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- PDB-6go1: Crystal Structure of a Bacillus anthracis peptidoglycan deacetylase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6go1
タイトルCrystal Structure of a Bacillus anthracis peptidoglycan deacetylase
要素Polysaccharide deacetylase-like protein
キーワードHYDROLASE / Peptidoglycan / deacetylase / Bacillus anthracis
機能・相同性
機能・相同性情報


hydrolase activity, acting on carbon-nitrogen (but not peptide) bonds / carbohydrate metabolic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Immunoglobulin-like - #3760 / : / Glycoside hydrolase/deacetylase / NodB homology domain profile. / NodB homology domain / Polysaccharide deacetylase / Glycoside hydrolase/deacetylase, beta/alpha-barrel / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel ...Immunoglobulin-like - #3760 / : / Glycoside hydrolase/deacetylase / NodB homology domain profile. / NodB homology domain / Polysaccharide deacetylase / Glycoside hydrolase/deacetylase, beta/alpha-barrel / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Polysaccharide deacetylase / Polysaccharide deacetylase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus anthracis (炭疽菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.59 Å
データ登録者Giastas, P. / Andreou, A. / Eliopoulos, E.E.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2019
タイトル: The putative polysaccharide deacetylase Ba0331: cloning, expression, crystallization and structure determination.
著者: Andreou, A. / Giastas, P. / Arnaouteli, S. / Tzanodaskalaki, M. / Tzartos, S.J. / Bethanis, K. / Bouriotis, V. / Eliopoulos, E.E.
履歴
登録2018年6月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年4月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年4月17日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc
Item: _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Polysaccharide deacetylase-like protein
B: Polysaccharide deacetylase-like protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,40011
ポリマ－73,8072
非ポリマー5939
水1,856103
1
A: Polysaccharide deacetylase-like protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,2486
ポリマ－36,9031
非ポリマー3455
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Polysaccharide deacetylase-like protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,1525
ポリマ－36,9031
非ポリマー2494
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)41.723, 211.795, 46.784
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 91.820, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 50 through 54 or (resid 55...
21(chain B and (resid 50 through 99 or (resid 100...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11THRTHRILEILE(chain A and (resid 50 through 54 or (resid 55...AA50 - 541 - 5
12THRTHRTHRTHR(chain A and (resid 50 through 54 or (resid 55...AA556
13THRTHRLYSLYS(chain A and (resid 50 through 54 or (resid 55...AA50 - 3671 - 318
14THRTHRLYSLYS(chain A and (resid 50 through 54 or (resid 55...AA50 - 3671 - 318
15THRTHRLYSLYS(chain A and (resid 50 through 54 or (resid 55...AA50 - 3671 - 318
16THRTHRLYSLYS(chain A and (resid 50 through 54 or (resid 55...AA50 - 3671 - 318
17THRTHRLYSLYS(chain A and (resid 50 through 54 or (resid 55...AA50 - 3671 - 318
21THRTHRSERSER(chain B and (resid 50 through 99 or (resid 100...BB50 - 991 - 50
22GLNGLNGLNGLN(chain B and (resid 50 through 99 or (resid 100...BB10051
23THRTHRLYSLYS(chain B and (resid 50 through 99 or (resid 100...BB50 - 3671 - 318
24THRTHRLYSLYS(chain B and (resid 50 through 99 or (resid 100...BB50 - 3671 - 318
25THRTHRLYSLYS(chain B and (resid 50 through 99 or (resid 100...BB50 - 3671 - 318
26THRTHRLYSLYS(chain B and (resid 50 through 99 or (resid 100...BB50 - 3671 - 318

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Polysaccharide deacetylase-like protein / Putative polysaccharide deacetylase yxkH


分子量: 36903.418 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus anthracis (炭疽菌) / 遺伝子: yxkH, BA_0331, BASH2_05488 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0F7RJX5, UniProt: A0A3P1TYX8*PLUS

-
非ポリマー , 5種, 112分子

#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 103 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.06 % / 解説: Rod shaped
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 150 mM lithium sulfate, 100 mM Tris HCl pH 8.0, 5 mM spermidine, 30% w/v PEG 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年12月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.589→45.661 Å / Num. obs: 24772 / % possible obs: 98.62 % / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 49.34 Å2 / Net I/σ(I): 1.36
反射 シェル解像度: 2.589→2.693 Å

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.11.1_2575精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4V33

4v33


解像度: 2.59→45.661 Å / SU ML: 0.39 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 25.38
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2453 1240 5.01 %
Rwork0.1833 --
obs0.1864 24772 98.62 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 137.65 Å2 / Biso mean: 61.0101 Å2 / Biso min: 23.09 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.59→45.661 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5160 0 31 103 5294
Biso mean--75.73 48.4 -
残基数----636
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.015321
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.247190
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.071769
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008937
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d3.8283184
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A2972X-RAY DIFFRACTION5.838TORSIONAL
12B2972X-RAY DIFFRACTION5.838TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 9

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.5897-2.69340.32521220.28372325244788
2.6934-2.81590.34071390.274626412780100
2.8159-2.96440.34451410.271126592800100
2.9644-3.150.30781390.232526402779100
3.15-3.39320.28441380.21326362774100
3.3932-3.73450.22841410.179226592800100
3.7345-4.27460.21951400.153526582798100
4.2746-5.38410.20251390.133926442783100
5.3841-45.66790.20751410.157726702811100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.67011.46430.22971.71740.47012.49810.1833-0.256-0.07-0.6140.0053-0.8214-0.30880.3874-0.2410.90630.16120.08860.4598-0.14060.87831.668-22.503940.8707
22.6048-0.77120.58445.0110.47931.76220.35070.5622-0.7401-0.359-0.4414-0.21670.62730.4733-0.0841.08170.1607-0.05770.5634-0.15141.06627.4669-27.958240.3912
31.45-0.526-1.09281.51740.93621.39650.38160.2457-0.3279-0.8009-0.1652-0.43070.1339-0.0215-0.15130.75140.1687-0.04360.481-0.20450.700324.3924-22.47545.3391
43.17890.27050.13761.8612-0.18382.2398-0.0446-0.3113-0.27580.0010.11390.12270.20830.0671-0.07950.31930.0818-0.00130.3822-0.01590.333511.2508-1.26665.2663
52.57320.3657-0.87253.0030.65570.9080.44640.10310.34720.7353-0.2706-0.1881-0.19160.2287-0.20490.9263-0.1047-0.110.44430.17660.828610.998654.067757.0497
64.7697-2.93372.7742.2026-2.36923.58240.2587-1.1433-0.26120.433-0.2528-0.4837-0.89430.35170.40141.0685-0.2215-0.14860.69390.13461.164815.031761.896863.651
72.57462.1474-0.17314.6071-0.7121.64540.35780.34250.72160.6979-0.1820.0998-0.51020.1454-0.03190.8148-0.1273-0.04050.42120.15550.75729.473758.17255.8542
83.77753.45661.56828.48372.00842.81210.56880.11990.25681.4328-0.2643-0.5757-0.3355-0.0855-0.04470.8596-0.06460.02510.3788-0.01110.6173.267443.513554.2809
97.56033.65481.5828.31831.34196.70590.0920.3665-0.1986-0.4942-0.0397-0.27180.0065-0.5973-0.32880.31580.04250.00630.47540.02480.2959-18.723922.506744.5885
107.4291-4.1233-2.08828.65612.02667.9375-0.19270.5286-0.53830.4823-0.1908-0.18450.6159-0.80350.55030.23220.01680.0260.4609-0.03360.4034-21.99417.238846.0092
115.27211.719-0.25195.54831.17866.7519-0.33160.60651.1741-0.21970.170.5952-0.7996-0.73550.09250.55520.15360.01470.49490.24780.5587-19.830336.149142.7947
122.9587-0.30570.33434.11220.90493.88850.09750.52680.6025-0.2869-0.1763-0.0557-0.5626-0.0061-0.00510.33180.00960.00840.43630.13630.3101-8.223831.446740.6232
132.4470.29330.86053.3158-1.16893.81730.14880.5569-0.1543-0.25480.15350.0551-0.0130.3103-0.27140.29810.0217-0.00820.4898-0.0590.2507-3.916615.963239.8194
143.45911.26682.95356.63952.98636.971-0.40431.39660.3316-0.70060.1159-0.42810.17690.57850.12390.36880.0330.12160.6795-0.030.3783.631119.431936.0878
155.7389-1.5895-0.49873.9356-0.53934.9032-0.09090.05240.30150.3431-0.0582-0.40460.2898-0.11060.01390.2672-0.0247-0.06620.3280.01770.29993.348918.478351.8915
164.97881.59572.6276.78022.20823.09780.4159-0.4402-0.44060.698-0.23220.2796-0.15680.4276-0.16860.5075-0.0214-0.02260.40270.01050.3559-1.38329.089358.5063
178.606-0.6692.98983.1394-0.67142.56220.1471-0.4068-0.21660.341-0.01020.4147-0.4753-0.4902-0.110.37450.0606-0.00260.36330.02250.2962-12.862430.318453.8104
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 50 through 86 )A50 - 86
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 87 through 106 )A87 - 106
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 107 through 154 )A107 - 154
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 155 through 367 )A155 - 367
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 50 through 96 )B50 - 96
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 97 through 106 )B97 - 106
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 107 through 139 )B107 - 139
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 140 through 150 )B140 - 150
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 151 through 162 )B151 - 162
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 163 through 173 )B163 - 173
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 174 through 187 )B174 - 187
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 188 through 245 )B188 - 245
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 246 through 290 )B246 - 290
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 291 through 304 )B291 - 304
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 305 through 329 )B305 - 329
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 330 through 343 )B330 - 343
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'B' and (resid 344 through 367 )B344 - 367

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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