PDB-6guu: Structure of CHD5 PHD2 - tandem chromodomains

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6guu

タイトル

Structure of CHD5 PHD2 - tandem chromodomains

要素

Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 5

キーワード

DNA BINDING PROTEIN / CHD5 / chromodomain / chromatin remodelling

機能・相同性

機能・相同性情報

sperm DNA condensation => GO:0035092 / H3K27me3 modified histone binding / : / ATP-dependent chromatin remodeler activity => GO:0140658 / : / cerebral cortex neuron differentiation / NuRD complex / positive regulation of signal transduction by p53 class mediator / heterochromatin / DNA helicase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.95 Å

データ登録者

Alt, A. / Mancini, E.J.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of CHD5 PHD2 - tandem chromodomains
著者: Alt, A. / Mancini, E.J.

履歴

登録	2018年6月19日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2019年10月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6guu.cif.gz	222.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6guu.ent.gz	152.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6guu.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6guu_validation.pdf.gz	440.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6guu_full_validation.pdf.gz	447.9 KB	表示
XML形式データ	6guu_validation.xml.gz	16.8 KB	表示
CIF形式データ	6guu_validation.cif.gz	21.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gu/6guu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gu/6guu	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4o9iS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6fv1-3 5rfa-d 6fv1-2 4f49-1 5rgk-d 5eu8-d 7jr3-d 7bqy-d 1p9s-1 7lke-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 5

B: Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 5

ヘテロ分子

57.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 5

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: SAXS, gel filtration
28.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 5

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
28.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	131.628, 131.628, 84.569
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2
Space group name Hall	P4abw2nw
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y+1/2,x+1/2,z+1/4 #3: y+1/2,-x+1/2,z+3/4 #4: x+1/2,-y+1/2,-z+3/4 #5: -x+1/2,y+1/2,-z+1/4 #6: -x,-y,z+1/2 #7: y,x,-z #8: -y,-x,-z+1/2

#1: タンパク質	Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 5 / CHD-5 / ATP-dependent helicase CHD5 分子量: 28585.719 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CHD5, KIAA0444 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8TDI0, DNA helicase
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.8 Å³/Da / 溶媒含有率: 67.61 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.2 M ammonium nitrate 20 % PEG 3350 2 % benzamidine hydrochloride

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.97265 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2016年11月23日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97265 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.95→51.94 Å / Num. obs: 16801 / % possible obs: 99.96 % / 冗長度: 2 % / B_iso Wilson estimate: 102.23 Å² / R_merge(I) obs: 0.02487 / R_rim(I) all: 0.03517 / R_sym value: 0.02487 / Net I/σ(I): 17.18
反射シェル	解像度: 2.95→3.056 Å / R_merge(I) obs: 0.5412 / R_rim(I) all: 0.7654 / R_sym value: 0.5412

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	1.13_2998	精密化
PHENIX	1.13_2998	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4O9I

4o9i

解像度: 2.95→51.94 Å / SU ML: 0.4745 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.79 / 位相誤差: 29.2781

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.263	1538	5.15 %
R_work	0.2063	-	-
obs	0.2091	16166	99.99 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 117.22 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.95→51.94 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3390	0	4	0	3394

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	3521
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.6856	4787
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0423	457
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0047	610
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	8.4466	2072

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.95-3.05	0.4023	142	0.3572	2558	X-RAY DIFFRACTION	100
3.05-3.15	0.3501	160	0.3282	2571	X-RAY DIFFRACTION	100
3.15-3.28	0.3	121	0.2781	2575	X-RAY DIFFRACTION	100
3.28-3.43	0.3076	156	0.2654	2561	X-RAY DIFFRACTION	100
3.43-3.61	0.2588	129	0.2279	2584	X-RAY DIFFRACTION	99.96
3.61-3.84	0.2344	142	0.2041	2605	X-RAY DIFFRACTION	100
3.84-4.13	0.2753	113	0.1937	2600	X-RAY DIFFRACTION	100
4.13-4.55	0.1941	142	0.1649	2566	X-RAY DIFFRACTION	100
4.55-5.21	0.2347	168	0.1616	2547	X-RAY DIFFRACTION	100
5.21-6.56	0.2525	120	0.2064	2603	X-RAY DIFFRACTION	100
6.56-51.95	0.2932	145	0.2062	2575	X-RAY DIFFRACTION	99.93

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.73478411889	-1.11513080621	-1.92774933681	5.67951123996	-1.79091416408	8.21936966076	-1.15641048898	-0.416570174098	-1.45676537599	1.29762943547	0.293076270387	0.167865286157	0.761107726966	0.146218014729	0.870213722648	1.32015038016	0.0634151622164	0.211864299738	0.587190151862	-0.00858039896413	1.29518089499	165.159178894	141.057734691	100.272737275
2	2.09270014812	2.1146495767	-0.136321352041	5.91686786175	-2.57126661112	3.60684997324	-0.21006290819	0.136584897729	-2.14286440725	0.691615048982	0.26667565905	1.37770647613	0.531568852774	-0.00811125156753	0.403686135898	1.12648051044	0.0286561588468	0.0422091515836	0.732047980128	0.072825847224	1.67879428285	156.350709512	138.264880097	98.7758617471
3	7.95498419392	-2.66214367732	0.737764274805	7.35308461681	2.1114501799	4.08857290115	0.112511288344	-1.10789653415	-0.41744148743	1.33462697787	0.870327419496	0.0367647270243	-0.485199341335	-0.445269342805	-0.792371449142	1.04648852742	-0.0439209886057	0.191264090055	0.69101713666	0.194842346455	1.02126235227	144.849068584	157.857252584	104.543418762
4	4.94701443401	-2.84582284931	0.791709400593	5.26174375191	0.875733850397	0.524882821612	-0.29551144939	-0.590730370659	-0.799804000221	0.530028682935	-0.168873781801	-1.03671319801	0.600145484371	-0.434400361678	0.554558121361	1.1842982323	0.0630936671207	0.37292507808	0.863040955831	0.288498179011	1.11071882509	141.198701804	155.23490716	105.468248024
5	5.56058941917	-1.37535031661	-0.831447452981	4.78302020849	1.62325199342	3.59060440277	0.0576602549873	0.397171653088	-0.082059837107	0.838684670091	0.354175663144	-0.263549666185	0.156967699444	-0.0865516127015	-0.19625037618	1.15687539681	0.0698587092541	0.125867335437	0.623542576498	0.102116266742	0.844409212356	151.448474579	157.525103938	105.204468167
6	2.64939302197	-2.10673829355	-1.08783408035	3.45559487939	1.23074905401	2.3054024743	-0.596661723845	-0.659750160458	-0.193116045444	0.417427275096	0.295272234834	0.488634214334	0.146960582852	0.0888989840423	0.542266246069	1.30881489488	0.166416843966	0.364600327235	1.09629831383	0.244317117552	0.929484194706	135.786202623	162.755189883	114.469744416
7	5.54011571355	-0.535536553437	0.745381115245	5.27839558918	0.81114763631	6.58786146078	0.17233477195	-0.0306596442785	-0.224434723626	0.883243880223	-0.130679080692	0.723588818297	0.580408193506	-0.068556279933	-0.20342138655	0.751519699419	0.110220839583	0.220503380013	0.72535353796	0.0483719303784	0.80020393799	129.879700815	173.53847191	92.6988740634
8	9.15105647175	2.07618931358	-1.14631430503	4.29998768655	0.504208740033	8.36094338239	-0.545626112924	-0.657150549651	-1.07943860722	0.016140530195	0.0562572770998	-0.601983405793	-0.504382218539	0.408588978802	0.382203814404	0.985246930818	0.0647333889506	0.205131413592	0.642209019813	0.215430337048	1.00923458486	131.403943165	172.717897621	99.8801317773
9	1.93925664669	-0.578732777179	0.0330656882946	2.22637554384	-2.0752647751	8.8275969819	0.00576548058261	-0.43102087688	-1.61003123654	-0.274687605638	-0.479810749205	0.33886872359	-0.101956579611	-1.00353469634	0.226680717012	0.833663591831	-0.0270577561359	0.162559380272	1.24719917043	0.0286667920286	1.00686051866	120.93272538	176.44818536	94.4811066677
10	9.11239131437	-3.10503159527	4.49276958579	2.14295820211	-2.79826528546	6.38797744252	0.240869745784	0.162581147354	0.363315230968	-0.454710576915	-0.629062278823	-0.340018144224	0.6203210909	-0.27346862099	0.218954121193	0.928898392538	0.120010341452	0.0954509164326	1.28139995954	-0.168139534151	1.07764058929	168.497676067	163.664673781	62.1445401195
11	4.92257353246	-2.35920741365	-0.106642732793	2.91349938163	-1.31483335554	2.22463470455	0.809109528537	1.88106952364	1.23778631973	-0.652491438864	-0.332686086057	-2.34954444796	-0.11029301925	0.229074378716	0.0320737463581	0.857445739529	-0.067747286987	0.181810465799	1.34201086932	0.0766202051449	1.02108915633	173.847651693	170.687857969	65.3190024741
12	4.0056174506	-2.89959848074	-1.85735113619	4.69881916377	3.13344137581	3.60220793461	0.112834750811	0.482461856831	0.193208129524	-0.432566119427	0.072111646645	-0.138422228263	-0.712011458261	-0.0801828419078	-0.129117798892	0.81374973498	-0.0875530841021	0.0847122744912	0.900524028901	0.196737501301	0.813054898737	152.960840997	184.886551155	74.0206553986
13	5.12917865445	2.5354926574	2.14282378428	7.15126043155	-1.15744674109	7.37697216382	0.0297671432756	0.0335266336279	0.128643466371	0.122293579007	-0.0677772845688	-0.0959463182253	-0.162577416645	0.217589778532	-0.0766211039862	0.759361396223	-0.00866163991924	0.094985964511	0.72520339217	0.0783879536105	0.716188566535	145.659057316	188.313536379	95.5747561573
14	3.40950686272	-4.94797232882	-1.32221720794	9.62855020635	6.58324651219	9.63901173975	-0.540360854279	-1.37720970894	-0.10755591118	0.145802583802	0.497096560327	0.295616121273	0.245109650517	-0.130962240202	0.261436995849	0.861718435884	-0.0141643996189	-0.0459527240351	1.06150890426	0.121684043941	1.03163015822	142.353576602	194.117425635	106.221108637

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 413 through 432 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 433 through 461 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 462 through 477 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 478 through 523 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 524 through 545 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 546 through 592 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 593 through 614 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 615 through 633 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 634 through 643 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 413 through 432 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 433 through 457 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 458 through 592 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 593 through 633 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 634 through 649 )

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)