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- PDB-6gx9: Crystal structure of the TNPO3 - CPSF6 RSLD complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6gx9
タイトルCrystal structure of the TNPO3 - CPSF6 RSLD complex
要素
  • Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 6
  • Transportin-3
キーワードNUCLEAR PROTEIN / karyopherin-cargo complex / nuclear import / SR-like domain
機能・相同性
機能・相同性情報


exon-exon junction complex binding / positive regulation of RNA export from nucleus / mRNA cleavage factor complex / co-transcriptional mRNA 3'-end processing, cleavage and polyadenylation pathway / interchromatin granule / annulate lamellae / Processing of Intronless Pre-mRNAs / mRNA cleavage and polyadenylation specificity factor complex / perichromatin fibrils / mRNA alternative polyadenylation ...exon-exon junction complex binding / positive regulation of RNA export from nucleus / mRNA cleavage factor complex / co-transcriptional mRNA 3'-end processing, cleavage and polyadenylation pathway / interchromatin granule / annulate lamellae / Processing of Intronless Pre-mRNAs / mRNA cleavage and polyadenylation specificity factor complex / perichromatin fibrils / mRNA alternative polyadenylation / paraspeckles / mRNA 3'-end processing / Signaling by cytosolic FGFR1 fusion mutants / mRNA 3'-end processing / RNA Polymerase II Transcription Termination / nuclear import signal receptor activity / protein heterotetramerization / ribosomal large subunit binding / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / Signaling by FGFR1 in disease / protein tetramerization / small GTPase binding / mRNA processing / protein import into nucleus / nuclear envelope / nuclear speck / ribonucleoprotein complex / intracellular membrane-bounded organelle / mRNA binding / RNA binding / nucleoplasm / identical protein binding / membrane / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 6 / CPSF6/7 family / Exportin-1/Importin-beta-like / Exportin 1-like protein / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily ...: / Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 6 / CPSF6/7 family / Exportin-1/Importin-beta-like / Exportin 1-like protein / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Armadillo-like helical / Armadillo-type fold / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
BENZAMIDINE / Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 6 / Transportin-3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Cherepanov, P. / Cook, N.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Disease (NIH/NIDDK)GM082251 米国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2019
タイトル: Differential role for phosphorylation in alternative polyadenylation function versus nuclear import of SR-like protein CPSF6.
著者: Jang, S. / Cook, N.J. / Pye, V.E. / Bedwell, G.J. / Dudek, A.M. / Singh, P.K. / Cherepanov, P. / Engelman, A.N.
履歴
登録2018年6月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年3月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年4月10日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.22019年5月22日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / database_PDB_rev ...citation / database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / pdbx_database_proc
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32022年3月30日Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_audit_support ...database_2 / pdbx_audit_support / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry
改定 1.42024年1月17日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transportin-3
B: Transportin-3
C: Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 6
D: Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)227,92012
ポリマ－227,2564
非ポリマー6648
水54030
1
A: Transportin-3
C: Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)113,9606
ポリマ－113,6282
非ポリマー3324
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2220 Å2
ΔGint-3 kcal/mol
Surface area40540 Å2
手法PISA
2
B: Transportin-3
D: Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)113,9606
ポリマ－113,6282
非ポリマー3324
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2240 Å2
ΔGint-3 kcal/mol
Surface area40730 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)200.335, 200.335, 234.807
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number182
Space group name H-MP6322

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要素

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タンパク質 , 2種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質 Transportin-3 / Importin-12 / Imp12 / Transportin-SR / TRN-SR


分子量: 104313.211 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TNPO3, IPO12 / プラスミド: pETSUMO-TNPO3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9Y5L0
#2: タンパク質 Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 6 / Cleavage and polyadenylation specificity factor 68 kDa subunit / CPSF 68 kDa subunit / Cleavage ...Cleavage and polyadenylation specificity factor 68 kDa subunit / CPSF 68 kDa subunit / Cleavage factor Im complex 68 kDa subunit / CFIm68 / Pre-mRNA cleavage factor Im 68 kDa subunit / Protein HPBRII-4/7


分子量: 9314.888 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CPSF6, CFIM68 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q16630

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非ポリマー , 4種, 38分子

#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-BCN / BICINE / N,N-ビス(2-ヒドロキシエチル)グリシン


分子量: 163.172 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4 / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-BEN / BENZAMIDINE / ベンズアミジン


分子量: 120.152 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H8N2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 30 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.9 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 12.8% PEG MME 500, 6.4% PEG 20,000, 4% 1,6-hexandiol, 1.5% benzamidine, 75 mM NaCl, 40 mM MgCl2, 6 mM DTT, 80 mM Tris-bicine, pH 8.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97625 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年7月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→50.69 Å / Num. obs: 76497 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12 % / Biso Wilson estimate: 65.17 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.171 / Rpim(I) all: 0.051 / Rrim(I) all: 0.179 / Net I/σ(I): 11.6
反射 シェル解像度: 2.7→2.85 Å / 冗長度: 12 % / Rmerge(I) obs: 1.931 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 10987 / CC1/2: 0.422 / Rpim(I) all: 0.579 / Rrim(I) all: 2.018 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.13_2998: ???)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4C0O

4c0o


解像度: 2.7→50.646 Å / SU ML: 0.4 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 27.02
Rfactor反射数%反射
Rfree0.248 3194 4.18 %
Rwork0.2137 --
obs0.2152 76443 99.98 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→50.646 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14593 0 44 30 14667
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00214919
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.43220250
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.7989038
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0352364
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0032591
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7-2.74030.32641190.29463139X-RAY DIFFRACTION100
2.7403-2.78310.29771280.29343167X-RAY DIFFRACTION100
2.7831-2.82870.38231540.31163101X-RAY DIFFRACTION100
2.8287-2.87750.33961150.32223137X-RAY DIFFRACTION100
2.8775-2.92980.36821420.30533146X-RAY DIFFRACTION100
2.9298-2.98620.29111400.29093140X-RAY DIFFRACTION100
2.9862-3.04710.34671380.28363143X-RAY DIFFRACTION100
3.0471-3.11340.32891260.27673153X-RAY DIFFRACTION100
3.1134-3.18580.29161400.27163149X-RAY DIFFRACTION100
3.1858-3.26540.28381390.25943136X-RAY DIFFRACTION100
3.2654-3.35370.3061410.25853165X-RAY DIFFRACTION100
3.3537-3.45240.35591400.26353156X-RAY DIFFRACTION100
3.4524-3.56380.28281380.24423142X-RAY DIFFRACTION100
3.5638-3.69110.27121410.2343177X-RAY DIFFRACTION100
3.6911-3.83890.28251410.21993176X-RAY DIFFRACTION100
3.8389-4.01350.22761410.19773174X-RAY DIFFRACTION100
4.0135-4.2250.21431410.18813185X-RAY DIFFRACTION100
4.225-4.48960.22561410.18513192X-RAY DIFFRACTION100
4.4896-4.8360.22141410.17853210X-RAY DIFFRACTION100
4.836-5.32210.24841440.18773234X-RAY DIFFRACTION100
5.3221-6.09120.22051440.21063248X-RAY DIFFRACTION100
6.0912-7.66990.22941460.19863290X-RAY DIFFRACTION100
7.6699-50.65450.1641540.15073489X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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