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- PDB-6gnb: Crystal structure of a Ferredoxin-Flavin Thioredoxin Reductase fr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6gnb
タイトルCrystal structure of a Ferredoxin-Flavin Thioredoxin Reductase from Clostridium acetobutylicum at 1.9 A resolution
要素Thioredoxin reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Flavoprotein / thioredoxin reductase
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase activity / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
: / FAD/NAD(P)-binding domain / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase / FAD/NAD(P)-binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / 3-Layer(bba) Sandwich / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TRIETHYLENE GLYCOL / Thioredoxin reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Clostridium acetobutylicum ATCC 824 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.895 Å
データ登録者Buey, R.M. / Fernandez-Justel, D. / Balsera, M.
資金援助 スペイン, 1件
組織認可番号国
Ministry of Economy and CompetitivenessBFU2016-80343-P スペイン
引用ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2018
タイトル: Ferredoxin-linked flavoenzyme defines a family of pyridine nucleotide-independent thioredoxin reductases.
著者: Buey, R.M. / Fernandez-Justel, D. / de Pereda, J.M. / Revuelta, J.L. / Schurmann, P. / Buchanan, B.B. / Balsera, M.
履歴
登録2018年5月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年12月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年1月2日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Thioredoxin reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,2309
ポリマ－31,7071
非ポリマー1,5228
水5,134285
1
A: Thioredoxin reductase
ヘテロ分子

A: Thioredoxin reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,45918
ポリマ－63,4152
非ポリマー3,04516
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area7120 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area26370 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)83.221, 40.942, 81.093
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 103.76, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Thioredoxin reductase


分子量: 31707.396 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Clostridium acetobutylicum ATCC 824 (バクテリア)
遺伝子: CA_C3082 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q97EM8

-
非ポリマー , 5種, 293分子

#2: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: FAD*YM
#3: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#4: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#5: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 285 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.87 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2 M sodium thiocyanate, 0.1 M HEPES pH 7.9, 15% (v/v) pentaerythritol propoxylate (5/4 PO/OH)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.97923 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年11月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97923 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.895→42.93 Å / Num. obs: 46948 / % possible obs: 99.59 % / 冗長度: 6.6 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.1069 / Rrim(I) all: 0.1163 / Net I/σ(I): 10.71
反射 シェル解像度: 1.895→1.963 Å / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 1.482 / Mean I/σ(I) obs: 1.17 / Num. unique obs: 4604 / CC1/2: 0.504 / Rrim(I) all: 1.607 / % possible all: 98.56

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(dev_2666: ???)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6GNA

6gna


解像度: 1.895→40.417 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.2 / 位相誤差: 29.65
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2008 6214 4.93 %
Rwork0.1753 --
obs0.1766 46912 97.32 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.895→40.417 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2149 0 102 285 2536
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0072333
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.013157
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.128860
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.074350
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006395
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.295-1.30970.64562030.61153709X-RAY DIFFRACTION90
1.3097-1.32510.4982120.56583943X-RAY DIFFRACTION95
1.3251-1.34130.4972090.52373836X-RAY DIFFRACTION96
1.3413-1.35830.47371990.4893996X-RAY DIFFRACTION96
1.3583-1.37610.43141870.43033936X-RAY DIFFRACTION96
1.3761-1.3950.4392050.43293908X-RAY DIFFRACTION96
1.395-1.41490.40882150.39533945X-RAY DIFFRACTION96
1.4149-1.43610.39272080.3673954X-RAY DIFFRACTION97
1.4361-1.45850.33282030.32913986X-RAY DIFFRACTION96
1.4585-1.48240.31191970.30353960X-RAY DIFFRACTION97
1.4824-1.5080.30242000.30883951X-RAY DIFFRACTION96
1.508-1.53540.3172150.30644024X-RAY DIFFRACTION98
1.5354-1.56490.28382030.2453929X-RAY DIFFRACTION97
1.5649-1.59690.2252370.21854041X-RAY DIFFRACTION98
1.5969-1.63160.2191980.20813939X-RAY DIFFRACTION97
1.6316-1.66950.22432020.19014049X-RAY DIFFRACTION99
1.6695-1.71130.20882220.18894003X-RAY DIFFRACTION97
1.7113-1.75760.18682100.18084000X-RAY DIFFRACTION98
1.7576-1.80930.21612310.17953933X-RAY DIFFRACTION97
1.8093-1.86770.20921940.17793993X-RAY DIFFRACTION97
1.8677-1.93440.19132110.16324106X-RAY DIFFRACTION99
1.9344-2.01190.2092140.1644080X-RAY DIFFRACTION99
2.0119-2.10340.15422010.1583997X-RAY DIFFRACTION99
2.1034-2.21430.18672110.15454080X-RAY DIFFRACTION99
2.2143-2.35310.19392120.15154036X-RAY DIFFRACTION99
2.3531-2.53470.1661940.1484112X-RAY DIFFRACTION99
2.5347-2.78970.18792220.15384044X-RAY DIFFRACTION99
2.7897-3.19330.21382030.16314081X-RAY DIFFRACTION99
3.1933-4.02260.16232160.13674082X-RAY DIFFRACTION99
4.0226-40.43630.16271800.15014119X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.62080.32570.75881.6063-0.83163.02020.0463-0.11610.01070.1262-0.0910.0201-0.3096-0.05630.00150.172-0.01510.0230.1799-0.01290.21460.674314.087511.5024
21.2433-0.01061.30651.2268-0.43062.90760.1051-0.1119-0.15810.0879-0.0312-0.10250.0828-0.05470.00530.2283-0.02390.01710.2096-0.00430.24693.50886.162620.3138
31.31760.03790.0920.98980.09090.43330.0226-0.3488-0.22460.0007-0.05260.07470.2447-0.18260.00010.2947-0.01740.02430.37510.04750.27814.34635.302234.9666
42.9215-0.27761.59051.34710.25791.87760.1411-0.2492-0.1436-0.067-0.0668-0.5040.20650.22140.00180.25020.00050.04690.340.06330.343724.19875.456731.9996
50.57970.18870.22271.585-0.66541.62350.1040.021-0.1848-0.05630.0033-0.1620.57130.06430.00030.3229-0.0142-0.03380.19720.00320.26654.1652-2.242611.2675
61.0954-0.5130.03151.68220.22991.5920.03950.0691-0.279-0.090.0650.19210.3944-0.38410.08080.1488-0.0752-0.00770.28080.03160.2329-7.55614.44116.8171
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 0 through 57 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 58 through 132 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 133 through 162 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 163 through 217 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 218 through 262 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 263 through 284 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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