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- PDB-6gn5: CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN GRAMD1C START DOMAIN -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6gn5
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN GRAMD1C START DOMAIN
要素GRAM domain-containing protein 1C
キーワードLIPID TRANSPORT / ALPHA/BETA HELIX GRIP FOLD / STEROL BINDING
機能・相同性
機能・相同性情報


endoplasmic reticulum-plasma membrane contact site / cellular response to cholesterol / cholesterol transfer activity / cholesterol binding / membrane => GO:0016020 / endoplasmic reticulum membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
VASt domain / VAD1 Analog of StAR-related lipid transfer domain / VASt domain profile. / domain in glucosyltransferases, myotubularins and other putative membrane-associated proteins / GRAM domain / GRAM domain / PH-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.41 Å
データ登録者Friese, A. / Vetter, I.R.
引用ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2019
タイトル: The cholesterol transfer protein GRAMD1A regulates autophagosome biogenesis.
著者: Laraia, L. / Friese, A. / Corkery, D.P. / Konstantinidis, G. / Erwin, N. / Hofer, W. / Karatas, H. / Klewer, L. / Brockmeyer, A. / Metz, M. / Scholermann, B. / Dwivedi, M. / Li, L. / Rios- ...著者: Laraia, L. / Friese, A. / Corkery, D.P. / Konstantinidis, G. / Erwin, N. / Hofer, W. / Karatas, H. / Klewer, L. / Brockmeyer, A. / Metz, M. / Scholermann, B. / Dwivedi, M. / Li, L. / Rios-Munoz, P. / Kohn, M. / Winter, R. / Vetter, I.R. / Ziegler, S. / Janning, P. / Wu, Y.W. / Waldmann, H.
履歴
登録2018年5月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年6月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年7月3日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / pdbx_database_proc
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22019年7月10日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation_author / pdbx_database_proc / Item: _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32019年12月25日Group: Data collection / カテゴリ: reflns_shell / Item: _reflns_shell.percent_possible_all

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GRAM domain-containing protein 1C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,0346
ポリマ－22,4431
非ポリマー5915
水1,946108
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1960 Å2
ΔGint-72 kcal/mol
Surface area9720 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)31.320, 73.850, 45.340
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 99.310, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 GRAM domain-containing protein 1C


分子量: 22443.025 Da / 分子数: 1 / 断片: STEROL BINDING START DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GRAMD1C, UNQ2543/PRO6095 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8IYS0
#2: 化合物
ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 108 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.8 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 40% MPD 10% PEG8000 0.1M HEPES PH 7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.97793 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年2月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.41→44.7 Å / Num. obs: 39116 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.69 % / Biso Wilson estimate: 25.653 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.056 / Rrim(I) all: 0.061 / Net I/σ(I): 14.76
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsRrim(I) all% possible all
1.41-1.456.380.8641.6828170.93897.6
1.45-1.490.6512.3328240.706100
1.49-1.530.5112.927120.556100
1.53-1.580.3933.7326820.42899.8
1.58-1.630.3135.0125710.338100
1.63-1.690.256.1724960.2799.6
1.69-1.750.1977.9924230.213100
1.75-1.820.15110.3323220.164100
1.82-1.90.12112.6521960.13199.6
1.9-1.990.09315.9521150.10299.8
1.99-2.10.07820.5220580.084100
2.1-2.230.06624.3819150.072100
2.23-2.380.06126.517970.066100
2.38-2.570.05928.2616720.06499.9
2.57-2.820.05328.8615500.05899.9
2.82-3.150.04534.7613990.04999.4
3.15-3.640.03937.7112360.042100
3.64-4.460.03439.1210610.03799.9
4.46-6.310.03738.468120.0499.1
6.31-44.70.03940.614580.04299.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
XSCALEデータスケーリング
CRANK2位相決定
精密化解像度: 1.41→38.267 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.28 / SU ML: 0.12 / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 20.88 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2052 1948 4.98 %
Rwork0.1825 37141 -
obs0.1837 39089 99.82 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 67.09 Å2 / Biso mean: 24.4441 Å2 / Biso min: 10.21 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.41→38.267 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1464 0 40 108 1612
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.4104-1.44570.27471320.27752593272598
1.4457-1.48480.25151390.24526432782100
1.4848-1.52850.24121360.223626172753100
1.5285-1.57780.26491400.211526712811100
1.5778-1.63420.22991430.202726532796100
1.6342-1.69960.21391320.197126452777100
1.6996-1.7770.21231420.177426292771100
1.777-1.87070.19671400.18726632803100
1.8707-1.98790.20371440.181226622806100
1.9879-2.14130.19821370.173826512788100
2.1413-2.35680.21191400.179726742814100
2.3568-2.69770.19521390.191726712810100
2.6977-3.39850.2171420.183126592801100
3.3985-38.28110.18561420.163927102852100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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