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- PDB-6gri: E. coli Microcin synthetase McbBCD complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6gri
タイトルE. coli Microcin synthetase McbBCD complex
要素(Microcin B17-processing protein ...) x 3
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / microcin / DNA gyrase / heterocyclization / posttranslational modification
機能・相同性
機能・相同性情報


antibiotic biosynthetic process / oxidoreductase activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Microcin B17-processing protein McbB / SagB-type dehydrogenase domain / : / YcaO-like domain / YcaO cyclodehydratase, ATP-ad Mg2+-binding / YcaO domain profile. / Nitroreductase / Nitroreductase family / Nitroreductase-like
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN MONONUCLEOTIDE / Microcin B17-processing protein McbB / Microcin B17-processing protein McbC / Microcin B17-processing protein McbD
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Ghilarov, D. / Stevenson, C.E.M. / Travin, D.Y. / Piskunova, J. / Serebryakova, M. / Maxwell, A. / Lawson, D.M. / Severinov, K.
資金援助 ポーランド, ロシア, 英国, 4件
組織認可番号国
European CommissionMarie Sklodowska-Curie grant agreement No 665778 ポーランド
Russian Foundation for Basic ResearchRFBR-Royal Society International Exchanges Scheme (KO165410043/IE160246) ロシア
Biotechnology and Biological Sciences Research CouncilBB/P012523/1 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research CouncilBB/J004561/1 英国
引用ジャーナル: Mol. Cell / 年: 2019
タイトル: Architecture of Microcin B17 Synthetase: An Octameric Protein Complex Converting a Ribosomally Synthesized Peptide into a DNA Gyrase Poison.
著者: Ghilarov, D. / Stevenson, C.E.M. / Travin, D.Y. / Piskunova, J. / Serebryakova, M. / Maxwell, A. / Lawson, D.M. / Severinov, K.
履歴
登録2018年6月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年1月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年3月6日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / database_PDB_rev ...citation / database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / pdbx_database_proc
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
1: Microcin B17-processing protein McbB
2: Microcin B17-processing protein McbB
C: Microcin B17-processing protein McbC
D: Microcin B17-processing protein McbD
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)144,70312
ポリマ－143,8184
非ポリマー8868
水66737
1
1: Microcin B17-processing protein McbB
2: Microcin B17-processing protein McbB
C: Microcin B17-processing protein McbC
D: Microcin B17-processing protein McbD
ヘテロ分子

1: Microcin B17-processing protein McbB
2: Microcin B17-processing protein McbB
C: Microcin B17-processing protein McbC
D: Microcin B17-processing protein McbD
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)289,40724
ポリマ－287,6368
非ポリマー1,77116
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_756-x+2,y,-z+11
Buried area43770 Å2
ΔGint-339 kcal/mol
Surface area86440 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)183.900, 82.110, 87.530
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 91.450, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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Microcin B17-processing protein ... , 3種, 4分子 12CD

#1: タンパク質 Microcin B17-processing protein McbB


分子量: 34032.363 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: mcbB / プラスミド: pBAD-McbABCDEFG / 発現宿主: Escherichia coli BW25113 (大腸菌) / 参照: UniProt: P23184
#2: タンパク質 Microcin B17-processing protein McbC


分子量: 30789.057 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: mcbC / プラスミド: pBAD-McbABCDEFG / 発現宿主: Escherichia coli BW25113 (大腸菌) / 参照: UniProt: P23185
#3: タンパク質 Microcin B17-processing protein McbD


分子量: 44963.973 Da / 分子数: 1
Mutation: There is a T171R substitution relative to UniProtKB sequence
由来タイプ: 組換発現
詳細: There is a T171R substitution relative to UniProtKB sequence.
由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: mcbD / プラスミド: pBAD-McbABCDEFG / 発現宿主: Escherichia coli BW25113 (大腸菌) / 参照: UniProt: P23186

-
非ポリマー , 5種, 45分子

#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 化合物 ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN


分子量: 456.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 37 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.45 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: NULL

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年7月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→91.92 Å / Num. obs: 35976 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.8 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.118 / Rpim(I) all: 0.049 / Rrim(I) all: 0.128 / Net I/σ(I): 13.1 / Num. measured all: 245530
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
2.7-2.776.71.6626180.4360.6931.80199.8
12.07-91.926.10.0294320.9990.0130.03299.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
Aimless0.5.26データスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 6GOS

6gos


解像度: 2.7→91.92 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.919 / SU B: 38.236 / SU ML: 0.349 / SU R Cruickshank DPI: 0.2986 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.367
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2548 1828 5.1 %RANDOM
Rwork0.1865 ---
obs0.19 34148 99.88 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 1 Å / 減衰半径: 1 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 141.52 Å2 / Biso mean: 71.067 Å2 / Biso min: 34.49 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.11 Å20 Å20.86 Å2
2---0.03 Å20 Å2
3---1.1 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.7→91.92 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9251 0 46 37 9334
Biso mean--63.68 55.31 -
残基数----1207
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0199535
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.028416
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2381.95112991
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9133.00119385
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.45351203
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.99623.605405
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.609151460
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.291550
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0690.21487
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0210706
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022022
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.77 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.382 132 -
Rwork0.317 2482 -
all-2614 -
obs--99.85 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.4149-0.1505-0.07541.67710.22051.252-0.0474-0.4889-0.20290.06050.0477-0.0420.04210.262-0.00040.1587-0.00610.04550.39330.04460.0281197.261616.325865.0015
20.845-0.6075-0.85610.70090.76624.4964-0.1777-0.0736-0.3896-0.02390.14570.04560.67380.15650.03210.35570.04830.1280.3460.08040.522212.3772-2.835439.0546
31.9817-0.3737-0.46741.1781-0.14461.79040.28540.29470.6642-0.1772-0.0943-0.0188-0.4014-0.1397-0.1910.22630.03340.15880.09890.07530.2901182.003744.575434.2638
41.392-0.7591-0.87042.31850.05711.24670.0406-0.01070.202-0.07770.0752-0.2706-0.11610.2808-0.11580.1891-0.06690.10910.43020.01230.1021218.743723.986214.1463
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1112 - 295
2X-RAY DIFFRACTION2212 - 292
3X-RAY DIFFRACTION3C2 - 267
4X-RAY DIFFRACTION4D1 - 396

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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