PDB-6gw0: GII.1 human norovirus protruding domain in complex with taurochen...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6gw0

タイトル

GII.1 human norovirus protruding domain in complex with taurochenodeoxycholate (TCDCA)

要素

Capsid protein VP1

キーワード

VIRAL PROTEIN / Norovirus / GII.1 / P domain / TCDCA / HBGA

機能・相同性

機能・相同性情報

Positive stranded ssRNA viruses / Nucleoplasmin-like/VP (viral coat and capsid proteins) / Positive stranded ssRNA viruses / Calicivirus coat protein C-terminal / Calicivirus coat protein C-terminal / Calicivirus coat protein / Calicivirus coat protein / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Viral coat protein subunit ...
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Norovirus Hu/GII.1/7EK/Hawaii/1971/USA (ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.4 Å

データ登録者

Kilic, T. / Hansman, G.S.

引用

ジャーナル: J. Virol. / 年: 2019
タイトル: Structural Basis for Human Norovirus Capsid Binding to Bile Acids.
著者: Kilic, T. / Koromyslova, A. / Hansman, G.S.

履歴

登録	2018年6月21日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年10月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年11月7日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2019年1月16日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc Item: _citation.journal_volume / _citation.title ..._citation.journal_volume / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.3	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6gw0.cif.gz	187.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6gw0.ent.gz	149.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6gw0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gw/6gw0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gw/6gw0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6gvzC 6gw1C 6gw2C 6gw4C 4roxS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6gvz-d 3r6k-d 3r6j-d 3ony-5 5zuq-d 4nfw-14 4rpb-2 2obs-d 3x1z-d 3ony-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#156 - 2012年12月 ABO式血液型糖転移酵素 (ABO Blood Type Glycosyltransferases) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Capsid protein VP1

ヘテロ分子

35.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	74.450, 99.200, 79.240
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-782- HOH
2	1	A-801- HOH
3	1	A-804- HOH
4	1	A-860- HOH
5	1	A-939- HOH
6	1	A-954- HOH
7	1	A-989- HOH

#1: タンパク質	Capsid protein VP1 分子量: 34735.789 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: N-terminal GPGS is part of an expression tag. 由来: (組換発現) Norovirus Hu/GII.1/7EK/Hawaii/1971/USA (ウイルス) 遺伝子: VP1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: J9XXB7
#2: 化合物	ChemComp-TUD / TAUROCHENODEOXYCHOLIC ACID / 2-(((3ALPHA,5BETA,7ALPHA)-3,7-DIHYDROXY-24-OXOCHOLAN-24-YL)AMINO)ETHANESULFONIC ACID / TAUROCHENODEOXYCHOLATE / タウロケノデオキシコ-ル酸分子量: 499.704 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₆H₄₅NO₆S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 310 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.11 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.59 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0,1 M Magnesium acetate tetrahydrate 0,1 M Sodium citrate 5,8 14 % w/v PEG 5000 MME

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-3 / 波長: 0.9677 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年10月26日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9677 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.4→59.55 Å / Num. obs: 57934 / % possible obs: 99.74 % / 冗長度: 13.2 % / B_iso Wilson estimate: 13.43 Å² / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.03736 / R_pim(I) all: 0.0106 / R_rim(I) all: 0.03887 / Net I/σ(I): 41.85
反射シェル	解像度: 1.4→1.45 Å / 冗長度: 9.5 % / R_merge(I) obs: 0.4668 / Mean I/σ(I) obs: 4.93 / Num. unique obs: 5641 / CC_1/2: 0.95 / R_pim(I) all: 0.1578 / R_rim(I) all: 0.4937 / % possible all: 98.34

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.13_2998: ???)	精密化
XDS	VERSION Jun 1, 2017	データ削減
XSCALE	VERSION Jun 1, 2017	データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4ROX

4rox

解像度: 1.4→33.692 Å / SU ML: 0.13 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 15.45

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1676	2898	5 %
R_work	0.1485	-	-
obs	0.1495	57927	99.68 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.4→33.692 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2346	0	34	310	2690

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	2488
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.883	3438
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.719	893
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.081	387
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	453

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.3985-1.4214	0.3508	131	0.3615	2471	X-RAY DIFFRACTION	95
1.4214-1.4459	0.2259	136	0.2272	2595	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4459-1.4722	0.1806	138	0.1653	2621	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4722-1.5005	0.1958	136	0.1563	2573	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5005-1.5312	0.1696	138	0.1562	2623	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5312-1.5645	0.1819	136	0.1596	2590	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5645-1.6009	0.1656	138	0.1373	2612	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6009-1.6409	0.1733	136	0.1399	2592	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6409-1.6853	0.1831	138	0.1451	2629	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6853-1.7349	0.1845	137	0.1396	2606	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7349-1.7908	0.161	137	0.1415	2599	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7908-1.8548	0.1666	138	0.1427	2609	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8548-1.9291	0.1703	138	0.1437	2626	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9291-2.0169	0.1614	139	0.1458	2638	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0169-2.1232	0.1685	137	0.1425	2607	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1232-2.2562	0.1706	139	0.1391	2640	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2562-2.4304	0.1788	138	0.1396	2619	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4304-2.6749	0.1289	139	0.1491	2654	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6749-3.0617	0.1674	141	0.1546	2667	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0617-3.8565	0.1639	141	0.1469	2692	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8565-33.7022	0.1559	147	0.1402	2789	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.655	0.4786	-0.2441	1.3738	-0.5485	0.4549	0.0087	-0.0079	0.0393	0.0539	0.0206	0.1067	-0.008	-0.0515	-0.0371	0.1001	0.0006	0.0022	0.1231	0.0011	0.0978	-10.6792	-28.3528	15.3131
2	0.3738	0.0632	-0.0646	0.5697	-0.1206	0.2816	-0.0138	0.0183	-0.005	-0.0395	0.0296	0.0608	0.0308	-0.0538	-0.0208	0.1015	-0.0034	-0.0006	0.1143	0.004	0.0944	-10.2043	-35.633	13.6407
3	2.3649	-0.5203	-0.1683	2.0308	0.1661	2.0303	-0.0189	0.1217	0.0435	-0.1041	-0.018	-0.1247	0.0442	0.1437	0.023	0.1082	0.0032	0.009	0.1283	0.0268	0.1092	-0.3093	-12.1111	-0.1713

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 221 through 325 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 326 through 459 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 460 through 525 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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