5.8135	-0.7665	7.1064	1.2175	3.2618	0.0858	0.0858	-1.1742	3.4717	-0.0195	1.4432	1.625	-0.9534	-0.2497	0.6052	0.0773	-0.0607	0.2514	-0.0147	0.4857	14.163	44.3967	58.0526
32	4.3821	5.1382	0.538	8.7188	-4.1963	8.73	1.6838	0.3514	-0.3797	1.54	-0.474	-0.4707	-2.4521	-0.807	-0.9932	0.5877	0.0473	0.0687	0.406	-0.0354	0.4256	24.5369	43.2336	57.892

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 45:54)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 55:63)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 64:76)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 77:85)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 86:103)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain A and resid 104:112)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain A and resid 113:120)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain A and resid 121:128)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain B and resid 45:55)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain B and resid 56:68)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain B and resid 69:76)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain B and resid 77:85)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(chain B and resid 86:97)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(chain B and resid 98:108)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(chain B and resid 109:121)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	(chain B and resid 122:130)
17	X-RAY DIFFRACTION	17	(chain C and resid 45:54)
18	X-RAY DIFFRACTION	18	(chain C and resid 55:68)
19	X-RAY DIFFRACTION	19	(chain C and resid 74:78)
20	X-RAY DIFFRACTION	20	(chain C and resid 79:88)
21	X-RAY DIFFRACTION	21	(chain C and resid 89:98)
22	X-RAY DIFFRACTION	22	(chain C and resid 103:115)
23	X-RAY DIFFRACTION	23	(chain C and resid 116:122)
24	X-RAY DIFFRACTION	24	(chain C and resid 123:128)
25	X-RAY DIFFRACTION	25	(chain D and resid 45:56)
26	X-RAY DIFFRACTION	26	(chain D and resid 57:64)
27	X-RAY DIFFRACTION	27	(chain D and resid 65:76)
28	X-RAY DIFFRACTION	28	(chain D and resid 77:85)
29	X-RAY DIFFRACTION	29	(chain D and resid 86:102)
30	X-RAY DIFFRACTION	30	(chain D and resid 103:114)
31	X-RAY DIFFRACTION	31	(chain D and resid 115:122)
32	X-RAY DIFFRACTION	32	(chain D and resid 123:128)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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