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- PDB-6gvw: Crystal structure of the BRCA1-A complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6gvw
タイトルCrystal structure of the BRCA1-A complex
要素
  • (BRCA1-A complex subunit ...) x 2
  • (BRISC and BRCA1-A complex member ...) x 2
  • Lys-63-specific deubiquitinase BRCC36
キーワードSIGNALING PROTEIN / Deubiquitinase complex / DUB / Lysine-63 linkage specific / BRCC36-containing / BRCA1A binding
機能・相同性
機能・相同性情報


: / mitotic G2 DNA damage checkpoint signaling => GO:0007095 / : / BRISC complex / G2/M DNA damage checkpoint / Nonhomologous End-Joining (NHEJ) / Metalloprotease DUBs / Processing of DNA double-strand break ends / BRCA1-A complex / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks ...: / mitotic G2 DNA damage checkpoint signaling => GO:0007095 / : / BRISC complex / G2/M DNA damage checkpoint / Nonhomologous End-Joining (NHEJ) / Metalloprotease DUBs / Processing of DNA double-strand break ends / BRCA1-A complex / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks / attachment of spindle microtubules to kinetochore / nuclear ubiquitin ligase complex / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; オメガペプチターゼ / tumor necrosis factor receptor binding / mitotic G2/M transition checkpoint / cell cycle / protein K63-linked deubiquitination / hematopoietic stem cell proliferation / response to ionizing radiation / K63-linked polyubiquitin modification-dependent protein binding / mitotic G2 DNA damage checkpoint signaling / polyubiquitin modification-dependent protein binding / response to X-ray / mitotic spindle assembly / enzyme regulator activity / regulation of DNA repair / nuclear retinoid X receptor binding / ubiquitin ligase complex / positive regulation of DNA repair / spindle pole / metallopeptidase activity / double-strand break repair / chromatin organization / histone binding / microtubule binding / cysteine-type deubiquitinase activity / nuclear body / cell division / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA damage response / negative regulation of apoptotic process / apoptotic process / DNA binding / nucleoplasm / nucleus / metal ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
BRISC and BRCA1-A complex member 1 / BRCA1-A complex subunit BRE / FAM175 family, BRCA1-A complex, Abraxas 1 subunit / Brain and reproductive organ-expressed protein (BRE) / BRCA1-A complex subunit RAP80 / RAP80, N-terminal / RAP80 N-terminal ubiquitin interaction motif / Brcc36 isopeptidase / BRCC36, C-terminal helical domain / BRCC36 C-terminal helical domain ...BRISC and BRCA1-A complex member 1 / BRCA1-A complex subunit BRE / FAM175 family, BRCA1-A complex, Abraxas 1 subunit / Brain and reproductive organ-expressed protein (BRE) / BRCA1-A complex subunit RAP80 / RAP80, N-terminal / RAP80 N-terminal ubiquitin interaction motif / Brcc36 isopeptidase / BRCC36, C-terminal helical domain / BRCC36 C-terminal helical domain / FAM175 family / Ubiquitin-interacting motif. / Rad18, zinc finger UBZ4-type / Zinc finger UBZ4-type profile. / Ubiquitin interacting motif / Ubiquitin-interacting motif (UIM) domain profile. / JAB1/Mov34/MPN/PAD-1 ubiquitin protease / JAB/MPN domain / JAB1/MPN/MOV34 metalloenzyme domain / MPN domain / MPN domain profile. / von Willebrand factor A-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Lys-63-specific deubiquitinase BRCC36 / BRISC and BRCA1-A complex member 1 / BRCA1-A complex subunit RAP80 / BRCA1-A complex subunit Abraxas 1 / BRISC and BRCA1-A complex member 2
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 3.75 Å
データ登録者Bunker, R.D. / Rabl, J. / Thoma, N.H.
引用ジャーナル: Mol Cell / 年: 2019
タイトル: Structural Basis of BRCC36 Function in DNA Repair and Immune Regulation.
著者: Julius Rabl / Richard D Bunker / Andreas D Schenk / Simone Cavadini / Mark E Gill / Wassim Abdulrahman / Amparo Andrés-Pons / Martijn S Luijsterburg / Adel F M Ibrahim / Emma Branigan / ...著者: Julius Rabl / Richard D Bunker / Andreas D Schenk / Simone Cavadini / Mark E Gill / Wassim Abdulrahman / Amparo Andrés-Pons / Martijn S Luijsterburg / Adel F M Ibrahim / Emma Branigan / Jacob D Aguirre / Aimee H Marceau / Claire Guérillon / Tewis Bouwmeester / Ulrich Hassiepen / Antoine H F M Peters / Martin Renatus / Laurent Gelman / Seth M Rubin / Niels Mailand / Haico van Attikum / Ronald T Hay / Nicolas H Thomä /
要旨: In mammals, ∼100 deubiquitinases act on ∼20,000 intracellular ubiquitination sites. Deubiquitinases are commonly regarded as constitutively active, with limited regulatory and targeting capacity. ...In mammals, ∼100 deubiquitinases act on ∼20,000 intracellular ubiquitination sites. Deubiquitinases are commonly regarded as constitutively active, with limited regulatory and targeting capacity. The BRCA1-A and BRISC complexes serve in DNA double-strand break repair and immune signaling and contain the lysine-63 linkage-specific BRCC36 subunit that is functionalized by scaffold subunits ABRAXAS and ABRO1, respectively. The molecular basis underlying BRCA1-A and BRISC function is currently unknown. Here we show that in the BRCA1-A complex structure, ABRAXAS integrates the DNA repair protein RAP80 and provides a high-affinity binding site that sequesters the tumor suppressor BRCA1 away from the break site. In the BRISC structure, ABRO1 binds SHMT2α, a metabolic enzyme enabling cancer growth in hypoxic environments, which we find prevents BRCC36 from binding and cleaving ubiquitin chains. Our work explains modularity in the BRCC36 DUB family, with different adaptor subunits conferring diversified targeting and regulatory functions.
履歴
登録2018年6月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年7月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年8月21日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22024年5月15日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BRCA1-A complex subunit Abraxas 1
B: Lys-63-specific deubiquitinase BRCC36
C: BRISC and BRCA1-A complex member 2
D: BRISC and BRCA1-A complex member 1
E: BRCA1-A complex subunit RAP80
F: BRCA1-A complex subunit Abraxas 1
G: Lys-63-specific deubiquitinase BRCC36
H: BRISC and BRCA1-A complex member 2
I: BRISC and BRCA1-A complex member 1
J: BRCA1-A complex subunit RAP80
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)337,21412
ポリマ－337,08310
非ポリマー1312
水362
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: microscopy
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area52140 Å2
ΔGint-430 kcal/mol
Surface area112080 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)97.096, 122.645, 431.325
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21F
12B
22G
13C
23H
14D
24I
15E
25J

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GLYGLYTHRTHRAA3 - 3237 - 327
21GLYGLYTHRTHRFF3 - 3237 - 327
12ALAALAGLUGLUBB8 - 29112 - 295
22ALAALAGLUGLUGG8 - 29112 - 295
13METMETLEULEUCC1 - 3835 - 387
23METMETLEULEUHH1 - 3835 - 387
14SERSERLEULEUDD84 - 32088 - 324
24SERSERLEULEUII84 - 32088 - 324
15GLYGLYPHEPHEEE272 - 3302 - 60
25GLYGLYPHEPHEJJ272 - 3302 - 60

NCSアンサンブル:
ID詳細
5E, J
1A, F
2B, G
3C, H
4D, I

-
要素

-
BRCA1-A complex subunit ... , 2種, 4分子 AFEJ

#1: タンパク質 BRCA1-A complex subunit Abraxas 1 / Coiled-coil domain-containing protein 98 / Protein FAM175A


分子量: 46431.422 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Abraxas1, Abra1, Ccdc98, Fam175a / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q8BPZ8
#5: タンパク質 BRCA1-A complex subunit RAP80 / Receptor-associated protein 80 / Ubiquitin interaction motif-containing protein 1


分子量: 7327.536 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Uimc1, Rap80, Rip110, Rxrip110 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q5U5Q9

-
タンパク質 , 1種, 2分子 BG

#2: タンパク質 Lys-63-specific deubiquitinase BRCC36 / BRCA1-A complex subunit BRCC36 / BRCA1/BRCA2-containing complex subunit 3 / BRCA1/BRCA2-containing ...BRCA1-A complex subunit BRCC36 / BRCA1/BRCA2-containing complex subunit 3 / BRCA1/BRCA2-containing complex subunit 36 / BRISC complex subunit BRCC36


分子量: 33711.422 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Brcc3, Brcc36, C6.1a / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
参照: UniProt: P46737, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; オメガペプチターゼ

-
BRISC and BRCA1-A complex member ... , 2種, 4分子 CHDI

#3: タンパク質 BRISC and BRCA1-A complex member 2 / BRCA1-A complex subunit BRE / BRCA1/BRCA2-containing complex subunit 45 / Brain and reproductive ...BRCA1-A complex subunit BRE / BRCA1/BRCA2-containing complex subunit 45 / Brain and reproductive organ-expressed protein


分子量: 43915.836 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Babam2, Bre / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q8K3W0
#4: タンパク質 BRISC and BRCA1-A complex member 1 / Mediator of RAP80 interactions and targeting subunit of 40 kDa / New component of the BRCA1-A complex


分子量: 37155.367 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Babam1, Merit40, Nba1 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q3UI43

-
非ポリマー , 2種, 4分子

#6: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.71 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 100 mM MES-KOH pH 5.6, 200 mM MgCl2, 8% (w/v) PEG6000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年9月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.75→30 Å / Num. obs: 53796 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 51.9 % / Biso Wilson estimate: 163 Å2 / CC1/2: 0.952 / Rmerge(I) obs: 0.173 / Rrim(I) all: 0.175 / Χ2: 1.19 / Net I/σ(I): 11.6
反射 シェル解像度: 3.75→3.814 Å / 冗長度: 52.8 % / Rmerge(I) obs: 15.709 / Mean I/σ(I) obs: 0.4 / Num. unique obs: 2661 / CC1/2: 0.476 / Rrim(I) all: 15.86 / Χ2: 1.45 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0238精密化
DIALSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 3.75→29.99 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.942 / SU B: 131.227 / SU ML: 0.765 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.728 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2591 2214 5 %RANDOM
Rwork0.22732 ---
obs0.22896 42193 82.34 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.9 Å / 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å
原子変位パラメータBiso mean: 209.67 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-8.36 Å2-0 Å20 Å2
2---1.5 Å2-0 Å2
3----6.87 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.75→29.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数20134 0 2 2 20138
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.01320616
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.01718854
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1471.64227941
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3611.56743936
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.38852503
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.11422.951078
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.334153586
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.33215108
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0540.22648
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0222805
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.024207
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it5.33314.05910054
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other5.33314.05910053
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it8.95321.08712543
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other8.95321.08712544
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.86314.41210562
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other4.86314.41210563
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other8.37921.45515399
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined15.97278149
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other15.97278150
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A82760.18
12F82760.18
21B76930.14
22G76930.14
31C109000.14
32H109000.14
41D64180.18
42I64180.18
51E15630.12
52J15630.12
LS精密化 シェル解像度: 3.75→3.846 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.367 78 -
Rwork0.382 1269 -
obs--34.83 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.8824-1.1986-1.21632.13370.74242.016-0.268-0.4303-0.17930.36240.03890.01490.46950.33470.22920.16080.0205-0.10240.91930.49311.0512.117-4.9587.702
22.363-0.7602-0.85241.6932-0.07832.9677-0.08980.1881-0.5469-0.2167-0.20190.39080.644-0.30260.29180.3318-0.1557-0.01130.73140.31211.36673.864-18.4-10.076
32.6116-2.3683-0.59553.12560.24871.1731-0.0703-0.14620.08190.3205-0.0378-0.1332-0.25660.25990.1080.1296-0.1878-0.13560.92990.31950.708-9.08234.40619.504
45.8304-0.4604-0.14793.3230.13193.03790.1569-0.2127-0.75270.2128-0.1040.81370.4904-0.8965-0.0530.1093-0.16260.05130.99320.2721.2751-47.83928.82221.231
55.7722-1.0533-2.62510.44181.16053.32670.0872-0.4271-0.46320.0805-0.04730.0186-0.0846-0.1316-0.03990.45690.0885-0.0070.87470.45760.796-18.67935.10728.409
60.73870.0861-0.49551.1857-0.92164.0153-0.1229-0.0371-0.2236-0.36720.2550.25740.7495-0.1752-0.13220.79950.10430.10880.61370.15151.152837.865-15.362-62.547
72.2065-0.4586-0.57513.13670.31383.912-0.0608-0.39690.0792-0.1150.3897-0.4754-0.2130.5293-0.32890.69910.27280.16850.76120.13910.83949.414-9.41-41.55
80.11560.3798-0.40182.287-1.30722.8545-0.1920.06590.124-0.20030.48620.5594-0.0886-0.7542-0.29421.23540.14140.22360.75280.24691.05230.43114.672-96.095
92.05411.57330.24475.7077-1.22923.5332-0.1633-0.3407-0.07280.0488-0.0192-1.2508-0.36841.22180.18261.3993-0.06130.20.89760.03771.144362.31336.797-103.191
101.72561.02340.541.7557-0.69453.7384-0.01170.1405-0.0786-0.3546-0.0030.0255-0.0485-0.54310.01471.42940.02170.13860.37710.07770.872739.48716.818-105.226
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A3 - 324
2X-RAY DIFFRACTION2B8 - 1000
3X-RAY DIFFRACTION3C1 - 383
4X-RAY DIFFRACTION4D83 - 321
5X-RAY DIFFRACTION5E272 - 330
6X-RAY DIFFRACTION6F1 - 330
7X-RAY DIFFRACTION7G8 - 1000
8X-RAY DIFFRACTION8H1 - 383
9X-RAY DIFFRACTION9I84 - 321
10X-RAY DIFFRACTION10J272 - 330

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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