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- PDB-6gqb: Cryo-EM reconstruction of yeast 80S ribosome in complex with mRNA... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6gqb
タイトルCryo-EM reconstruction of yeast 80S ribosome in complex with mRNA, tRNA and eEF2 (GDP+AlF4/sordarin)
要素
  • (40S ribosomal protein ...) x 31
  • (60S ribosomal protein ...) x 42
  • 18S ribosomal RNA
  • 5.8S ribosomal RNA
  • 5S ribosomal RNA
  • 60S acidic ribosomal protein P0
  • Elongation factor 2
  • Guanine nucleotide-binding protein subunit beta-like protein
  • Messenger RNA
  • Saccharomyces cerevisiae S288C 35S pre-ribosomal RNA (RDN37-1), miscRNA
  • Transfer RNA - Phe
  • Ubiquitin-40S ribosomal protein S31
  • Ubiquitin-60S ribosomal protein L40
キーワードRIBOSOME / Eukaryotic 80S ribosome / eEF2 / translation fidelity / diphthamide
機能・相同性
機能・相同性情報


Peptide chain elongation / Synthesis of diphthamide-EEF2 / positive regulation of translational elongation / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, LSU-rRNA,5S) / negative regulation of glucose mediated signaling pathway / negative regulation of translational frameshifting / Negative regulators of DDX58/IFIH1 signaling / RMTs methylate histone arginines / positive regulation of translational fidelity / Protein methylation ...Peptide chain elongation / Synthesis of diphthamide-EEF2 / positive regulation of translational elongation / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, LSU-rRNA,5S) / negative regulation of glucose mediated signaling pathway / negative regulation of translational frameshifting / Negative regulators of DDX58/IFIH1 signaling / RMTs methylate histone arginines / positive regulation of translational fidelity / Protein methylation / mTORC1-mediated signalling / Protein hydroxylation / ribosome-associated ubiquitin-dependent protein catabolic process / GDP-dissociation inhibitor activity / nonfunctional rRNA decay / hexon binding / positive regulation of nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / pre-mRNA 5'-splice site binding / Formation of the ternary complex, and subsequently, the 43S complex / Translation initiation complex formation / preribosome, small subunit precursor / cleavage in ITS2 between 5.8S rRNA and LSU-rRNA of tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / Ribosomal scanning and start codon recognition / response to cycloheximide / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / mRNA destabilization / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / Formation of a pool of free 40S subunits / negative regulation of mRNA splicing, via spliceosome / preribosome, large subunit precursor / regulation of amino acid metabolic process / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / translational elongation / ribosomal large subunit export from nucleus / 90S preribosome / G-protein alpha-subunit binding / positive regulation of protein kinase activity / endonucleolytic cleavage to generate mature 3'-end of SSU-rRNA from (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / regulation of translational fidelity / Ub-specific processing proteases / protein-RNA complex assembly / translation elongation factor activity / ribosomal subunit export from nucleus / ribosomal small subunit export from nucleus / translation regulator activity / translational termination / endonucleolytic cleavage in ITS1 to separate SSU-rRNA from 5.8S rRNA and LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease activity / maturation of LSU-rRNA / Neutrophil degranulation / cellular response to amino acid starvation / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / rescue of stalled ribosome / ribosome assembly / ribosomal large subunit biogenesis / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of SSU-rRNA / small-subunit processome / translational initiation / macroautophagy / protein kinase C binding / maintenance of translational fidelity / modification-dependent protein catabolic process / cytoplasmic stress granule / protein tag activity / rRNA processing / ribosomal small subunit biogenesis / small ribosomal subunit rRNA binding / ribosome biogenesis / viral capsid / ribosome binding / ribosomal small subunit assembly / protein-folding chaperone binding / small ribosomal subunit / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / ribosomal large subunit assembly / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / cytoplasmic translation / cytosolic large ribosomal subunit / negative regulation of translation / rRNA binding / ribosome / protein ubiquitination / structural constituent of ribosome / positive regulation of protein phosphorylation / G protein-coupled receptor signaling pathway / ribonucleoprotein complex / translation / negative regulation of gene expression / response to antibiotic / GTPase activity / mRNA binding / ubiquitin protein ligase binding / host cell nucleus / GTP binding
類似検索 - 分子機能
60s Acidic ribosomal protein / 60S acidic ribosomal protein P0 / : / Pre-hexon-linking protein VIII / Adenovirus hexon associated protein, protein VIII / Elongation Factor G, domain II / Elongation Factor G, domain III / Translation elongation factor EFG/EF2, domain IV / Elongation factor G, domain IV / Elongation factor G, domain IV ...60s Acidic ribosomal protein / 60S acidic ribosomal protein P0 / : / Pre-hexon-linking protein VIII / Adenovirus hexon associated protein, protein VIII / Elongation Factor G, domain II / Elongation Factor G, domain III / Translation elongation factor EFG/EF2, domain IV / Elongation factor G, domain IV / Elongation factor G, domain IV / Elongation factor G C-terminus / Elongation factor EFG, domain V-like / Elongation factor G C-terminus / 50S ribosomal protein L10, insertion domain superfamily / : / 60S ribosomal protein L10P, insertion domain / Insertion domain in 60S ribosomal protein L10P / EF-G domain III/V-like / Tr-type G domain, conserved site / Translational (tr)-type guanine nucleotide-binding (G) domain signature. / Ribosomal protein 60S L18 and 50S L18e / : / Ribosomal protein S26e signature. / Ribosomal protein L41 / Ribosomal protein L41 / Ribosomal protein S26e / Ribosomal protein S21e, conserved site / Ribosomal protein S26e superfamily / Ribosomal protein S26e / Ribosomal protein S21e signature. / : / Ribosomal protein S12e signature. / Ribosomal protein S12e / Ribosomal protein S5, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein L1, conserved site / Ribosomal protein S19e, conserved site / Ribosomal protein S19e signature. / Ribosomal protein L29e / Ribosomal L29e protein family / Ribosomal protein L1 signature. / Ribosomal protein L1 / Ribosomal protein L13e, conserved site / Ribosomal protein L13e signature. / Ribosomal protein S21e / Ribosomal protein S21e superfamily / Ribosomal protein S21e / Ribosomal protein S2, eukaryotic / Small (40S) ribosomal subunit Asc1/RACK1 / S27a-like superfamily / Ribosomal protein L22e / Ribosomal protein L22e superfamily / Ribosomal L22e protein family / Ribosomal protein L38e / Ribosomal protein L38e superfamily / Ribosomal L38e protein family / 40S Ribosomal protein S10 / Ribosomal protein S10, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein L27e, conserved site / Ribosomal protein L27e signature. / Ribosomal protein L44e signature. / Plectin/S10, N-terminal / Plectin/S10 domain / Ribosomal protein L10e, conserved site / Ribosomal protein L10e signature. / Ribosomal protein S25 / S25 ribosomal protein / Ribosomal protein L10e / Ribosomal protein L13e / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein L13e / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein L19, eukaryotic / Ribosomal protein S2, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S8e subdomain, eukaryotes / Ribosomal protein S17e, conserved site / Ribosomal protein S17e signature. / 60S ribosomal protein L18a/ L20, eukaryotes / Ribosomal protein S30 / : / Ribosomal protein S30 / 40S ribosomal protein S29/30S ribosomal protein S14 type Z / Ribosomal protein S7e signature. / : / Ribosomal protein L24e, conserved site / Ribosomal protein L19/L19e conserved site / Ribosomal protein L19e signature. / Ribosomal protein L24e signature. / Ribosomal protein S3, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein L44e / Ribosomal protein L44 / Ribosomal protein L34e, conserved site / Ribosomal protein L34e signature. / Ribosomal protein L1, 3-layer alpha/beta-sandwich / Ribosomal protein L5 eukaryotic, C-terminal / Ribosomal L18 C-terminal region / : / Ribosomal protein S19e / Ribosomal protein S3Ae, conserved site / Ribosomal protein S19e
類似検索 - ドメイン・相同性
TETRAFLUOROALUMINATE ION / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Chem-SO1 / : / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) ...TETRAFLUOROALUMINATE ION / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Chem-SO1 / : / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / : / Small ribosomal subunit protein uS4A / Large ribosomal subunit protein uL15 / Large ribosomal subunit protein eL24A / Large ribosomal subunit protein uL23 / Large ribosomal subunit protein eL39 / Large ribosomal subunit protein uL10 / Large ribosomal subunit protein uL30A / Large ribosomal subunit protein uL6A / Large ribosomal subunit protein uL22A / Large ribosomal subunit protein uL24A / Large ribosomal subunit protein eL33A / Large ribosomal subunit protein eL36A / Large ribosomal subunit protein eL29 / Large ribosomal subunit protein eL15A / Large ribosomal subunit protein eL22A / Small ribosomal subunit protein uS3 / Small ribosomal subunit protein uS15 / Ubiquitin-ribosomal protein eS31 fusion protein / Small ribosomal subunit protein eS19A / Small ribosomal subunit protein eS21A / Small ribosomal subunit protein uS8A / Large ribosomal subunit protein eL27A / Large ribosomal subunit protein eL31A / Ubiquitin-ribosomal protein eL40A fusion protein / Large ribosomal subunit protein eL20A / Large ribosomal subunit protein eL43A / Large ribosomal subunit protein eL42A / Small ribosomal subunit protein uS12A / Small ribosomal subunit protein eS24A / Small ribosomal subunit protein eS30A / Small ribosomal subunit protein eS4A / Small ribosomal subunit protein eS6A / Small ribosomal subunit protein eS8A / Large ribosomal subunit protein uL14A / Large ribosomal subunit protein uL1A / Large ribosomal subunit protein uL2A / Small ribosomal subunit protein uS17A / Pre-hexon-linking protein VIII / Small ribosomal subunit protein uS9A / Large ribosomal subunit protein uL11A / Small ribosomal subunit protein uS13A / Large ribosomal subunit protein eL19A / Large ribosomal subunit protein uL29A / Small ribosomal subunit protein eS32A / Small ribosomal subunit protein eS32B / Large ribosomal subunit protein uL4A / Large ribosomal subunit protein eL30 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Small ribosomal subunit protein eS17B / Large ribosomal subunit protein eL8A / Small ribosomal subunit protein uS5 / Large ribosomal subunit protein uL18 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Large ribosomal subunit protein uL13A / Small ribosomal subunit protein eS7A / Elongation factor 2 / Small ribosomal subunit protein uS2A / Small ribosomal subunit protein eS1A / Small ribosomal subunit protein eS27A / Large ribosomal subunit protein eL14A / Small ribosomal subunit protein RACK1 / Large ribosomal subunit protein eL32 / Small ribosomal subunit protein uS10 / Small ribosomal subunit protein uS11B / Small ribosomal subunit protein eS26B / Small ribosomal subunit protein uS14A / Large ribosomal subunit protein uL16 / Small ribosomal subunit protein eS12 / Large ribosomal subunit protein eL37A / Large ribosomal subunit protein eL38 / Large ribosomal subunit protein eL34A / Small ribosomal subunit protein uS19 / Large ribosomal subunit protein eL6A / Large ribosomal subunit protein eL21A / Small ribosomal subunit protein eS10A / Large ribosomal subunit protein eL13A / Large ribosomal subunit protein uL5B / Small ribosomal subunit protein eS25A / Small ribosomal subunit protein eS28A
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å
データ登録者Pellegrino, S. / Yusupov, M. / Yusupova, G. / Hashem, Y.
資金援助 フランス, 4件
組織認可番号国
ANR-15-CE11-0021-01 フランス
FRM-DBF20160635745 フランス
ERC-294312
ANR-14-ACHN-0024 フランス
引用ジャーナル: J Mol Biol / 年: 2018
タイトル: Structural Insights into the Role of Diphthamide on Elongation Factor 2 in mRNA Reading-Frame Maintenance.
著者: Simone Pellegrino / Natalia Demeshkina / Eder Mancera-Martinez / Sergey Melnikov / Angelita Simonetti / Alexander Myasnikov / Marat Yusupov / Gulnara Yusupova / Yaser Hashem /
要旨: One of the most critical steps of protein biosynthesis is the coupled movement of mRNA, which encodes genetic information, with tRNAs on the ribosome. In eukaryotes, this process is catalyzed by a ...One of the most critical steps of protein biosynthesis is the coupled movement of mRNA, which encodes genetic information, with tRNAs on the ribosome. In eukaryotes, this process is catalyzed by a conserved G-protein, the elongation factor 2 (eEF2), which carries a unique post-translational modification, called diphthamide, found in all eukaryotic species. Here we present near-atomic resolution cryo-electron microscopy structures of yeast 80S ribosome complexes containing mRNA, tRNA and eEF2 trapped in different GTP-hydrolysis states which provide further structural insights into the role of diphthamide in the mechanism of translation fidelity in eukaryotes.
履歴
登録2018年6月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年7月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年7月18日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: pdbx_database_related / Item: _pdbx_database_related.content_type
改定 1.22018年8月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32018年11月28日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: pdbx_database_related / Item: _pdbx_database_related.content_type
改定 1.42021年8月4日Group: Derived calculations / Other / カテゴリ: struct_conn / struct_conn_type / symmetry
Item: _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id ..._struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _symmetry.space_group_name_H-M

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
1: Saccharomyces cerevisiae S288C 35S pre-ribosomal RNA (RDN37-1), miscRNA
3: 5S ribosomal RNA
4: 5.8S ribosomal RNA
P0: 60S acidic ribosomal protein P0
P2: 60S ribosomal protein L12-A
A: 60S ribosomal protein L2-A
B: 60S ribosomal protein L3
C: 60S ribosomal protein L4-A
D: 60S ribosomal protein L5
E: 60S ribosomal protein L6-A
F: 60S ribosomal protein L7-A
G: 60S ribosomal protein L8-A
H: 60S ribosomal protein L9-A
I: 60S ribosomal protein L10
J: 60S ribosomal protein L11-B
L: 60S ribosomal protein L13-A
M: 60S ribosomal protein L14-A
N: 60S ribosomal protein L15-A
O: 60S ribosomal protein L16-A
P: 60S ribosomal protein L17-A
Q: 60S ribosomal protein L18-A
R: 60S ribosomal protein L19-A
S: 60S ribosomal protein L20-A
T: 60S ribosomal protein L21-A
U: 60S ribosomal protein L22-A
V: 60S ribosomal protein L23-A
W: 60S ribosomal protein L24-A
X: 60S ribosomal protein L25
Y: 60S ribosomal protein L26-A
Z: 60S ribosomal protein L27-A
a: 60S ribosomal protein L28
b: 60S ribosomal protein L29
c: 60S ribosomal protein L30
d: 60S ribosomal protein L31-A
e: 60S ribosomal protein L32
f: 60S ribosomal protein L33-A
g: 60S ribosomal protein L34-A
h: 60S ribosomal protein L35-A
i: 60S ribosomal protein L36-A
j: 60S ribosomal protein L37-A
k: 60S ribosomal protein L38
l: 60S ribosomal protein L39
m: Ubiquitin-60S ribosomal protein L40
n: 60S ribosomal protein L41-B
o: 60S ribosomal protein L42-A
p: 60S ribosomal protein L43-A
2: 18S ribosomal RNA
q: 40S ribosomal protein S0-A
r: 40S ribosomal protein S1-A
s: 40S ribosomal protein S2
t: 40S ribosomal protein S3
u: 40S ribosomal protein S4-A
v: 40S ribosomal protein S5
w: 40S ribosomal protein S6-A
x: 40S ribosomal protein S7-A
y: 40S ribosomal protein S8-A
z: 40S ribosomal protein S9-A
AA: 40S ribosomal protein S10-A
AB: 40S ribosomal protein S11-A
AC: 40S ribosomal protein S12
AD: 40S ribosomal protein S13
AE: 40S ribosomal protein S14-B
AF: 40S ribosomal protein S15
AG: 40S ribosomal protein S16-A
AH: 40S ribosomal protein S17-B
AI: 40S ribosomal protein S18-A
AJ: 40S ribosomal protein S19-A
AK: 40S ribosomal protein S20
AL: 40S ribosomal protein S21-A
AM: 40S ribosomal protein S22-A
AN: 40S ribosomal protein S23-A
AO: 40S ribosomal protein S24-A
AP: 40S ribosomal protein S25-A
AQ: 40S ribosomal protein S26-B
AR: 40S ribosomal protein S27-A
AS: 40S ribosomal protein S28-A
AT: 40S ribosomal protein S29-A
AU: 40S ribosomal protein S30-A
AV: Guanine nucleotide-binding protein subunit beta-like protein
AW: Ubiquitin-40S ribosomal protein S31
AX: Transfer RNA - Phe
AY: Messenger RNA
BA: 60S ribosomal protein L1-A
AZ: Elongation factor 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,192,52195
ポリマ－3,190,95784
非ポリマー1,56411
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: microscopy
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

-
RNA鎖 , 6種, 6分子 1342AXAY

#1: RNA鎖 Saccharomyces cerevisiae S288C 35S pre-ribosomal RNA (RDN37-1), miscRNA


分子量: 1097493.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
参照: REF: 831416132
#2: RNA鎖 5S ribosomal RNA


分子量: 38951.105 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
参照: GenBank: 1329886537
#3: RNA鎖 5.8S ribosomal RNA


分子量: 50682.922 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
参照: GenBank: 1358044889
#47: RNA鎖 18S ribosomal RNA


分子量: 578820.375 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
参照: GenBank: 1329886537
#81: RNA鎖 Transfer RNA - Phe


分子量: 24518.570 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
参照: GenBank: 176419
#82: RNA鎖 Messenger RNA


分子量: 2143.299 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)

-
タンパク質 , 4種, 4分子 P0mAVAZ

#4: タンパク質 60S acidic ribosomal protein P0 / A0 / L10e / Large ribosomal subunit protein uL10


分子量: 20929.145 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
参照: UniProt: P05317
#43: タンパク質 Ubiquitin-60S ribosomal protein L40


分子量: 6032.321 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
参照: UniProt: P0CH08
#79: タンパク質 Guanine nucleotide-binding protein subunit beta-like protein / Receptor for activated C kinase / Receptor of activated protein kinase C 1 / RACK1 / Small ...Receptor for activated C kinase / Receptor of activated protein kinase C 1 / RACK1 / Small ribosomal subunit protein RACK1


分子量: 34710.023 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
参照: UniProt: P38011
#84: タンパク質 Elongation factor 2 / EF-2 / Eukaryotic elongation factor 2 / eEF2 / Ribosomal translocase / Translation elongation factor 2


分子量: 93318.992 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
参照: UniProt: P32324

+
60S ribosomal protein ... , 42種, 42分子 P2ABCDEFGHIJLMNOPQRSTUVWXYZabcd...

#5: タンパク質 60S ribosomal protein L12-A / L15 / Large ribosomal subunit protein uL11-A / YL23


分子量: 10347.016 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
参照: UniProt: P0CX53
#6: タンパク質 60S ribosomal protein L2-A / L5 / Large ribosomal subunit protein uL2-A / RP8 / YL6


分子量: 27217.289 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
参照: UniProt: P0CX45
#7: タンパク質 60S ribosomal protein L3 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Maintenance of killer protein 8 / RP1 / Trichodermin ...Large ribosomal subunit protein uL3 / Maintenance of killer protein 8 / RP1 / Trichodermin resistance protein / YL1


分子量: 43719.602 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
参照: UniProt: P14126
#8: タンパク質 60S ribosomal protein L4-A / L2 / Large ribosomal subunit protein uL4-A / RP2 / YL2


分子量: 39027.926 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
参照: UniProt: P10664
#9: タンパク質 60S ribosomal protein L5 / L1 / L1a / Large ribosomal subunit protein uL18 / Ribosomal 5S RNA-binding protein / YL3


分子量: 33633.633 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
参照: UniProt: P26321
#10: タンパク質 60S ribosomal protein L6-A / L17 / Large ribosomal subunit protein eL6-A / RP18 / YL16


分子量: 19869.369 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
参照: UniProt: Q02326
#11: タンパク質 60S ribosomal protein L7-A / L6 / Large ribosomal subunit protein uL30-A / RP11 / YL8


分子量: 25240.377 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
参照: UniProt: P05737
#12: タンパク質 60S ribosomal protein L8-A / L4 / L4-2 / L7a-1 / Large ribosomal subunit protein eL8-A / Maintenance of killer protein 7 / RP6 / YL5


分子量: 25814.998 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
参照: UniProt: P17076
#13: タンパク質 60S ribosomal protein L9-A / L8 / Large ribosomal subunit protein uL6-A / RP24 / YL11


分子量: 21605.061 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
参照: UniProt: P05738
#14: タンパク質 60S ribosomal protein L10 / L9 / Large ribosomal subunit protein uL16 / Ubiquinol-cytochrome C reductase complex subunit VI- ...L9 / Large ribosomal subunit protein uL16 / Ubiquinol-cytochrome C reductase complex subunit VI-requiring protein


分子量: 25279.271 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
参照: UniProt: P41805
#15: タンパク質 60S ribosomal protein L11-B / L16 / Large ribosomal subunit protein uL5-B / RP39 / YL22


分子量: 19266.082 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
参照: UniProt: Q3E757
#16: タンパク質 60S ribosomal protein L13-A / Large ribosomal subunit protein eL13-A


分子量: 21885.234 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
参照: UniProt: Q12690
#17: タンパク質 60S ribosomal protein L14-A / Large ribosomal subunit protein eL14-A


分子量: 14976.794 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
参照: UniProt: P36105
#18: タンパク質 60S ribosomal protein L15-A / L13 / Large ribosomal subunit protein eL15-A / RP15R / YL10 / YP18


分子量: 24351.162 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
参照: UniProt: P05748
#19: タンパク質 60S ribosomal protein L16-A / L13a / L21 / Large ribosomal subunit protein uL13-A / RP22 / YL15


分子量: 22028.951 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
参照: UniProt: P26784
#20: タンパク質 60S ribosomal protein L17-A / L20A / Large ribosomal subunit protein uL22-A / YL17


分子量: 20458.322 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
参照: UniProt: P05740
#21: タンパク質 60S ribosomal protein L18-A / Large ribosomal subunit protein eL18-A / RP28


分子量: 20478.059 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
参照: UniProt: P0CX49
#22: タンパク質 60S ribosomal protein L19-A / L23 / Large ribosomal subunit protein eL19-A / RP15L / RP33 / YL14


分子量: 21631.121 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
参照: UniProt: P0CX82
#23: タンパク質 60S ribosomal protein L20-A / L18a / Large ribosomal subunit protein eL20-A


分子量: 20478.852 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
参照: UniProt: P0CX23
#24: タンパク質 60S ribosomal protein L21-A / Large ribosomal subunit protein eL21-A


分子量: 18148.066 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
参照: UniProt: Q02753
#25: タンパク質 60S ribosomal protein L22-A / L1c / Large ribosomal subunit protein eL22-A / RP4 / YL31


分子量: 11263.863 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
参照: UniProt: P05749
#26: タンパク質 60S ribosomal protein L23-A / L17a / Large ribosomal subunit protein uL14-A / YL32


分子量: 14362.755 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
参照: UniProt: P0CX41
#27: タンパク質 60S ribosomal protein L24-A / L30 / Large ribosomal subunit protein eL24-A / RP29 / YL21


分子量: 7485.812 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
参照: UniProt: P04449
#28: タンパク質 60S ribosomal protein L25 / Large ribosomal subunit protein uL23 / RP16L / YL25 / YP42'


分子量: 13771.176 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
参照: UniProt: P04456
#29: タンパク質 60S ribosomal protein L26-A / L33 / Large ribosomal subunit protein uL24-A / YL33


分子量: 14134.588 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
参照: UniProt: P05743
#30: タンパク質 60S ribosomal protein L27-A / Large ribosomal subunit protein eL27-A


分子量: 15437.166 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
参照: UniProt: P0C2H6
#31: タンパク質 60S ribosomal protein L28 / L27a / L29 / Large ribosomal subunit protein uL15 / RP44 / RP62 / YL24


分子量: 16630.471 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
参照: UniProt: P02406
#32: タンパク質 60S ribosomal protein L29 / Large ribosomal subunit protein eL29 / YL43


分子量: 6560.688 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
参照: UniProt: P05747
#33: タンパク質 60S ribosomal protein L30 / L32 / Large ribosomal subunit protein eL30 / RP73 / YL38


分子量: 10558.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
参照: UniProt: P14120
#34: タンパク質 60S ribosomal protein L31-A / L34 / Large ribosomal subunit protein eL31-A / YL28


分子量: 12649.754 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
参照: UniProt: P0C2H8
#35: タンパク質 60S ribosomal protein L32 / Large ribosomal subunit protein eL32


分子量: 14478.054 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
参照: UniProt: P38061
#36: タンパク質 60S ribosomal protein L33-A / L37 / Large ribosomal subunit protein eL33-A / RP47 / YL37


分子量: 12045.935 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
参照: UniProt: P05744
#37: タンパク質 60S ribosomal protein L34-A / Large ribosomal subunit protein eL34-A


分子量: 12608.831 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
参照: UniProt: P87262
#38: タンパク質 60S ribosomal protein L35-A / Large ribosomal subunit protein uL29-A


分子量: 13811.444 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
参照: UniProt: P0CX84
#39: タンパク質 60S ribosomal protein L36-A / L39 / Large ribosomal subunit protein eL36-A / YL39


分子量: 11020.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
参照: UniProt: P05745
#40: タンパク質 60S ribosomal protein L37-A / L43 / Large ribosomal subunit protein eL37-A / YL35 / YP55


分子量: 9746.199 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
参照: UniProt: P49166
#41: タンパク質 60S ribosomal protein L38 / Large ribosomal subunit protein eL38


分子量: 8714.363 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
参照: UniProt: P49167
#42: タンパク質・ペプチド 60S ribosomal protein L39 / L46 / Large ribosomal subunit protein eL39 / YL40


分子量: 6227.444 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
参照: UniProt: P04650
#44: タンパク質・ペプチド 60S ribosomal protein L41-B / L47 / Large ribosomal subunit protein eL41-B / YL41


分子量: 3354.243 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
参照: UniProt: P0CX87, UniProt: P0CX86*PLUS
#45: タンパク質 60S ribosomal protein L42-A / L41 / Large ribosomal subunit protein eL42-A / YL27 / YP44


分子量: 12115.462 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
参照: UniProt: P0CX27
#46: タンパク質 60S ribosomal protein L43-A / L37a / Large ribosomal subunit protein eL43-A / YL35


分子量: 9981.756 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
参照: UniProt: P0CX25
#83: タンパク質 60S ribosomal protein L1-A / L10a / Large ribosomal subunit protein uL1-A


分子量: 22974.033 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
参照: UniProt: P0CX43

+
40S ribosomal protein ... , 31種, 31分子 qrstuvwxyzAAABACADAEAFAGAHAIAJAKALAMANAOAPAQARASATAU

#48: タンパク質 40S ribosomal protein S0-A / Nucleic acid-binding protein NAB1A / Small ribosomal subunit protein uS2-A


分子量: 22811.074 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
参照: UniProt: P32905
#49: タンパク質 40S ribosomal protein S1-A / RP10A / Small ribosomal subunit protein eS1-A


分子量: 24312.199 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
参照: UniProt: P33442
#50: タンパク質 40S ribosomal protein S2 / Omnipotent suppressor protein SUP44 / RP12 / S4 / Small ribosomal subunit protein uS5 / YS5


分子量: 23212.979 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
参照: UniProt: P25443
#51: タンパク質 40S ribosomal protein S3 / RP13 / Small ribosomal subunit protein uS3 / YS3


分子量: 24702.791 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
参照: UniProt: P05750
#52: タンパク質 40S ribosomal protein S4-A / RP5 / S7 / Small ribosomal subunit protein eS4-A / YS6


分子量: 29338.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
参照: UniProt: P0CX35
#53: タンパク質 40S ribosomal protein S5 / RP14 / S2 / Small ribosomal subunit protein uS7 / YS8


分子量: 22908.338 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
参照: UniProt: P26783
#54: タンパク質 40S ribosomal protein S6-A / RP9 / S10 / Small ribosomal subunit protein eS6-A / YS4


分子量: 25581.721 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
参照: UniProt: P0CX37
#55: タンパク質 40S ribosomal protein S7-A / RP30 / RP40 / Small ribosomal subunit protein eS7-A


分子量: 21000.492 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
参照: UniProt: P26786
#56: タンパク質 40S ribosomal protein S8-A / RP19 / S14 / Small ribosomal subunit protein eS8-A / YS9


分子量: 22406.609 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
参照: UniProt: P0CX39
#57: タンパク質 40S ribosomal protein S9-A / RP21 / S13 / Small ribosomal subunit protein uS4-A / YP28 / YS11


分子量: 21210.662 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
参照: UniProt: O13516
#58: タンパク質 40S ribosomal protein S10-A / Small ribosomal subunit protein eS10-A


分子量: 12757.445 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
参照: UniProt: Q08745
#59: タンパク質 40S ribosomal protein S11-A / RP41 / S18 / Small ribosomal subunit protein uS17-A / YS12


分子量: 17378.383 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
参照: UniProt: P0CX47
#60: タンパク質 40S ribosomal protein S12 / Small ribosomal subunit protein eS12


分子量: 13327.331 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
参照: UniProt: P48589
#61: タンパク質 40S ribosomal protein S13 / S27a / Small ribosomal subunit protein uS15 / YS15


分子量: 16928.748 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
参照: UniProt: P05756
#62: タンパク質 40S ribosomal protein S14-B / RP59B / Small ribosomal subunit protein uS11-B


分子量: 13446.426 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
参照: UniProt: P39516
#63: タンパク質 40S ribosomal protein S15 / RIG protein / RP52 / S21 / Small ribosomal subunit protein uS19 / YS21


分子量: 14155.720 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
参照: UniProt: Q01855
#64: タンパク質 40S ribosomal protein S16-A / RP61R / Small ribosomal subunit protein uS9-A


分子量: 15659.216 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
参照: UniProt: P0CX51
#65: タンパク質 40S ribosomal protein S17-B / RP51B / Small ribosomal subunit protein eS17-B


分子量: 14268.545 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
参照: UniProt: P14127
#66: タンパク質 40S ribosomal protein S18-A / Small ribosomal subunit protein uS13-A


分子量: 16940.443 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
参照: UniProt: P0CX55
#67: タンパク質 40S ribosomal protein S19-A / RP55A / S16a / Small ribosomal subunit protein eS19-A / YP45 / YS16A


分子量: 15810.930 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
参照: UniProt: P07280
#68: タンパク質 40S ribosomal protein S20 / Small ribosomal subunit protein uS10


分子量: 12190.175 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
参照: UniProt: P38701
#69: タンパク質 40S ribosomal protein S21-A / S26 / Small ribosomal subunit protein eS21-A / YS25


分子量: 9758.829 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
参照: UniProt: P0C0V8
#70: タンパク質 40S ribosomal protein S22-A / RP50 / S24 / Small ribosomal subunit protein uS8-A / YP58 / YS22


分子量: 14518.867 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
参照: UniProt: P0C0W1
#71: タンパク質 40S ribosomal protein S23-A / RP37 / S28 / Small ribosomal subunit protein uS12-A / YS14


分子量: 15942.699 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
参照: UniProt: P0CX29
#72: タンパク質 40S ribosomal protein S24-A / RP50 / Small ribosomal subunit protein eS24-A


分子量: 15231.650 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
参照: UniProt: P0CX31
#73: タンパク質 40S ribosomal protein S25-A / RP45 / S31 / Small ribosomal subunit protein eS25-A / YS23


分子量: 8001.377 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
参照: UniProt: Q3E792
#74: タンパク質 40S ribosomal protein S26-B / Small ribosomal subunit protein eS26-B


分子量: 11022.989 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
参照: UniProt: P39939
#75: タンパク質 40S ribosomal protein S27-A / RP61 / Small ribosomal subunit protein eS27-A / YS20


分子量: 8762.195 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
参照: UniProt: P35997
#76: タンパク質 40S ribosomal protein S28-A / S33 / Small ribosomal subunit protein eS28-A / YS27


分子量: 7116.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
参照: UniProt: Q3E7X9
#77: タンパク質 40S ribosomal protein S29-A / S36 / Small ribosomal subunit protein uS14-A / YS29


分子量: 6335.303 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
参照: UniProt: P41057
#78: タンパク質 40S ribosomal protein S30-A / Small ribosomal subunit protein eS30-A


分子量: 6779.086 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
参照: UniProt: P0CX33

-
タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 AW

#80: タンパク質・ペプチド Ubiquitin-40S ribosomal protein S31


分子量: 4148.841 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
参照: UniProt: P05759

-
非ポリマー , 4種, 11分子

#85: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#86: 化合物 ChemComp-SO1 / [1R-(1.ALPHA.,3A.BETA.,4.BETA.,4A.BETA.,7.BETA.,7A.ALPHA.,8A.BETA.)]8A-[(6-DEOXY-4-O-METHYL-BETA-D-ALTROPYRANOSYLOXY)METHYL]-4-FORMYL-4,4A,5,6,7,7A,8,8A-OCTAHYDRO-7-METHYL-3-(1-METHYLETHYL)-1,4-METHANO-S-INDACENE-3A(1H)-CARBOXYLIC ACID / SORDARIN


分子量: 494.618 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H42O8
#87: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#88: 化合物 ChemComp-ALF / TETRAFLUOROALUMINATE ION / テトラフルオロアルミナ-ト


分子量: 102.975 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: AlF4

-
実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
180S ribosome in complex with mRNA, tRNA and eEF2 in presence of GDP, AlF4 and anti-fungal drug (sordarin)RIBOSOME#1-#840MULTIPLE SOURCES
280S ribosomeCOMPLEX#1-#81, #83-#841NATURAL
3mRNACOMPLEX#821RECOMBINANT
分子量値: 3.4 MDa / 実験値: NO
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
12Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)559292
23Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)559292
由来(組換発現)生物種: synthetic construct (人工物)
緩衝液pH: 7.5
緩衝液成分
ID濃度式Buffer-ID
110 mMHepes-KOH1
25 mMMg(OAc)21
340 mMKOAc1
410 mMNH4Cl1
51 mMDTT1
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K / 詳細: blot force 4, blot waiting time 30 s

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影平均露光時間: 1.5 sec. / 電子線照射量: 60 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
7UCSF Chimeraモデルフィッティング
9PHENIXモデル精密化
13RELION３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 77200 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: OTHER / 空間: REAL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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