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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6gok | ||||||
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タイトル | X-ray structure of the adduct formed upon reaction of bovine pancreatic ribonuclease with a Pd(II) complex bearing N,N-pyridylbenzimidazole derivative with an alkylated sulphonate side chain | ||||||
要素 | Ribonuclease pancreatic | ||||||
キーワード | HYDROLASE / protein-metallodrug interaction / palladium-based drug / N-pyridylbenzimidazole bidentate ligands / stacking / non covalent bond | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 pancreatic ribonuclease / ribonuclease A activity / RNA nuclease activity / nucleic acid binding / lyase activity / defense response to Gram-positive bacterium / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Bos taurus (ウシ) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.65 Å | ||||||
データ登録者 | Merlino, A. / Ferraro, G. | ||||||
引用 | ジャーナル: Dalton Trans / 年: 2018 タイトル: Exploring the interactions between model proteins and Pd(ii) or Pt(ii) compounds bearing charged N,N-pyridylbenzimidazole bidentate ligands by X-ray crystallography. 著者: Ferraro, G. / Mansour, A.M. / Merlino, A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6gok.cif.gz | 63.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6gok.ent.gz | 47.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6gok.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6gok_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6gok_full_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6gok_validation.xml.gz | 12.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6gok_validation.cif.gz | 16.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/go/6gok ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/go/6gok | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 13708.326 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P61823, EC: 3.1.27.5 #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.57 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.1 / 詳細: 20% PEG4000 10 mM sodium citrate buffer pH 5.1 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU SATURN 944 / 検出器: CCD / 日付: 2018年3月12日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.65→72.66 Å / Num. obs: 6649 / % possible obs: 91.1 % / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 12.1 |
反射 シェル | 解像度: 2.65→2.7 Å / 冗長度: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.391 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 286 / CC1/2: 0.834 / % possible all: 79.2 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1fs3 解像度: 2.65→72.66 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.944 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.889 / SU B: 14.123 / SU ML: 0.286 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.404 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 48.959 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 2.65→72.66 Å
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拘束条件 |
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