PDB-6gw1: GII.10 human norovirus protruding domain in complex with glycoche...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6gw1

タイトル

GII.10 human norovirus protruding domain in complex with glycochenodeoxycholate (GCDCA)

要素

Capsid protein

キーワード

VIRAL PROTEIN / Norovirus / GII.10 / P domain / GCDCA / HBGA

機能・相同性

機能・相同性情報

virion component / host cell cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Norwalk virus (ノロウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Kilic, T. / Hansman, G.S.

引用

ジャーナル: J. Virol. / 年: 2019
タイトル: Structural Basis for Human Norovirus Capsid Binding to Bile Acids.
著者: Kilic, T. / Koromyslova, A. / Hansman, G.S.

履歴

登録	2018年6月21日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年10月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年11月7日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2019年1月16日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc Item: _citation.journal_volume / _citation.title ..._citation.journal_volume / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.3	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6gw1.cif.gz	258.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6gw1.ent.gz	207.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6gw1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6gw1_validation.pdf.gz	892.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6gw1_full_validation.pdf.gz	894.8 KB	表示
XML形式データ	6gw1_validation.xml.gz	26.6 KB	表示
CIF形式データ	6gw1_validation.cif.gz	38.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gw/6gw1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gw/6gw1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6gvzC 6gw0C 6gw2C 6gw4C 3onuS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3q6q-d 4z4t-d 5hza-d 3q39-d 4z4v-d 4rm0-d 6jyo-2 5lkg-d 5kon-d 6jyo-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#156 - 2012年12月 ABO式血液型糖転移酵素 (ABO Blood Type Glycosyltransferases) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Capsid protein

B: Capsid protein

ヘテロ分子

69.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	107.850, 79.670, 87.690
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: タンパク質	Capsid protein 分子量: 34419.582 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Norwalk virus (ノロウイルス) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5F4T5
#2: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物	ChemComp-CHO / GLYCOCHENODEOXYCHOLIC ACID / グリコケノデオキシコ-ル酸分子量: 449.623 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₆H₄₃NO₅ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 可溶化剤*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 344 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.74 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.05 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0,1M Magnesium acetate tetrahydrate 0,1M Sodium citrate pH 5.8 14% w/v PEG 5000 MME

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.97264 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年9月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97264 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→45.93 Å / Num. obs: 60120 / % possible obs: 99.38 % / 冗長度: 6.4 % / B_iso Wilson estimate: 28.15 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.06655 / R_pim(I) all: 0.02835 / R_rim(I) all: 0.07248 / Net I/σ(I): 16.89
反射シェル	解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 6.2 % / R_merge(I) obs: 0.6555 / Mean I/σ(I) obs: 2.49 / Num. unique obs: 5732 / CC_1/2: 0.8 / R_pim(I) all: 0.2838 / R_rim(I) all: 0.7159 / % possible all: 96.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.12_2829: ???)	精密化
XDS	VERSION Nov 1, 2016	データ削減
XSCALE	VERSION Nov 1, 2016	データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3ONU

3onu

解像度: 1.9→45.93 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 18.4

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1899	3006	5 %
R_work	0.1654	-	-
obs	0.1667	60113	99.39 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→45.93 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4708	0	58	344	5110

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	4964
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.75	6837
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.826	2912
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.053	780
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	895

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9-1.9284	0.2887	133	0.2323	2530	X-RAY DIFFRACTION	94
1.9284-1.9616	0.2323	139	0.2191	2646	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9616-1.9973	0.2718	143	0.2131	2713	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9973-2.0357	0.2192	142	0.197	2705	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0357-2.0773	0.2266	141	0.1867	2679	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0773-2.1224	0.1966	141	0.1808	2681	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1224-2.1718	0.196	143	0.1752	2699	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1718-2.2261	0.2202	142	0.1739	2701	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2261-2.2863	0.2284	142	0.1719	2708	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2863-2.3536	0.1867	142	0.1708	2698	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3536-2.4295	0.2102	143	0.1677	2723	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4295-2.5164	0.1929	142	0.1682	2693	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5164-2.6171	0.2084	144	0.1777	2723	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6171-2.7362	0.2123	144	0.1824	2740	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7362-2.8805	0.1985	142	0.182	2711	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8805-3.0609	0.2108	145	0.1753	2755	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0609-3.2972	0.196	145	0.1729	2743	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2972-3.6288	0.1757	146	0.1596	2768	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6288-4.1536	0.1744	145	0.1447	2773	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1536-5.232	0.1215	148	0.1233	2799	X-RAY DIFFRACTION	100
5.232-45.93	0.1992	154	0.1662	2919	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.0781	-0.3012	0.9842	3.2322	0.0546	3.153	-0.012	-0.3523	0.1522	0.3068	0.0138	-0.1362	-0.1141	0.0334	0.0145	0.2052	0.0235	-0.0332	0.2362	-0.0202	0.1774	-20.276	9.4498	-8.6278
2	4.5326	3.9255	1.9662	5.0563	1.3318	2.3196	-0.0489	-0.0796	-0.2343	0.0161	0.1255	-0.0273	0.0699	0.1033	-0.1038	0.203	0.0527	-0.0013	0.1831	0.0142	0.2025	-25.8736	-4.0914	-17.7067
3	3.8531	0.1082	0.4002	2.9534	0.8259	2.469	-0.0579	-0.1075	-0.2931	0.2323	0.1443	0.1055	0.2788	-0.0082	-0.0625	0.308	0.0228	0.0076	0.1937	0.0713	0.2712	-33.5647	-10.3844	-16.9511
4	3.4675	-0.1735	2.0093	2.3619	-0.8716	4.8178	0.1106	0.1766	-0.2997	-0.1399	0.1706	0.0892	0.2408	-0.0902	-0.2242	0.1201	-0.0168	0.0238	0.1654	0.0307	0.2274	-38.1311	-2.8035	-25.506
5	1.7774	0.1325	0.867	2.2703	0.6413	2.1776	-0.0168	-0.1968	-0.2796	0.0933	0.0853	0.2623	0.1035	-0.3051	-0.0684	0.1805	0.0012	0.0216	0.2621	0.0824	0.256	-40.615	-3.5415	-16.0082
6	1.7754	0.3968	0.1267	1.6752	0.0334	1.1814	-0.048	-0.4441	-0.1596	0.3949	0.0985	-0.2127	0.0636	-0.0523	-0.0481	0.2844	0.065	-0.0221	0.319	0.0155	0.1809	-26.6978	2.9758	-3.1555
7	5.692	-1.1508	-2.8599	4.6227	1.5044	6.6318	0.0022	0.0614	-0.0017	0.0095	0.1037	-0.3553	-0.0376	0.185	-0.0942	0.2002	0.0249	-0.0455	0.2445	-0.0188	0.2558	-15.7158	6.7261	-14.3843
8	4.2542	-0.7702	0.5648	4.7369	0.5629	4.1614	0.0479	-0.099	0.3094	-0.0135	0.0677	-0.4874	-0.1803	0.4175	-0.1335	0.2607	0.0054	-0.083	0.317	-0.1092	0.2792	-11.3513	15.5821	-4.4108
9	2.8223	0.1162	0.5425	2.0279	3.8986	8.0578	-0.0557	-0.2523	0.4124	0.3237	0.4177	-0.6813	0.1302	0.8787	-0.3157	0.2733	-0.0029	-0.0995	0.4581	-0.1747	0.4911	-5.192	14.9372	-2.2627
10	2.5734	-0.9513	-0.9007	1.5355	0.1729	1.2592	0.0082	0.0625	0.1571	-0.0855	0.0165	-0.0425	-0.086	-0.0287	-0.0361	0.2406	0.012	-0.0212	0.1926	0.0074	0.2153	-27.2739	16.0947	-30.9886
11	1.5202	-0.0444	-0.3085	1.0956	-0.1412	0.9411	-0.0051	0.055	0.2047	-0.0566	0.0894	0.1219	-0.1291	-0.1681	-0.0931	0.1971	0.0298	-0.0155	0.2135	0.0207	0.2092	-36.6368	15.0624	-31.3703
12	3.2763	-0.1413	-0.7465	2.4103	0.1892	1.6747	-0.0369	0.137	-0.2075	-0.2096	-0.0192	-0.3632	0.0744	0.0568	0.0267	0.2306	-0.0011	0.057	0.1998	-0.0139	0.3064	-10.1663	4.9714	-38.3902

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 226 through 266 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 267 through 294 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 295 through 327 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 328 through 354 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 355 through 409 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 410 through 455 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 456 through 472 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 473 through 521 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 522 through 538 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 225 through 332 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 333 through 455 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 456 through 538 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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