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- PDB-6gwu: Carbonic anhydrase CaNce103p from Candida albicans -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6gwu
タイトルCarbonic anhydrase CaNce103p from Candida albicans
要素Carbonic anhydrase
キーワードLYASE / Carbonic anhydrase / Candida albicans / CaNce103p / substrate tunnel
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated suppression of host resistance gene-dependent defense response / regulation of phenotypic switching / cellular response to carbon dioxide / phenotypic switching / carbon utilization / carbonic anhydrase / carbonate dehydratase activity / mitochondrial intermembrane space / cellular response to oxidative stress / zinc ion binding ...symbiont-mediated suppression of host resistance gene-dependent defense response / regulation of phenotypic switching / cellular response to carbon dioxide / phenotypic switching / carbon utilization / carbonic anhydrase / carbonate dehydratase activity / mitochondrial intermembrane space / cellular response to oxidative stress / zinc ion binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Prokaryotic-type carbonic anhydrases signature 2. / Carbonic anhydrase, prokaryotic-like, conserved site / Beta-carbonic Anhydrase; Chain A / Carbonic anhydrase / Carbonic anhydrase / Carbonic anhydrase superfamily / Carbonic anhydrase / Carbonic anhydrase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BETA-MERCAPTOETHANOL / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TRIETHYLENE GLYCOL / Carbonic anhydrase
類似検索 - 構成要素
生物種Candida albicans (酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Brynda, J. / Dostal, J. / Heidingsfeld, O. / Machacek, S. / Blaha, J. / Pichova, I.
資金援助 チェコ, 2件
組織認可番号国
Czech Science FoundationGA17-08343S チェコ
Ministry of Education (Czech Republic)LO1302 チェコ
引用ジャーナル: BMC Struct. Biol. / 年: 2018
タイトル: Crystal structure of carbonic anhydrase CaNce103p from the pathogenic yeast Candida albicans.
著者: Dostal, J. / Brynda, J. / Blaha, J. / Machacek, S. / Heidingsfeld, O. / Pichova, I.
履歴
登録2018年6月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年11月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Carbonic anhydrase
B: Carbonic anhydrase
C: Carbonic anhydrase
D: Carbonic anhydrase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,19815
ポリマ－92,2614
非ポリマー93711
水63135
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: homology
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area18530 Å2
ΔGint-287 kcal/mol
Surface area31810 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)69.363, 90.280, 167.105
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14B
24C
15B
25D
16C
26D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ASNASNPROPROAA26 - 2291 - 204
21ASNASNPROPROBB26 - 2291 - 204
12ASNASNILEILEAA26 - 2281 - 203
22ASNASNILEILECC26 - 2281 - 203
13PHEPHESERSERAA27 - 2242 - 199
23PHEPHESERSERDD27 - 2242 - 199
14ASNASNILEILEBB26 - 2281 - 203
24ASNASNILEILECC26 - 2281 - 203
15PHEPHESERSERBB27 - 2242 - 199
25PHEPHESERSERDD27 - 2242 - 199
16PHEPHESERSERCC27 - 2242 - 199
26PHEPHESERSERDD27 - 2242 - 199

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Carbonic anhydrase / Carbonate dehydratase / Non-classical export protein 103


分子量: 23065.328 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Candida albicans (酵母) / 遺伝子: NCE103, CAALFM_C301300CA, CaO19.1721, CaO19.9289 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5AJ71, carbonic anhydrase

-
非ポリマー , 5種, 46分子

#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物
ChemComp-BME / BETA-MERCAPTOETHANOL / 2-メルカプトエタノ-ル


分子量: 78.133 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS
#4: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#5: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 35 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.62 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.2 M ammonium acetate or 0.2 M magnesium chloride, 0.1 M Bis-Tris, pH 5.5, 25% (w/v) PEG 3350 or 45% (w/v) MPD.

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.9184 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年1月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→45.94 Å / Num. obs: 53038 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 4.478 % / Biso Wilson estimate: 49.031 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.165 / Rrim(I) all: 0.187 / Χ2: 1.012 / Net I/σ(I): 8.25
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.2-2.334.5712.3280.8384390.6082.62598.2
2.33-2.494.4071.5461.2279150.6991.75397.5
2.49-2.694.6070.961.9274340.7471.08298.3
2.69-2.954.5340.4733.6668660.9340.53698.6
2.95-3.294.4190.2516.2462490.9710.28598.1
3.29-3.84.5320.12211.6455670.9930.13998.7
3.8-4.654.4330.05621.7646890.9980.06497.7
4.65-6.544.3450.04924.7736880.9980.05697.3
6.54-45.944.1070.02738.3621900.9990.03197.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4O1J

4o1j


解像度: 2.2→45.94 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.888 / SU B: 27.386 / SU ML: 0.285 / SU R Cruickshank DPI: 0.2557 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.256 / ESU R Free: 0.214
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.279 809 1.5 %RANDOM
Rwork0.2406 ---
obs0.2412 52491 98.53 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 204.9 Å2 / Biso mean: 80.881 Å2 / Biso min: 46.14 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.44 Å20 Å2-0 Å2
2--3.15 Å20 Å2
3---2.29 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.2→45.94 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6198 0 36 35 6269
Biso mean--85.5 62.27 -
残基数----819
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0196344
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0080.026125
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5691.9458606
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg2.494314021
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.8635814
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.44825.192260
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.842151042
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.5021520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0920.21004
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.027243
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0070.021445
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A209480.2
12B209480.2
21A197000.21
22C197000.21
31A200920.21
32D200920.21
41B195480.22
42C195480.22
51B200480.21
52D200480.21
61C192200.21
62D192200.21
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.257 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.434 59 -
Rwork0.431 3835 -
all-3894 -
obs--98.96 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.0215-0.0072-0.19020.00410.06911.94-0.00230.05480.00120.0283-0.0111-0.00690.1346-0.19630.01340.7069-0.0065-0.01260.4974-0.00180.0645-23.8403-1.388-34.6532
20.03110.00340.22010.00390.00251.71950.00380.05250.0050.02540.02520.0126-0.07860.2051-0.0290.7210.01330.02640.5131-0.00170.0581-10.08445.1877-34.403
30.10580.035-0.6090.0136-0.223.690.1212-0.10950.01610.0179-0.01010.009-0.38580.545-0.11110.714-0.07590.0250.5923-0.03520.0264-13.42564.8659-72.1157
40.0033-0.0012-0.02190.02470.29253.50050.0459-0.00840.00220.0126-0.0326-0.00140.0797-0.2992-0.01330.6591-0.01560.03080.46420.00010.0521-25.7001-3.0499-72.0391
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A26 - 301
2X-RAY DIFFRACTION2B26 - 301
3X-RAY DIFFRACTION3C26 - 301
4X-RAY DIFFRACTION4D27 - 301

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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