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- PDB-6gtm: Crystal structure of SmbA in complex with ppGpp. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6gtm
タイトルCrystal structure of SmbA in complex with ppGpp.
要素SmbA
キーワードSIGNALING PROTEIN / c-di-GMP receptor / ppGpp receptor / second messenger / TIM barrel
機能・相同性NADP-dependent oxidoreductase domain superfamily / nucleotide binding / metal ion binding / GUANOSINE-5',3'-TETRAPHOSPHATE / NADP-dependent oxidoreductase domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Caulobacter vibrioides (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Dubey, B.N. / Schirmer, T.
資金援助 スイス, 1件
組織認可番号国
Swiss National Science Foundation31003A-166652 スイス
引用ジャーナル: Nat Microbiol / 年: 2021
タイトル: Reciprocal growth control by competitive binding of nucleotide second messengers to a metabolic switch in Caulobacter crescentus
著者: Shyp, V. / Dubey, B.N. / Bohm, R. / Hartl, J. / Nesper, J. / Vorholt, J.A. / Hiller, S. / Schirmer, T. / Jenal, U.
履歴
登録2018年6月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年7月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02020年7月1日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Polymer sequence / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / diffrn / entity / entity_poly / entity_src_gen / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_entry_details / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_refine_tls / pdbx_refine_tls_group / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_sheet_hbond / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_main_chain_plane / pdbx_validate_peptide_omega / pdbx_validate_polymer_linkage / pdbx_validate_rmsd_angle / pdbx_validate_rmsd_bond / pdbx_validate_symm_contact / pdbx_validate_torsion / refine / refine_hist / refine_ls_restr / refine_ls_restr_ncs / refine_ls_shell / software / struct_asym / struct_conf / struct_ncs_dom / struct_ncs_dom_lim / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif / struct_sheet_range / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight ..._chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _diffrn.pdbx_serial_crystal_experiment / _entity_poly.pdbx_strand_id / _entity_src_gen.gene_src_common_name / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name / _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_strand_id / _pdbx_refine_tls.L[1][1] / _pdbx_refine_tls.L[1][2] / _pdbx_refine_tls.L[1][3] / _pdbx_refine_tls.L[2][2] / _pdbx_refine_tls.L[2][3] / _pdbx_refine_tls.L[3][3] / _pdbx_refine_tls.S[1][1] / _pdbx_refine_tls.S[1][2] / _pdbx_refine_tls.S[1][3] / _pdbx_refine_tls.S[2][1] / _pdbx_refine_tls.S[2][2] / _pdbx_refine_tls.S[2][3] / _pdbx_refine_tls.S[3][1] / _pdbx_refine_tls.S[3][2] / _pdbx_refine_tls.S[3][3] / _pdbx_refine_tls.T[1][1] / _pdbx_refine_tls.T[1][2] / _pdbx_refine_tls.T[1][3] / _pdbx_refine_tls.T[2][2] / _pdbx_refine_tls.T[2][3] / _pdbx_refine_tls.T[3][3] / _pdbx_refine_tls.origin_x / _pdbx_refine_tls.origin_y / _pdbx_refine_tls.origin_z / _pdbx_refine_tls_group.beg_auth_asym_id / _pdbx_refine_tls_group.end_auth_asym_id / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_asym_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_asym_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_seq_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_asym_id / _pdbx_validate_polymer_linkage.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_polymer_linkage.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_polymer_linkage.auth_comp_id_1 / _pdbx_validate_polymer_linkage.auth_comp_id_2 / _pdbx_validate_polymer_linkage.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_polymer_linkage.auth_seq_id_2 / _pdbx_validate_polymer_linkage.dist / _refine.B_iso_max / _refine.B_iso_mean / _refine.B_iso_min / _refine.aniso_B[1][1] / _refine.aniso_B[1][3] / _refine.aniso_B[2][2] / _refine.aniso_B[3][3] / _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc / _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc_free / _refine.ls_R_factor_R_free / _refine.ls_R_factor_R_work / _refine.ls_R_factor_obs / _refine.ls_d_res_low / _refine.ls_number_reflns_R_free / _refine.ls_number_reflns_obs / _refine.ls_percent_reflns_R_free / _refine.ls_percent_reflns_obs / _refine.overall_SU_B / _refine.overall_SU_ML / _refine.overall_SU_R_Cruickshank_DPI / _refine.pdbx_method_to_determine_struct / _refine.pdbx_overall_ESU_R_Free / _refine.pdbx_stereochemistry_target_values / _refine.solvent_model_details / _refine_hist.d_res_low / _refine_hist.number_atoms_solvent / _refine_hist.number_atoms_total / _refine_hist.pdbx_B_iso_mean_ligand / _refine_hist.pdbx_B_iso_mean_solvent / _refine_hist.pdbx_number_residues_total / _refine_ls_restr.dev_ideal / _refine_ls_restr.dev_ideal_target / _refine_ls_restr.number / _refine_ls_restr_ncs.pdbx_auth_asym_id / _refine_ls_restr_ncs.pdbx_number / _refine_ls_restr_ncs.rms_dev_position / _refine_ls_shell.R_factor_R_free / _refine_ls_shell.d_res_low / _refine_ls_shell.number_reflns_R_free / _refine_ls_shell.number_reflns_R_work / _refine_ls_shell.number_reflns_all / _refine_ls_shell.percent_reflns_obs / _software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version / _struct_ncs_dom.details / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_asym_id / _struct_ref.db_code / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq.pdbx_strand_id / _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_strand_id / _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_accession_code / _struct_sheet_range.beg_auth_asym_id / _struct_sheet_range.end_auth_asym_id / _struct_sheet_range.end_auth_comp_id / _struct_sheet_range.end_auth_seq_id / _struct_sheet_range.end_label_comp_id / _struct_sheet_range.end_label_seq_id
解説: Model completeness / Provider: author / タイプ: Coordinate replacement
改定 3.02020年9月16日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / database_PDB_caveat / entity / entity_name_com / entity_src_gen / pdbx_refine_tls / pdbx_struct_sheet_hbond / pdbx_validate_chiral / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_main_chain_plane / pdbx_validate_peptide_omega / pdbx_validate_polymer_linkage / pdbx_validate_rmsd_angle / pdbx_validate_rmsd_bond / pdbx_validate_symm_contact / pdbx_validate_torsion / refine / refine_hist / refine_ls_restr / refine_ls_restr_ncs / refine_ls_shell / reflns / reflns_shell / software / struct_conf / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _chem_comp.pdbx_synonyms / _entity.details / _entity.pdbx_description / _entity_src_gen.gene_src_strain / _pdbx_refine_tls.L[1][1] / _pdbx_refine_tls.L[1][2] / _pdbx_refine_tls.L[1][3] / _pdbx_refine_tls.L[2][2] / _pdbx_refine_tls.L[2][3] / _pdbx_refine_tls.L[3][3] / _pdbx_refine_tls.S[1][1] / _pdbx_refine_tls.S[1][2] / _pdbx_refine_tls.S[1][3] / _pdbx_refine_tls.S[2][1] / _pdbx_refine_tls.S[2][2] / _pdbx_refine_tls.S[2][3] / _pdbx_refine_tls.S[3][1] / _pdbx_refine_tls.S[3][2] / _pdbx_refine_tls.S[3][3] / _pdbx_refine_tls.T[1][1] / _pdbx_refine_tls.T[1][2] / _pdbx_refine_tls.T[1][3] / _pdbx_refine_tls.T[2][2] / _pdbx_refine_tls.T[2][3] / _pdbx_refine_tls.T[3][3] / _pdbx_refine_tls.origin_x / _pdbx_refine_tls.origin_y / _pdbx_refine_tls.origin_z / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_seq_id / _pdbx_validate_main_chain_plane.improper_torsion_angle / _pdbx_validate_polymer_linkage.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_polymer_linkage.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_polymer_linkage.auth_comp_id_1 / _pdbx_validate_polymer_linkage.auth_comp_id_2 / _pdbx_validate_polymer_linkage.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_polymer_linkage.auth_seq_id_2 / _pdbx_validate_polymer_linkage.dist / _refine.B_iso_max / _refine.B_iso_mean / _refine.B_iso_min / _refine.aniso_B[1][1] / _refine.aniso_B[1][3] / _refine.aniso_B[2][2] / _refine.aniso_B[2][3] / _refine.aniso_B[3][3] / _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc / _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc_free / _refine.ls_R_factor_R_free / _refine.ls_R_factor_R_work / _refine.ls_R_factor_obs / _refine.ls_d_res_high / _refine.ls_number_reflns_R_free / _refine.ls_number_reflns_obs / _refine.ls_percent_reflns_R_free / _refine.ls_percent_reflns_obs / _refine.overall_SU_B / _refine.overall_SU_ML / _refine.pdbx_method_to_determine_struct / _refine.pdbx_overall_ESU_R_Free / _refine.pdbx_starting_model / _refine_hist.d_res_high / _refine_hist.pdbx_B_iso_mean_ligand / _refine_ls_restr.dev_ideal / _refine_ls_restr_ncs.pdbx_number / _refine_ls_restr_ncs.rms_dev_position / _refine_ls_shell.R_factor_R_free / _refine_ls_shell.R_factor_R_work / _refine_ls_shell.d_res_high / _refine_ls_shell.d_res_low / _refine_ls_shell.number_reflns_R_free / _refine_ls_shell.number_reflns_R_work / _refine_ls_shell.number_reflns_all / _refine_ls_shell.percent_reflns_obs / _reflns.pdbx_number_measured_all / _reflns_shell.number_measured_all / _reflns_shell.pdbx_netI_over_sigmaI_obs / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.type / _struct_site.pdbx_num_residues
解説: Model orientation/position
詳細: Following the suggestion of reviewer, we have reorganised the molecules of the asymmetric unit (chains A,B,C,D) in the PDB file 6GTM such that they form a compact assembly.
Provider: author / タイプ: Coordinate replacement
改定 3.12022年7月20日Group: Advisory / Database references
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 3.22024年1月17日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: SmbA
B: SmbA
C: SmbA
D: SmbA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)138,8988
ポリマ－136,4864
非ポリマー2,4134
水00
1
A: SmbA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,7252
ポリマ－34,1211
非ポリマー6031
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: SmbA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,7252
ポリマ－34,1211
非ポリマー6031
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: SmbA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,7252
ポリマ－34,1211
非ポリマー6031
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: SmbA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,7252
ポリマ－34,1211
非ポリマー6031
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)107.921, 58.192, 115.253
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 93.060, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14B
24C
15B
25D
16C
26D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: HIS / End label comp-ID: HIS / Refine code: _ / Auth seq-ID: 1 - 309 / Label seq-ID: 1 - 309

Dom-IDEns-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
11AA
21BB
12AA
22CC
13AA
23DD
14BB
24CC
15BB
25DD
16CC
26DD

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

-
要素

#1: タンパク質
SmbA / SmbA


分子量: 34121.414 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: SmbA
由来: (組換発現) Caulobacter vibrioides (strain ATCC 19089 / CB15) (バクテリア)
株: ATCC 19089 / CB15 / 遺伝子: CC_2504 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9A5E6
#2: 化合物
ChemComp-G4P / GUANOSINE-5',3'-TETRAPHOSPHATE / guanosine tetraphosphate;ppGpp / ppGpp


タイプ: RNA linking / 分子量: 603.160 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N5O17P4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.55 % / Mosaicity: 0.09 °
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1M amino acids, 0.1M Sodium HEPES pH 7.5, MOPS (acid),40% v/v ethylene glycol, 20%w/v PEG 8000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1.00004 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年10月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.00004 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.26→49.67 Å / Num. obs: 22723 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.8 % / CC1/2: 0.982 / Rmerge(I) obs: 0.34 / Rpim(I) all: 0.14 / Rrim(I) all: 0.368 / Net I/σ(I): 6.2 / Num. measured all: 153811
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
3.26-3.526.81.1443130546000.7180.4681.2371.999.3
8.62-49.676.30.059811312950.9990.0260.06420.599.4

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRR rigid body: 0.611
最高解像度最低解像度
Rotation49.67 Å3.5 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
XDSデータ削減
SCALA0.5.27データスケーリング
MOLREP位相決定
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6GS8

6gs8


解像度: 3.3→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.923 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.876 / SU B: 63.102 / SU ML: 0.433 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.539 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2462 1143 5.2 %RANDOM
Rwork0.212 ---
obs0.2138 20784 99.74 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 140.55 Å2 / Biso mean: 46.328 Å2 / Biso min: 24.01 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.62 Å20 Å2-0.93 Å2
2---2.84 Å2-0 Å2
3---0.31 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.3→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8952 0 144 0 9096
Biso mean--95.14 --
残基数----1120
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0138988
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0178200
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9151.66512224
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg2.0231.58218888
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.56551108
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.73520.677532
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.503151408
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.0791596
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0710.21120
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0210220
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.022036
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A87010.02
12B87010.02
21A86870.02
22C86870.02
31A86990.02
32D86990.02
41B86960.02
42C86960.02
51B86950.03
52D86950.03
61C86880.03
62D86880.03
LS精密化 シェル解像度: 3.3→3.385 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.347 89 -
Rwork0.314 1514 -
all-1603 -
obs--99.94 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.3481-0.36220.25792.3683-0.16470.2417-0.00340.0133-0.08260.17690.1336-0.2506-0.0395-0.0176-0.13020.1564-0.02220.03120.1371-0.01830.11446.09543.85514.1136
20.06080.28240.1051.51830.24140.6430.00710.0056-0.0047-0.13390.13020.07970.0064-0.0375-0.13730.1735-0.0167-0.02640.11450.04280.0544-10.4491-1.700344.0386
30.0549-0.21250.10261.3909-0.07410.3815-0.0204-0.0184-0.01650.03250.1406-0.0885-0.08440.0223-0.12020.1765-0.01580.01160.1587-0.03060.048261.869730.212813.1815
40.12460.37450.21862.02810.53440.4210.01530.0278-0.0184-0.180.03850.0653-0.0050.051-0.05370.11570.0114-0.00020.13290.03610.058945.371224.648843.1596
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 600
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 600
3X-RAY DIFFRACTION3C1 - 600
4X-RAY DIFFRACTION4D1 - 600

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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