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万見
- PDB-6grb: eukaryotic junction-resolving enzyme GEN-1 binding with Potassium -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6grb
タイトルeukaryotic junction-resolving enzyme GEN-1 binding with Potassium
要素
  • DNA (5'-D(*TP*AP*CP*CP*CP*AP*CP*CP*AP*CP*CP*GP*CP*TP*CP*A)-3')
  • DNA (5'-D(*TP*GP*AP*GP*CP*GP*GP*TP*GP*GP*TP*TP*GP*GP*T)-3')
  • Nuclease-like protein
キーワードDNA / 4-way Holiday Junction / Resolvase / DNA recombination / GEN1 / H2TH / Potassium
機能・相同性
機能・相同性情報


crossover junction DNA endonuclease activity / 5'-flap endonuclease activity / DNA repair / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Yen1, H3TH domain / Holliday junction resolvase Gen1, C-terminal domain / Holliday junction resolvase Gen1 C-terminal domain / XPG/Rad2 endonuclease / XPG, N-terminal / XPG-I domain / XPG N-terminal domain / XPG I-region / Xeroderma pigmentosum G I-region / Xeroderma pigmentosum G N-region ...Yen1, H3TH domain / Holliday junction resolvase Gen1, C-terminal domain / Holliday junction resolvase Gen1 C-terminal domain / XPG/Rad2 endonuclease / XPG, N-terminal / XPG-I domain / XPG N-terminal domain / XPG I-region / Xeroderma pigmentosum G I-region / Xeroderma pigmentosum G N-region / 5'-3' exonuclease, C-terminal domain superfamily / PIN-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Nuclease-like protein
類似検索 - 構成要素
生物種Chaetomium thermophilum (菌類)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Lilley, D.M.J. / Liu, Y. / Freeman, D.J.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Cancer Research UK 英国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2018
タイトル: A monovalent ion in the DNA binding interface of the eukaryotic junction-resolving enzyme GEN1.
著者: Liu, Y. / Freeman, A.D. / Declais, A.C. / Lilley, D.M.J.
履歴
登録2018年6月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年9月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年10月3日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22018年11月28日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / pdbx_database_proc / pdbx_seq_map_depositor_info
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.name / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code_mod
改定 1.32024年1月17日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nuclease-like protein
H: DNA (5'-D(*TP*GP*AP*GP*CP*GP*GP*TP*GP*GP*TP*TP*GP*GP*T)-3')
R: DNA (5'-D(*TP*AP*CP*CP*CP*AP*CP*CP*AP*CP*CP*GP*CP*TP*CP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,2435
ポリマ－68,1943
非ポリマー492
水1448
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: native gel electrophoresis
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2930 Å2
ΔGint-40 kcal/mol
Surface area22110 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)97.960, 97.960, 119.761
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 Nuclease-like protein


分子量: 58734.055 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)
遺伝子: CTHT_0007290 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G0RYN2
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*GP*AP*GP*CP*GP*GP*TP*GP*GP*TP*TP*GP*GP*T)-3')


分子量: 4712.042 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*AP*CP*CP*CP*AP*CP*CP*AP*CP*CP*GP*CP*TP*CP*A)-3')


分子量: 4748.097 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.43 %
結晶化温度: 280 K / 手法: 蒸発脱水法 / 詳細: HEPES pH 7.0 20% PEG 10000

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データ収集

回折平均測定温度: 77 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.975 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年12月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.975 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→84.84 Å / Num. obs: 26441 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.4 % / Biso Wilson estimate: 63.42 Å2 / Net I/σ(I): 5.8
反射 シェル解像度: 2.4→2.53 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10.1_2155精密化
MOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5CNQ

5cnq


解像度: 2.4→69.227 Å / SU ML: 0.41 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 30.86
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2728 1335 5.06 %
Rwork0.2465 --
obs0.2479 26393 99.59 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 135.54 Å2 / Biso mean: 76.1223 Å2 / Biso min: 45.69 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.4→69.227 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2970 595 2 8 3575
Biso mean--70.46 60.96 -
残基数----424
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0093713
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.15177
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.058592
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008567
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d24.4521361
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.4-2.48580.37811290.360124582587100
2.4858-2.58530.36811170.350124822599100
2.5853-2.7030.36861410.34124722613100
2.703-2.84550.33791250.316225042629100
2.8455-3.02380.33911350.299424752610100
3.0238-3.25720.29871440.273724682612100
3.2572-3.5850.27111150.243625432658100
3.585-4.10370.23421430.2312508265199
4.1037-5.170.24731390.20682520265999
5.17-69.25540.25771470.22722628277599
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 16.7412 Å / Origin y: -24.4044 Å / Origin z: -15.5058 Å
111213212223313233
T0.5262 Å2-0.0207 Å20.0349 Å2-0.3653 Å20.0096 Å2--0.3966 Å2
L1.99 °2-0.1064 °20.3581 °2-1.3406 °20.5072 °2--1.8029 °2
S0.1199 Å °0.0042 Å °-0.1252 Å °0.1799 Å °-0.0403 Å °-0.268 Å °0.2986 Å °0.0676 Å °-0.0705 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA2 - 465
2X-RAY DIFFRACTION1allH16 - 30
3X-RAY DIFFRACTION1allR0 - 15
4X-RAY DIFFRACTION1allB1 - 2
5X-RAY DIFFRACTION1allC1 - 8

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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