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万見
- PDB-6gn3: Racemic crystal structure of A-DNA duplex formed from d(CCCGGG) i... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6gn3
タイトルRacemic crystal structure of A-DNA duplex formed from d(CCCGGG) in space group P21/n
要素DNA (5'-D(*CP*CP*CP*GP*GP*G)-3')
キーワードDNA / Racemate
機能・相同性: / trimethylamine oxide / DNA
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Mandal, P.K. / Collie, G.W. / Kauffmann, B. / Huc, I.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
European Research CouncilERC-2012-AdG-320892 フランス
引用
ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2022
タイトル: Racemic crystal structures of A-DNA duplexes.
著者: Mandal, P.K. / Collie, G.W. / Kauffmann, B. / Huc, I.
履歴
登録2018年5月29日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年9月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年9月25日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: pdbx_database_related / Item: _pdbx_database_related.details
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年6月12日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA (5'-D(*CP*CP*CP*GP*GP*G)-3')
B: DNA (5'-D(*CP*CP*CP*GP*GP*G)-3')
C: DNA (5'-D(*CP*CP*CP*GP*GP*G)-3')
D: DNA (5'-D(*CP*CP*CP*GP*GP*G)-3')
E: DNA (5'-D(*CP*CP*CP*GP*GP*G)-3')
F: DNA (5'-D(*CP*CP*CP*GP*GP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,31513
ポリマ－10,8616
非ポリマー4547
水1448
1
A: DNA (5'-D(*CP*CP*CP*GP*GP*G)-3')
B: DNA (5'-D(*CP*CP*CP*GP*GP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,9056
ポリマ－3,6202
非ポリマー2844
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: DNA (5'-D(*CP*CP*CP*GP*GP*G)-3')
D: DNA (5'-D(*CP*CP*CP*GP*GP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,7154
ポリマ－3,6202
非ポリマー942
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
E: DNA (5'-D(*CP*CP*CP*GP*GP*G)-3')
F: DNA (5'-D(*CP*CP*CP*GP*GP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,6963
ポリマ－3,6202
非ポリマー751
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)48.883, 41.430, 71.958
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 97.47, 90.00
Int Tables number14
Space group name H-MP121/n1

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要素

#1: DNA鎖
DNA (5'-D(*CP*CP*CP*GP*GP*G)-3')


分子量: 1810.205 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Racemic DNA / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: 化合物
ChemComp-TMO / trimethylamine oxide


分子量: 75.110 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H9NO
#3: 化合物 ChemComp-CO / COBALT (II) ION


分子量: 58.933 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Co
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.02 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: Ammonium sulfate, MES buffer, cobalt chloride / PH範囲: 6.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 150 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-X / 波長: 1.5417 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 200K / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年8月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5417 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→31.49 Å / Num. obs: 6839 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 1.9 % / Biso Wilson estimate: 49.82 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.0729 / Rrim(I) all: 0.1032 / Net I/σ(I): 11.19
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.3393 / Mean I/σ(I) obs: 2.47 / Num. unique obs: 685 / CC1/2: 0.924 / Rrim(I) all: 0.4799 / % possible all: 99

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1VT5

1vt5


解像度: 2.8→31.49 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 27.46
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3182 683 10.04 %Random
Rwork0.2795 ---
obs0.2836 6804 98.81 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 49.17 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→31.49 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 720 23 8 751
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.007820
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5611254
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.448336
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.03138
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00336
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.8001-3.01610.52961360.41871215X-RAY DIFFRACTION99
3.0161-3.31940.35161380.31681238X-RAY DIFFRACTION99
3.3194-3.7990.37091380.28681242X-RAY DIFFRACTION100
3.799-4.78360.27941340.26081197X-RAY DIFFRACTION97
4.7836-31.49470.23491370.22761229X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.70380.4675-2.14351.3106-0.89392.782-0.3152-1.0104-0.36270.01250.07920.06870.1856-0.84990.22610.35310.0018-0.00670.592-0.02640.2583-75.7742-42.697910.9239
22.4552-1.9581-0.88852.4201-0.46932.4010.4423-0.29950.0514-0.32240.162-0.219-0.4071-0.2319-0.49640.2665-0.04880.04190.4473-0.06610.1929-76.2885-35.89287.6057
30.45470.20110.1167.5213.35771.4992-0.0306-0.48790.39251.19160.17620.30020.6101-0.036-0.19970.43860.04270.05910.5856-0.1190.354-83.5464-26.577621.4134
44.3861-2.4889-1.91366.22040.98690.8360.7586-0.25350.6116-0.6477-0.3827-0.6136-0.1652-0.8474-0.40170.4528-0.06680.11930.6519-0.13990.3052-81.1072-22.886415.4779
57.0431-0.37131.22212.6586-0.89234.0655-0.08350.2260.3844-0.2176-0.41430.8003-0.2828-0.65430.41920.55-0.01-0.11590.5569-0.13310.477-68.9895-23.097627.8493
62.50622.84280.94993.54071.17731.3635-0.18931.77790.0866-0.35380.1837-0.0983-0.10721.0060.41050.3322-0.0389-0.10251.2569-0.02090.4812-65.6542-25.117121.7371
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 6 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'B' and (resid 7 through 12 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'C' and (resid 1 through 6 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'D' and (resid 7 through 12 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'E' and (resid 1 through 6 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'F' and (resid 7 through 12 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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