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- PDB-6guv: BTB domain of mouse PATZ1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6guv
タイトルBTB domain of mouse PATZ1
要素POZ (BTB) and AT hook-containing zinc finger 1
キーワードTRANSCRIPTION / BTB / PATZ1 / POZ / Trancription Factor / mouse
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of immune system process / negative regulation of endothelial cell migration / T cell differentiation / regulation of cytokine production / male germ cell nucleus / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / male gonad development / regulation of gene expression / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / spermatogenesis ...regulation of immune system process / negative regulation of endothelial cell migration / T cell differentiation / regulation of cytokine production / male germ cell nucleus / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / male gonad development / regulation of gene expression / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / spermatogenesis / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of DNA-templated transcription / ubiquitin protein ligase binding / chromatin binding / regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / metal ion binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Putative zinc-finger between two C2H2 zinc-fingers on Patz / HMG-I/HMG-Y, DNA-binding, conserved site / HMG-I and HMG-Y DNA-binding domain (A+T-hook). / C2H2-type zinc finger / Potassium Channel Kv1.1; Chain A / Potassium Channel Kv1.1; Chain A / BTB/POZ domain / BTB domain profile. / Zinc finger, C2H2 type / Broad-Complex, Tramtrack and Bric a brac ...Putative zinc-finger between two C2H2 zinc-fingers on Patz / HMG-I/HMG-Y, DNA-binding, conserved site / HMG-I and HMG-Y DNA-binding domain (A+T-hook). / C2H2-type zinc finger / Potassium Channel Kv1.1; Chain A / Potassium Channel Kv1.1; Chain A / BTB/POZ domain / BTB domain profile. / Zinc finger, C2H2 type / Broad-Complex, Tramtrack and Bric a brac / BTB/POZ domain / zinc finger / Zinc finger C2H2 type domain profile. / Zinc finger C2H2 superfamily / Zinc finger C2H2 type domain signature. / SKP1/BTB/POZ domain superfamily / Zinc finger C2H2-type / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
POZ (BTB) and AT hook-containing zinc finger 1 / POZ (BTB) and AT hook containing zinc finger 1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.29 Å
データ登録者Alt, A. / Piepoli, S. / Erman, B. / Mancini, E.J.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Royal SocietyNI140172 英国
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2020
タイトル: Structural analysis of the PATZ1 BTB domain homodimer
著者: Piepoli, S. / Alt, A. / Atilgan, C. / Mancini, E.J. / Erman, B.
履歴
登録2018年6月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年10月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年10月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: entity / entity_name_com ...entity / entity_name_com / entity_src_gen / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif
Item: _entity.pdbx_description / _entity_src_gen.gene_src_common_name ..._entity.pdbx_description / _entity_src_gen.gene_src_common_name / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene / _struct_ref.db_code / _struct_ref.pdbx_align_begin / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq.seq_align_beg
改定 1.22020年10月21日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.32024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: POZ (BTB) and AT hook-containing zinc finger 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,7901
ポリマ－18,7901
非ポリマー00
水1,18966
1
A: POZ (BTB) and AT hook-containing zinc finger 1

A: POZ (BTB) and AT hook-containing zinc finger 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,5802
ポリマ－37,5802
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
Buried area3940 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area15270 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)43.232, 43.232, 162.946
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 POZ (BTB) and AT hook-containing zinc finger 1 / Transcription factor MAZR / Zinc finger protein 278 / isoform CRA_d


分子量: 18790.225 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Patz1, mazr, Zfp278, mCG_14719 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9JMG9, UniProt: Q5NBY9*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 66 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.62 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: MMT ( DL-Malic acid, MES monohydrate ,Tris) 0.1M PEG 1500, 25% w/v

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.97625 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年7月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.29→43.23 Å / Num. obs: 7573 / % possible obs: 99.58 % / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 36.95 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Rpim(I) all: 0.054 / Rrim(I) all: 0.076 / Net I/av σ(I): 9.91 / Net I/σ(I): 9.91
反射 シェル解像度: 2.29→2.37 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.67 / Mean I/σ(I) obs: 1.39 / Num. unique obs: 724 / CC1/2: 0.551 / Rpim(I) all: 0.67 / Rrim(I) all: 0.95 / % possible all: 99.18

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.13_2998: ???)精密化
xia2データ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1BUO

1buo


解像度: 2.29→41.786 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 30.3
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2448 417 5.58 %
Rwork0.2091 --
obs0.2112 7549 99.51 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 54.3 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.29→41.786 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1057 0 0 66 1123
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0021076
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.4331451
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d7.816648
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.042166
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004186
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2901-2.46690.391500.35432468X-RAY DIFFRACTION99
2.4669-2.71510.36631590.32082497X-RAY DIFFRACTION100
2.7151-3.10790.29561120.23682540X-RAY DIFFRACTION99
3.1079-3.91520.19681460.17892503X-RAY DIFFRACTION100
3.9152-41.79320.20541710.16092475X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
19.081-1.17422.55082.5663-1.3294.94860.19420.6786-0.4602-0.2050.25080.25120.5223-0.332-0.37970.3733-0.0519-0.02440.31880.10180.26360.7628-0.197-3.5874
26.6417-0.22871.90492.23351.17682.2870.0751-0.9069-0.04580.97340.122-0.3023-0.15310.17370.10560.53750.0007-0.11330.3784-0.01990.262911.34613.72512.6974
30.89490.4609-0.94035.1998-5.38666.91190.0210.0059-0.0806-0.2960.23640.3240.3022-0.411-0.2380.3978-0.0207-0.13980.2877-0.02810.32596.994-11.869115.7893
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 10 through 62 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 63 through 118 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 119 through 174 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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