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- PDB-6gto: Structure of the AtaR antitoxin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6gto
タイトルStructure of the AtaR antitoxin
要素DUF1778 domain-containing protein
キーワードTRANSCRIPTION / antitoxin / transcription factor / ribbon-helix-helix / RHH / bacterial repressor
機能・相同性Vibrio phage ICP1, Orf50 / Protein of unknown function (DUF1778) / toxin sequestering activity / Ribbon-helix-helix / regulation of DNA-templated transcription / DUF1778 domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.97 Å
データ登録者Garcia-Pino, A. / Jurenas, D.
引用ジャーナル: Nat. Chem. Biol. / 年: 2019
タイトル: Mechanism of regulation and neutralization of the AtaR-AtaT toxin-antitoxin system.
著者: Jurenas, D. / Van Melderen, L. / Garcia-Pino, A.
履歴
登録2018年6月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年3月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DUF1778 domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,0175
ポリマ－9,9251
非ポリマー924
水00
1
A: DUF1778 domain-containing protein
ヘテロ分子

A: DUF1778 domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,03510
ポリマ－19,8512
非ポリマー1848
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation10_665-y+1,-x+1,-z+5/61
Buried area3260 Å2
ΔGint-81 kcal/mol
Surface area8720 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.000, 56.000, 165.810
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122

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要素

#1: タンパク質 DUF1778 domain-containing protein / Toxin-antitoxin system / antitoxin component / ribbon-helix-helix fold protein / Ybl13


分子量: 9925.330 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌)
遺伝子: ybl13, ybl13_1, A8G17_04185, AA102_09360, AC789_1c38270, ACN002_3543, ACN81_27750, ACU90_15595, AM270_07745, ARC77_13665, AU473_04475, B1K96_23180, B1K96_30445, BHS81_20640, BIZ41_06975, ...遺伝子: ybl13, ybl13_1, A8G17_04185, AA102_09360, AC789_1c38270, ACN002_3543, ACN81_27750, ACU90_15595, AM270_07745, ARC77_13665, AU473_04475, B1K96_23180, B1K96_30445, BHS81_20640, BIZ41_06975, BK292_07330, BMT53_16880, BN17_33961, BTQ04_07040, BWP17_00645, COD46_18440, CR538_01655, CVH05_12360, ERS085366_00076, ERS085374_01548, ERS085383_01733, ERS085404_01502, RX35_03224
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: J7QA90
#2: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.47 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 35%(v/v) 1,4-dioxane

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年5月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.97→41.86 Å / Num. obs: 3575 / % possible obs: 99.61 % / 冗長度: 5.5 % / Biso Wilson estimate: 117.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.056 / Net I/σ(I): 9.58
反射 シェル解像度: 2.97→3.08 Å / Rmerge(I) obs: 1.482 / CC1/2: 0.538 / % possible all: 99.42

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.3精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.97→41.86 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.93 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.893 / SU R Cruickshank DPI: 0.359 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.4 / SU Rfree Blow DPI: 0.295 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.283
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.266 179 5.01 %RANDOM
Rwork0.234 ---
obs0.236 3576 99.7 %-
原子変位パラメータBiso mean: 134.29 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--6.5855 Å20 Å20 Å2
2---6.5855 Å20 Å2
3---13.171 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.56 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.97→41.86 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数460 0 4 0 464
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.01463HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.2627HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d164SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes83HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it463HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd1SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.15
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion19.05
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion69SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact537SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.97→3.32 Å / Total num. of bins used: 5
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1966 -5.02 %
Rwork0.2439 927 -
all0.2414 976 -
obs--99.8 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 27.1228 Å / Origin y: 19.2179 Å / Origin z: 75.0485 Å
111213212223313233
T-0.3178 Å2-0.0151 Å2-0.0875 Å2--0.1738 Å2-0.2506 Å2---0.1698 Å2
L3.4063 °2-2.3868 °2-1.8529 °2-5.6282 °24.6728 °2--6.7246 °2
S0.2378 Å °-0.3887 Å °0.259 Å °-0.1912 Å °0.0201 Å °0.2071 Å °-0.031 Å °0.1693 Å °-0.2579 Å °
精密化 TLSグループSelection details: { A|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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