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- PDB-6gr8: Human AURKC INCENP complex bound to BRD-7880 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6gr8
タイトルHuman AURKC INCENP complex bound to BRD-7880
要素
  • Aurora kinase C
  • Inner centromere protein
キーワードTRANSFERASE / Kinase / Structural Genomics Consortium / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


meiotic spindle midzone / meiotic spindle midzone assembly / central element / positive regulation of mitotic sister chromatid separation / positive regulation of mitotic cytokinesis / metaphase chromosome alignment / positive regulation of mitotic cell cycle spindle assembly checkpoint / mitotic spindle midzone assembly / positive regulation of attachment of mitotic spindle microtubules to kinetochore / attachment of spindle microtubules to kinetochore ...meiotic spindle midzone / meiotic spindle midzone assembly / central element / positive regulation of mitotic sister chromatid separation / positive regulation of mitotic cytokinesis / metaphase chromosome alignment / positive regulation of mitotic cell cycle spindle assembly checkpoint / mitotic spindle midzone assembly / positive regulation of attachment of mitotic spindle microtubules to kinetochore / attachment of spindle microtubules to kinetochore / chromocenter / lateral element / spindle pole centrosome / chromosome passenger complex / positive regulation of cytokinesis / mitotic cytokinesis / SUMOylation of DNA replication proteins / chromosome, centromeric region / mitotic spindle assembly / spindle midzone / Amplification of signal from unattached kinetochores via a MAD2 inhibitory signal / pericentric heterochromatin / condensed chromosome / Mitotic Prometaphase / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / protein serine/threonine/tyrosine kinase activity / mitotic spindle organization / regulation of cytokinesis / molecular function activator activity / meiotic cell cycle / chromosome segregation / spindle microtubule / RHO GTPases Activate Formins / kinetochore / spindle / Separation of Sister Chromatids / microtubule cytoskeleton / mitotic cell cycle / midbody / microtubule / nuclear body / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / protein phosphorylation / cell division / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / protein-containing complex / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Inner centromere protein, ARK-binding domain / Chromosome passenger complex (CPC) protein INCENP N-terminal / Inner centromere protein, ARK binding region / Chromosome passenger complex (CPC) protein INCENP N terminal / Aurora kinase / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site ...Inner centromere protein, ARK-binding domain / Chromosome passenger complex (CPC) protein INCENP N-terminal / Inner centromere protein, ARK binding region / Chromosome passenger complex (CPC) protein INCENP N terminal / Aurora kinase / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-F8Z / Inner centromere protein / Aurora kinase C
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Abdul Azeez, K.R. / Sorrell, F.J. / von Delft, F. / Bountra, C. / Knapp, S. / Edwards, A.M. / Arrowsmith, C. / Elkins, J.M.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: AURKC INCENP complex bound to BRD-7880
著者: Abdul Azeez, K.R. / Elkins, J.M.
履歴
登録2018年6月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年5月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Aurora kinase C
B: Inner centromere protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,0603
ポリマ－40,4702
非ポリマー5911
水5,603311
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5000 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area15040 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.650, 72.480, 83.060
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Aurora kinase C / Aurora 3 / Aurora/IPL1-related kinase 3 / Aurora-related kinase 3 / Aurora/IPL1/Eg2 protein 2 / ...Aurora 3 / Aurora/IPL1-related kinase 3 / Aurora-related kinase 3 / Aurora/IPL1/Eg2 protein 2 / Serine/threonine-protein kinase 13 / Serine/threonine-protein kinase aurora-C


分子量: 32167.131 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: AURKC, AIE2, AIK3, AIRK3, ARK3, STK13 / プラスミド: pHTvAmp1-SGC / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: Q9UQB9, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: タンパク質 Inner centromere protein


分子量: 8302.374 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: INCENP / プラスミド: pHTvAmp1-SGC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9NQS7
#3: 化合物 ChemComp-F8Z / 1-[(2~{R},3~{S})-2-[[1,3-benzodioxol-5-ylmethyl(methyl)amino]methyl]-3-methyl-6-oxidanylidene-5-[(2~{S})-1-oxidanylpropan-2-yl]-3,4-dihydro-2~{H}-1,5-benzoxazocin-8-yl]-3-(4-methoxyphenyl)urea


分子量: 590.667 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C32H38N4O7
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 311 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.73 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.2 M sodium chloride, 25% PEG3350, 0.1 M HEPES pH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9796 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 R CdTe 300K / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年12月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9796 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→56.65 Å / Num. obs: 34077 / % possible obs: 97.1 % / 冗長度: 5.4 % / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 9.8
反射 シェル解像度: 1.75→1.78 Å / 冗長度: 4.1 % / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 1433 / CC1/2: 0.709 / % possible all: 77.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0222精密化
MOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4AF3

4af3


解像度: 1.75→54.61 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.932 / SU B: 3.063 / SU ML: 0.093 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.128 / ESU R Free: 0.122 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21626 1712 5 %RANDOM
Rwork0.17648 ---
obs0.1785 32319 96.71 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 18.932 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.05 Å2-0 Å20 Å2
2--2.91 Å2-0 Å2
3----0.86 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.75→54.61 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2768 0 43 311 3122
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0142942
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0172663
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.351.6754014
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8941.6266256
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.6145352
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.76520.247162
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.11215502
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.8391527
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.2190.2368
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.023249
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02535
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.3971.8141366
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.3911.8121365
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.2722.7091708
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.2752.7111709
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.8442.0081576
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.8432.0081577
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.0042.9362299
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.28721.7653434
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other5.28621.7613435
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.75→1.795 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.32 89 -
Rwork0.304 1907 -
obs--77.94 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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