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- PDB-6gld: Intercalation of [Ru(TAP)2(11-Br-dppz)]2+ bound to d(TCGGCGCCGA)2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6gld
タイトルIntercalation of [Ru(TAP)2(11-Br-dppz)]2+ bound to d(TCGGCGCCGA)2
要素d(TCGGCGCCGA)2
キーワードDNA / Ruthenium / intercalation / asymmetric
機能・相同性: / Chem-F3K / DNA
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.061 Å
データ登録者McQuaid, K.T. / Hall, J.P. / Cardin, C.J.
資金援助 英国, 3件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research CouncilBB/K019279/1 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research CouncilBB/M004635/1 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research CouncilBB/P021328/1 英国
引用ジャーナル: Chemistry / 年: 2018
タイトル: X-ray Crystal Structures Show DNA Stacking Advantage of Terminal Nitrile Substitution in Ru-dppz Complexes.
著者: McQuaid, K. / Hall, J.P. / Brazier, J.A. / Cardin, D.J. / Cardin, C.J.
履歴
登録2018年5月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年6月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年7月31日Group: Data collection / Derived calculations
カテゴリ: diffrn_source / pdbx_struct_assembly ...diffrn_source / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count ..._diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression / _pdbx_struct_assembly_prop.value
改定 1.22019年8月28日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.32024年5月15日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: d(TCGGCGCCGA)2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,0103
ポリマ－3,0461
非ポリマー9642
水1,51384
1
B: d(TCGGCGCCGA)2
ヘテロ分子

B: d(TCGGCGCCGA)2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,0206
ポリマ－6,0922
非ポリマー1,9284
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
Buried area1680 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area4620 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.136, 42.136, 39.092
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-262-

HOH

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要素

#1: DNA鎖 d(TCGGCGCCGA)2


分子量: 3045.992 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: 化合物 ChemComp-BA / BARIUM ION / バリウムジカチオン


分子量: 137.327 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ba
#3: 化合物 ChemComp-F3K / Ruthenium (bis-(tetraazaphenanthrene)) (11-bromo-dipyridophenazine)


分子量: 826.628 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C38H21BrN12Ru / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 84 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.82 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 125 uM d(TCGGCGCCGA)2, 750 uM rac-[Ru(TAP)2(11-CN-dppz)]Cl2, 7.5% v/v MPD, 30 mM pH 7 sodium cacodylate, 9 mM spermine tetrahydrochloride, 60 mM KCl and 15 mM BaCl2, all equilibrated against ...詳細: 125 uM d(TCGGCGCCGA)2, 750 uM rac-[Ru(TAP)2(11-CN-dppz)]Cl2, 7.5% v/v MPD, 30 mM pH 7 sodium cacodylate, 9 mM spermine tetrahydrochloride, 60 mM KCl and 15 mM BaCl2, all equilibrated against 500 uL of 35% v/v MPD.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年2月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.06→39.12 Å / Num. obs: 16081 / % possible obs: 97.4 % / Observed criterion σ(F): 0.066 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 20.9 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.151 / Rpim(I) all: 0.032 / Rrim(I) all: 0.155 / Net I/σ(I): 12.1
反射 シェル解像度: 1.06→2.88 Å / 冗長度: 9.1 % / Rmerge(I) obs: 0.847 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 596 / CC1/2: 0.457 / Rpim(I) all: 0.282 / Rrim(I) all: 0.897 / % possible all: 74.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575: ???)精密化
DIALSデータ削減
DIALSデータスケーリング
xia2データスケーリング
SHELXCD位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.061→29.795 Å / SU ML: 0.11 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 20.01
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1584 1622 5.51 %Random Selection
Rwork0.1493 ---
obs0.1499 29454 96.66 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.061→29.795 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 202 53 84 339
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01356
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.407569
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d27.635106
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.07139
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.01216
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.0606-1.09180.3426830.35681750X-RAY DIFFRACTION73
1.0918-1.12710.31471070.31292128X-RAY DIFFRACTION88
1.1271-1.16730.2331170.24182416X-RAY DIFFRACTION99
1.1673-1.21410.221550.22222373X-RAY DIFFRACTION100
1.2141-1.26930.18791740.19412376X-RAY DIFFRACTION100
1.2693-1.33630.21171280.17092398X-RAY DIFFRACTION100
1.3363-1.420.17571280.15862424X-RAY DIFFRACTION100
1.42-1.52960.1151540.14552371X-RAY DIFFRACTION100
1.5296-1.68350.1561330.13642411X-RAY DIFFRACTION100
1.6835-1.92710.15551810.1362373X-RAY DIFFRACTION100
1.9271-2.42780.14421420.1312379X-RAY DIFFRACTION100
2.4278-29.80650.14071200.12282433X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 13.0655 Å / Origin y: 8.5684 Å / Origin z: 2.6009 Å
111213212223313233
T0.0841 Å2-0.0046 Å2-0.0053 Å2-0.0792 Å2-0.0007 Å2--0.1511 Å2
L4.1617 °2-1.0129 °23.8061 °2-0.9856 °2-0.9671 °2--5.2116 °2
S-0.0602 Å °-0.0907 Å °0.0248 Å °-0.0599 Å °0.0277 Å °0.0833 Å °-0.0559 Å °-0.0963 Å °0.0448 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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