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- PDB-6goz: Structure of mEos4b in the green long-lived dark state -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6goz
タイトルStructure of mEos4b in the green long-lived dark state
要素Green to red photoconvertible GFP-like protein EosFP
キーワードFLUORESCENT PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


bioluminescence / generation of precursor metabolites and energy
類似検索 - 分子機能
Green Fluorescent Protein / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein, GFP / Green fluorescent protein-related / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Green to red photoconvertible GFP-like protein EosFP
類似検索 - 構成要素
生物種Lobophyllia hemprichii (オオハナガタサンゴ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.406 Å
データ登録者De Zitter, E. / Adam, V. / Byrdin, M. / Van Meervelt, L. / Dedecker, P. / Bourgeois, D.
資金援助 ベルギー, フランス, 2件
組織認可番号国
Research Foundation - Flanders ベルギー
Grenoble Instruct-ERIC CenterUMS 3518 CNRS-CEA-UGA-EMBL フランス
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2020
タイトル: Mechanistic Investigations of Green mEos4b Reveal a Dynamic Long-Lived Dark State.
著者: De Zitter, E. / Ridard, J. / Thedie, D. / Adam, V. / Levy, B. / Byrdin, M. / Gotthard, G. / Van Meervelt, L. / Dedecker, P. / Demachy, I. / Bourgeois, D.
履歴
登録2018年6月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年11月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年6月24日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 2.02021年9月1日Group: Atomic model / Author supporting evidence ...Atomic model / Author supporting evidence / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Polymer sequence / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / database_2 / entity / entity_poly / entity_poly_seq / pdbx_entity_instance_feature / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_struct_mod_residue / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.formula_weight / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code / _entity_poly_seq.mon_id / _pdbx_entity_instance_feature.auth_comp_id / _pdbx_entity_instance_feature.comp_id / _pdbx_poly_seq_scheme.mon_id / _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_mon_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_ref_seq_dif.mon_id
改定 3.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / struct_conn
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id
改定 3.12024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Green to red photoconvertible GFP-like protein EosFP
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,9335
ポリマ－29,5661
非ポリマー3664
水1,69394
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area940 Å2
ΔGint7 kcal/mol
Surface area10210 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)38.620, 57.660, 102.400
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Green to red photoconvertible GFP-like protein EosFP


分子量: 29566.309 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Lobophyllia hemprichii (オオハナガタサンゴ)
プラスミド: pRSETb / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / Variant (発現宿主): JM109(DE3) / 参照: UniProt: Q5S6Z9
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 94 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.21 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 100 mM HEPES, 30 % PEG 1000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.97903 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年10月25日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97903 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.406→38.285 Å / Num. obs: 8804 / % possible obs: 94.1 % / 冗長度: 3.451 % / Biso Wilson estimate: 32.499 Å2 / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.131 / Rrim(I) all: 0.151 / Χ2: 0.949 / Net I/σ(I): 9.53
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.41-2.473.5210.5512.5822326656340.8810.63995.3
2.47-2.543.3940.4723.1221796666420.9050.55196.4
2.54-2.613.4310.4553.2820766366050.9220.53195.1
2.61-2.693.2650.3833.6319076135840.940.44995.3
2.69-2.783.1510.324.2218566175890.9520.37995.5
2.78-2.883.6380.2835.8220415915610.9660.32594.9
2.88-2.983.4530.2695.8818235605280.9770.31294.3
2.98-3.113.5710.236.8318465465170.9720.26594.7
3.11-3.243.5390.1968.4918125355120.9830.22595.7
3.24-3.43.5630.15710.1817035024780.990.1895.2
3.4-3.593.1410.11911.6314674914670.9890.1495.1
3.59-3.83.6260.10715.2615634594310.990.12393.9
3.8-4.073.6860.08916.4814674253980.9960.10293.6
4.07-4.393.5990.07418.9213934133870.9950.08593.7
4.39-4.813.4830.06720.0612123793480.9970.07791.8
4.81-5.383.130.06617.849893463160.9970.07791.3
5.38-6.213.6480.07816.979962992730.9960.08991.3
6.21-7.613.6160.07717.098572672370.9940.08888.8
7.61-10.763.1470.04523.125982171900.9980.05387.6
10.76-38.2853.3930.03528.123631311070.9970.04181.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.15精密化
XDSVersion June 1, 2017データ削減
XSCALEVersion June 1, 2017データスケーリング
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
PHENIX1.15位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.406→38.285 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 28.33
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2642 881 10.01 %
Rwork0.2015 --
obs0.208 8797 94.03 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 78.93 Å2 / Biso mean: 33.1639 Å2 / Biso min: 14 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.406→38.285 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1784 0 24 94 1902
Biso mean--48.28 34.99 -
残基数----222
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.4061-2.55680.36011450.2801130496
2.5568-2.75410.32951470.2714132095
2.7541-3.03120.27191440.2317129594
3.0312-3.46960.26171480.2028132795
3.4696-4.37030.25121470.1617132894
4.3703-38.2850.2211500.1793134290

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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