PDB-6gqd: Structure of human galactose-1-phosphate uridylyltransferase (GAL...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6gqd

タイトル

Structure of human galactose-1-phosphate uridylyltransferase (GALT), with crystallization epitope mutations A21Y:A22T:T23P:R25L

要素

Galactose-1-phosphate uridylyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / crystal epitope / glucose-1-phosphate / uridine monophosphate / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC

機能・相同性

機能・相同性情報

Defective GALT can cause GALCT / UDP-glucose-hexose-1-phosphate uridylyltransferase / UDP-glucose:hexose-1-phosphate uridylyltransferase activity / Galactose catabolism / UDP-alpha-D-glucose metabolic process / galactose catabolic process via UDP-galactose, Leloir pathway / galactose metabolic process / Golgi apparatus / zinc ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 1.523 Å

データ登録者

Fairhead, M. / Strain-Damerell, C. / Kopec, J. / Bezerra, G.A. / Zhang, M. / Burgess-Brown, N. / von Delft, F. / Arrowsmith, C. / Edwards, A. / Bountra, C. ...

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of human galactose-1-phosphate uridylyltransferase (GALT), with crystallization epitope mutations A21Y:A22T:T23P:R25L
著者: Fairhead, M. / Strain-Damerell, C. / Kopec, J. / Bezerra, G.A. / Zhang, M. / Burgess-Brown, N. / von Delft, F. / Arrowsmith, C. / Edwards, A. / Bountra, C. / Yue, W.W.

履歴

登録	2018年6月7日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年7月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年10月23日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6gqd.cif.gz	223.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6gqd.ent.gz	180.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6gqd.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6gqd_validation.pdf.gz	763.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6gqd_full_validation.pdf.gz	764.1 KB	表示
XML形式データ	6gqd_validation.xml.gz	19.2 KB	表示
CIF形式データ	6gqd_validation.cif.gz	29.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gq/6gqd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gq/6gqd	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5in3
類似構造データ	5in3-d 3ivm-d 5uw7-2 3mun-d 5bju-d 5n4e-1 6jym-d 6zm2-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#145 - 2012年1月伝令RNAのキャップ形成 (Messenger RNA Capping) 類似性 (1) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (1) #86 - 2007年2月エキソソーム (Exosomes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Galactose-1-phosphate uridylyltransferase

ヘテロ分子

44.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Galactose-1-phosphate uridylyltransferase

ヘテロ分子

A: Galactose-1-phosphate uridylyltransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: SAXS
88.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	72.647, 96.748, 55.426
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: タンパク質	Galactose-1-phosphate uridylyltransferase / Gal-1-P uridylyltransferase / UDP-glucose--hexose-1-phosphate uridylyltransferase 分子量: 43580.215 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GALT / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P07902, UDP-glucose-hexose-1-phosphate uridylyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-H2U / 5,6-DIHYDROURIDINE-5'-MONOPHOSPHATE / 2,4-ジオキソテトラヒドロピリミジンD-リボヌクレオシドタイプ: RNA linking / 分子量: 326.197 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₅N₂O₉P
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 449 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.23 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.96 %
結晶化	温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2M ammonium sulphate, 30% PEG4000

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Diamond

/ ビームライン: I04-1 / 波長: 0.92818 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年6月21日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.92818 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.52→72.65 Å / Num. obs: 60414 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.5 % / B_iso Wilson estimate: 15.29 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.087 / R_pim(I) all: 0.037 / R_rim(I) all: 0.095 / Net I/σ(I): 12.6

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. measured all	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Net I/σ(I) obs	% possible all
1.52-1.61	6.8	0.836	59094	8705	0.888	0.344	0.905	2.3	100
4.82-72.65	5.9	0.032	12415	2099	0.999	0.014	0.036	40.3	99.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Aimless	0.5.26	データスケーリング
PHENIX	1.13_2998	精密化
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出
xia2		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

解像度: 1.523→58.093 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.73

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1877	2963	4.91 %
R_work	0.1624	-	-
obs	0.1636	60315	99.73 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 94.33 Å² / B_iso mean: 26.019 Å² / B_iso min: 7.38 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.523→58.093 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2783	0	52	449	3284
B_iso mean	-	-	32.17	32.57	-
残基数	-	-	-	-	344

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 21

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.5232-1.5482	0.3632	134	0.307	2715	2849	100
1.5482-1.5749	0.285	142	0.2803	2683	2825	100
1.5749-1.6035	0.2678	157	0.2587	2670	2827	100
1.6035-1.6344	0.25	133	0.2392	2706	2839	100
1.6344-1.6677	0.2312	145	0.2135	2690	2835	100
1.6677-1.704	0.2336	139	0.2005	2687	2826	100
1.704-1.7436	0.2639	127	0.1949	2729	2856	100
1.7436-1.7872	0.2071	130	0.1793	2725	2855	100
1.7872-1.8356	0.2098	131	0.1667	2714	2845	100
1.8356-1.8896	0.164	130	0.1612	2722	2852	100
1.8896-1.9506	0.2436	143	0.1971	2712	2855	100
1.9506-2.0203	0.1771	132	0.1622	2740	2872	100
2.0203-2.1012	0.189	151	0.1425	2705	2856	100
2.1012-2.1968	0.1918	157	0.1451	2709	2866	100
2.1968-2.3126	0.204	140	0.1719	2710	2850	99
2.3126-2.4575	0.1679	159	0.1468	2726	2885	100
2.4575-2.6473	0.1677	147	0.1432	2756	2903	100
2.6473-2.9137	0.1717	128	0.1472	2775	2903	100
2.9137-3.3353	0.1733	141	0.1467	2734	2875	99
3.3353-4.2019	0.1733	148	0.1365	2811	2959	100
4.2019-58.1351	0.1488	149	0.1526	2933	3082	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.1233	-0.9189	-0.9612	5.0312	1.5146	2.2226	0.0388	-0.0559	-0.095	0.1707	-0.0491	-0.2702	0.0923	0.173	0.0564	0.1999	0.0075	-0.0267	0.1758	0.0151	0.1997	85.7672	85.4651	18.167
2	0.0618	0.1331	0.0005	0.3264	0.0458	0.0119	-0.0327	0.0823	-0.0968	-0.5471	0.0731	0.1349	0.2678	0.0448	-0.0177	0.3113	-0.0181	-0.0273	0.273	-0.0074	0.3416	80.7962	92.2969	-6.6794
3	2.1716	0.3334	-0.084	2.1733	-0.1423	2.0579	-0.0061	0.0871	0.2188	0.0859	0.0845	0.1606	-0.1441	-0.1102	-0.1292	0.1481	0.0128	-0.0071	0.1202	0.008	0.2413	74.4726	123.4288	1.4103
4	1.0209	0.4055	-0.1903	1.0238	-0.1349	0.37	0.0104	-0.025	0.1429	0.0711	0.0044	0.0101	-0.0247	0.0207	-0.0212	0.1339	0.0008	-0.0169	0.1262	0.0045	0.1758	80.3879	114.7003	7.7887
5	1.3957	-0.1433	0.2887	1.2488	-0.5091	1.2869	-0.038	-0.2546	-0.0559	0.2475	0.0054	0.0365	0.0013	-0.0631	-0.0396	0.1693	-0.0088	0.0005	0.1322	-0.0187	0.1316	79.7799	106.4997	22.2822
6	0.8942	0.2055	-0.0944	0.9748	-0.0461	0.3579	-0.0077	-0.072	-0.0389	0.0916	-0.0113	-0.1258	-0.02	0.0361	0.023	0.1412	0.001	-0.0145	0.1467	0.008	0.1753	89.4476	101.2445	12.5589
7	2.4212	0.4024	-0.0517	4.4724	-2.9824	3.136	-0.0725	0.317	-0.1064	-0.3183	0.0307	-0.167	0.1639	0.1376	0.0167	0.175	-0.0083	0.0183	0.1963	-0.0197	0.2141	96.5127	94.7806	-0.3659

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 21 through 44 )	A	21 - 44
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 45 through 68 )	A	45 - 68
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 69 through 111 )	A	69 - 111
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 112 through 185 )	A	112 - 185
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 186 through 213 )	A	186 - 213
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 214 through 350 )	A	214 - 350
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 351 through 368 )	A	351 - 368

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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