[日本語] English
万見
- PDB-6gv5: Characterization of extracellular matrix binding protein- (Embp)-... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6gv5
タイトルCharacterization of extracellular matrix binding protein- (Embp)-mediated Staphylococcus epidermidis adherence to fibronectin
要素Hyperosmolarity resistance protein Emb
キーワードCELL ADHESION / EMBP / Staphylococcus epidermidis / FG-repeat
機能・相同性
機能・相同性情報


: / membrane => GO:0016020 / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Extracellular matrix-binding protein Ebh domain / : / Domain of unknown function DUF1542 / Domain of Unknown Function (DUF1542) / Protein G-related albumin-binding (GA) module / Extracellular matrix-binding protein ebh, GA module / GA module / GA module / FIVAR domain / Immunoglobulin/albumin-binding domain superfamily ...Extracellular matrix-binding protein Ebh domain / : / Domain of unknown function DUF1542 / Domain of Unknown Function (DUF1542) / Protein G-related albumin-binding (GA) module / Extracellular matrix-binding protein ebh, GA module / GA module / GA module / FIVAR domain / Immunoglobulin/albumin-binding domain superfamily / YSIRK type signal peptide / YSIRK Gram-positive signal peptide
類似検索 - ドメイン・相同性
ECM-binding protein homolog / Extracellular matrix-binding protein ebh
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus epidermidis (表皮ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.55 Å
データ登録者Buettner, H. / Rohde, H. / Perbandt, M.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research FoundationEXC1074 ドイツ
引用ジャーナル: Mbio / 年: 2020
タイトル: A Giant Extracellular Matrix Binding Protein of Staphylococcus epidermidis Binds Surface-Immobilized Fibronectin via a Novel Mechanism.
著者: Buttner, H. / Perbandt, M. / Kohler, T. / Kikhney, A. / Wolters, M. / Christner, M. / Heise, M. / Wilde, J. / Weisselberg, S. / Both, A. / Betzel, C. / Hammerschmidt, S. / Svergun, D. / ...著者: Buttner, H. / Perbandt, M. / Kohler, T. / Kikhney, A. / Wolters, M. / Christner, M. / Heise, M. / Wilde, J. / Weisselberg, S. / Both, A. / Betzel, C. / Hammerschmidt, S. / Svergun, D. / Aepfelbacher, M. / Rohde, H.
履歴
登録2018年6月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年7月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年1月13日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年5月15日Group: Advisory / Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Hyperosmolarity resistance protein Emb


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,0811
ポリマ－14,0811
非ポリマー00
水1,24369
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area7570 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)25.801, 45.591, 99.661
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質 Hyperosmolarity resistance protein Emb


分子量: 14081.467 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus epidermidis (表皮ブドウ球菌)
遺伝子: ebh, CTJ08_00575 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2G7I4G8, UniProt: Q5HPA2*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 69 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.9 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: Morpheus Screen Condition D12

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, DESY / ビームライン: P11 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年10月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.49→50 Å / Num. obs: 19874 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 10.9 % / Net I/σ(I): 28.58
反射 シェル解像度: 1.49→1.58 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.55→26.849 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 22.27
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2295 901 5.1 %
Rwork0.2026 --
obs0.2039 17659 99.09 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 83.52 Å2 / Biso mean: 34.2124 Å2 / Biso min: 14.8 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.55→26.849 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数987 0 0 69 1056
Biso mean---36.17 -
残基数----123
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 6

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.55-1.64710.27341500.24212663281397
1.6471-1.77430.2621390.21992744288399
1.7743-1.95280.23491500.21222758290899
1.9528-2.23520.20961460.19772774292099
2.2352-2.81560.20981620.198828352997100
2.8156-26.85280.2381540.200229843138100

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る