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- PDB-6grh: E. coli Microcin synthetase McbBCD complex with truncated pro-Mcc... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6grh
タイトルE. coli Microcin synthetase McbBCD complex with truncated pro-MccB17 bound
要素
  • (Microcin B17-processing protein ...) x 3
  • Bacteriocin microcin B17
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / microcin / DNA gyrase / heterocyclization / posttranslational modification
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of DNA replication / antibiotic biosynthetic process / killing of cells of another organism / oxidoreductase activity / defense response to bacterium / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Microcin B17-processing protein McbB / SagB-type dehydrogenase domain / : / YcaO-like domain / YcaO cyclodehydratase, ATP-ad Mg2+-binding / YcaO domain profile. / Nitroreductase / Nitroreductase family / Nitroreductase-like
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN MONONUCLEOTIDE / Bacteriocin microcin B17 / Microcin B17-processing protein McbB / Microcin B17-processing protein McbC / Microcin B17-processing protein McbD
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655 (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Ghilarov, D. / Stevenson, C.E.M. / Travin, D.Y. / Piskunova, J. / Serebryakova, M. / Maxwell, A. / Lawson, D.M. / Severinov, K.
資金援助 ポーランド, ロシア, 英国, 4件
組織認可番号国
European CommissionMarie Sklodowska-Curie grant agreement No 665778 ポーランド
Russian Foundation for Basic ResearchRFBR-Royal Society International Exchanges Scheme (KO165410043/IE160246) ロシア
Biotechnology and Biological Sciences Research CouncilBB/P012523/1 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research CouncilBB/J004561/1 英国
引用ジャーナル: Mol. Cell / 年: 2019
タイトル: Architecture of Microcin B17 Synthetase: An Octameric Protein Complex Converting a Ribosomally Synthesized Peptide into a DNA Gyrase Poison.
著者: Ghilarov, D. / Stevenson, C.E.M. / Travin, D.Y. / Piskunova, J. / Serebryakova, M. / Maxwell, A. / Lawson, D.M. / Severinov, K.
履歴
登録2018年6月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年1月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年3月6日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / database_PDB_rev ...citation / database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / pdbx_database_proc
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.32024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bacteriocin microcin B17
1: Microcin B17-processing protein McbB
2: Microcin B17-processing protein McbB
C: Microcin B17-processing protein McbC
D: Microcin B17-processing protein McbD
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)150,24019
ポリマ－148,9595
非ポリマー1,28114
水9,224512
1
A: Bacteriocin microcin B17
1: Microcin B17-processing protein McbB
2: Microcin B17-processing protein McbB
C: Microcin B17-processing protein McbC
D: Microcin B17-processing protein McbD
ヘテロ分子

A: Bacteriocin microcin B17
1: Microcin B17-processing protein McbB
2: Microcin B17-processing protein McbB
C: Microcin B17-processing protein McbC
D: Microcin B17-processing protein McbD
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)300,48038
ポリマ－297,91910
非ポリマー2,56128
水18010
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_756-x+2,y,-z+11
Buried area53790 Å2
ΔGint-272 kcal/mol
Surface area85790 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)180.740, 83.760, 87.120
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.33, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Bacteriocin microcin B17 / MccB17


分子量: 5141.727 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The mcbA gene is C-terminally truncated so that the unmodified peptide is only 46 residues long
由来: (組換発現) Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655 (大腸菌)
遺伝子: mcbA / 発現宿主: Escherichia coli BW25113 (大腸菌) / 参照: UniProt: P05834

-
Microcin B17-processing protein ... , 3種, 4分子 12CD

#2: タンパク質 Microcin B17-processing protein McbB


分子量: 34032.363 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655 (大腸菌)
遺伝子: mcbB / プラスミド: pBAD-McbABCDEFG / 発現宿主: Escherichia coli BW25113 (大腸菌) / 参照: UniProt: P23184
#3: タンパク質 Microcin B17-processing protein McbC


分子量: 30789.057 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655 (大腸菌)
遺伝子: mcbC / プラスミド: pBAD-McbABCDEFG / 発現宿主: Escherichia coli BW25113 (大腸菌) / 参照: UniProt: P23185
#4: タンパク質 Microcin B17-processing protein McbD


分子量: 44963.973 Da / 分子数: 1
Mutation: There is a T171R substitution relative to UniProtKB sequence
由来タイプ: 組換発現
詳細: There is a T171R substitution relative to UniProtKB sequence.
由来: (組換発現) Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655 (大腸菌)
遺伝子: mcbD / 発現宿主: Escherichia coli BW25113 (大腸菌) / 参照: UniProt: P23186

-
非ポリマー , 7種, 526分子

#5: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#6: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#7: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#8: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#9: 化合物 ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN


分子量: 456.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P
#10: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#11: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 512 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.42 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: NULL

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年6月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→57.54 Å / Num. obs: 110695 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.086 / Net I/σ(I): 11.3
反射 シェル解像度: 1.85→1.9 Å / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 1.435 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC精密化
XDSデータ削減
Aimless0.5.26データスケーリング
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 6GOS

6gos


解像度: 1.85→57.54 Å / SU B: 7.484 / SU ML: 0.108 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.136 / ESU R Free: 0.126 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.207 5645 5.1 %RANDOM
Rwork0.172 ---
obs0.174 105049 99.8 %-
原子変位パラメータBiso mean: 36.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.57 Å20 Å20.3 Å2
2---0.02 Å20 Å2
3---0.58 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→57.54 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9861 0 89 512 10462

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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