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万見
- PDB-6gxc: Bacterial oligosaccharyltransferase PglB in complex with an inhib... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6gxc
タイトルBacterial oligosaccharyltransferase PglB in complex with an inhibitory peptide and a reactive lipid-linked oligosaccharide analog
要素
  • GLY-ASP-GLN-DAB-ALA-THR-PPN-GLY
  • Undecaprenyl-diphosphooligosaccharide--protein glycotransferase
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Glycosyltransferase / Lipid-linked oligosaccharide / Ternary complex
機能・相同性
機能・相同性情報


undecaprenyl-diphosphooligosaccharide-protein glycotransferase / dolichyl-diphosphooligosaccharide-protein glycotransferase activity / protein N-linked glycosylation via asparagine / glycosyltransferase activity / post-translational protein modification / magnesium ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
STT3 subunit PglB, C-terminal beta-barrel domain / STT3/PglB C-terminal beta-barrel domain / : / STT3/PglB/AglB core domain / : / Oligosaccharyl transferase, STT3 subunit / Oligosaccharyl transferase STT3, N-terminal
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-FFK / : / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Undecaprenyl-diphosphooligosaccharide--protein glycotransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Campylobacter lari (カンピロバクター)
Campylobacter lari RM2100 (カンピロバクター)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 3.401 Å
データ登録者Napiorkowska, M. / Locher, K.P. / Boilevin, J. / Darbre, T. / Reymond, J.-L.
資金援助 スイス, 1件
組織認可番号国
Swiss National Science FoundationSNF 310030B_166672 スイス
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2018
タイトル: Structure of bacterial oligosaccharyltransferase PglB bound to a reactive LLO and an inhibitory peptide.
著者: Napiorkowska, M. / Boilevin, J. / Darbre, T. / Reymond, J.L. / Locher, K.P.
履歴
登録2018年6月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年11月14日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Undecaprenyl-diphosphooligosaccharide--protein glycotransferase
B: GLY-ASP-GLN-DAB-ALA-THR-PPN-GLY
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,4948
ポリマ－85,4062
非ポリマー1,0886
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, SDS-PAGE
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2270 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area30050 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)83.810, 116.540, 173.890
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Undecaprenyl-diphosphooligosaccharide--protein glycotransferase / Protein glycosylation B


分子量: 84565.969 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Campylobacter lari (strain RM2100 / D67 / ATCC BAA-1060) (カンピロバクター)
株: RM2100 / D67 / ATCC BAA-1060 / 遺伝子: pglB, Cla_1253 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: B9KDD4, undecaprenyl-diphosphooligosaccharide-protein glycotransferase
#2: タンパク質・ペプチド GLY-ASP-GLN-DAB-ALA-THR-PPN-GLY


分子量: 839.808 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Campylobacter lari RM2100 (カンピロバクター)
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)

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非ポリマー , 5種, 6分子

#3: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#7: 化合物 ChemComp-FFK / [(2~{R},3~{R},4~{R},5~{S},6~{R})-3-acetamido-6-(hydroxymethyl)-4,5-bis(oxidanyl)oxan-2-yl] [oxidanyl-[(2~{Z},6~{Z},10~{Z})-3,7,11,15-tetramethylhexadeca-2,6,10,14-tetraenoxy]phosphoryl] hydrogen phosphate


分子量: 653.636 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C28H49NO12P2

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 75.26 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9.4
詳細: 0.1M glycine, pH 9.4, 0.15M magnesium acetate, and 30% PEG400

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年12月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.401→41.094 Å / Num. obs: 24002 / % possible obs: 92.08 % / 冗長度: 13.4 % / CC1/2: 0.999 / Rrim(I) all: 0.069 / Net I/σ(I): 23.28
反射 シェル解像度: 3.401→3.49 Å / 冗長度: 4.8 % / CC1/2: 0.676 / Rrim(I) all: 1.44 / % possible all: 33.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXv1.12精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIXv1.12位相決定
精密化解像度: 3.401→41.094 Å / SU ML: 0.39 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 30.17
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2831 1998 9.01 %
Rwork0.2492 --
obs0.2522 22172 92.08 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.401→41.094 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5866 0 65 0 5931
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0086090
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1578252
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.23559
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.064917
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0091011
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.401-3.4860.3084560.2914564X-RAY DIFFRACTION36
3.486-3.58020.31091010.29331018X-RAY DIFFRACTION67
3.5802-3.68550.32761340.29361356X-RAY DIFFRACTION88
3.6855-3.80440.30991520.29071541X-RAY DIFFRACTION99
3.8044-3.94020.26291530.26911537X-RAY DIFFRACTION100
3.9402-4.09780.28991530.26071542X-RAY DIFFRACTION100
4.0978-4.28420.26571520.23631540X-RAY DIFFRACTION100
4.2842-4.50980.24221540.2131555X-RAY DIFFRACTION100
4.5098-4.79190.21141530.20071552X-RAY DIFFRACTION100
4.7919-5.16130.2031560.19511564X-RAY DIFFRACTION100
5.1613-5.67940.2541550.20171565X-RAY DIFFRACTION100
5.6794-6.49850.27251570.24031593X-RAY DIFFRACTION100
6.4985-8.17680.28711570.25171577X-RAY DIFFRACTION99
8.1768-41.09720.33951650.28771670X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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