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万見
- PDB-6gl6: apo [FeFe]-hydrogenase HydA1 from Chlamydomonas reinhardtii, vari... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6gl6
タイトルapo [FeFe]-hydrogenase HydA1 from Chlamydomonas reinhardtii, variant C377H
要素Fe-hydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / [FeFe]-hydrogenase / iron sulfur cluster binding
機能・相同性
機能・相同性情報


1.18.99.1 / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / oxidoreductase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Rossmann fold - #1780 / Fe-only Hydrogenase (Larger Subunit); Chain L, domain 3 / Fe-only Hydrogenase (Larger Subunit); Chain L, domain 3 / Iron hydrogenase, small subunit / : / Iron hydrogenase small subunit / Iron hydrogenase small subunit / Iron hydrogenase, large subunit, C-terminal / Iron hydrogenase / Iron only hydrogenase large subunit, C-terminal domain ...Rossmann fold - #1780 / Fe-only Hydrogenase (Larger Subunit); Chain L, domain 3 / Fe-only Hydrogenase (Larger Subunit); Chain L, domain 3 / Iron hydrogenase, small subunit / : / Iron hydrogenase small subunit / Iron hydrogenase small subunit / Iron hydrogenase, large subunit, C-terminal / Iron hydrogenase / Iron only hydrogenase large subunit, C-terminal domain / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
IRON/SULFUR CLUSTER / SULFITE ION / Fe-hydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Kertess, L. / Happe, T. / Hofmann, E.
資金援助 ドイツ, 2件
組織認可番号国
German Research FoundationEXC1069 ドイツ
German Research FoundationDIP Programme (LU 315/17-1) ドイツ
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2019
タイトル: His-Ligation to the [4Fe-4S] Subcluster Tunes the Catalytic Bias of [FeFe] Hydrogenase.
著者: Rodriguez-Macia, P. / Kertess, L. / Burnik, J. / Birrell, J.A. / Hofmann, E. / Lubitz, W. / Happe, T. / Rudiger, O.
履歴
登録2018年5月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年12月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年5月1日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / database_PDB_rev ...citation / database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / pdbx_database_proc
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年5月15日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fe-hydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,4266
ポリマ－48,9131
非ポリマー5135
水6,720373
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1010 Å2
ΔGint-50 kcal/mol
Surface area17260 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.730, 70.730, 155.900
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-917-

HOH

21A-963-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Fe-hydrogenase / Iron hydrogenase / Iron-hydrogenase HydA1


分子量: 48912.727 Da / 分子数: 1 / 変異: C377H / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
遺伝子: hyd1, HYD1, hydA, hydA1, CHLRE_03g199800v5, CHLREDRAFT_183963
プラスミド: pET21b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): DiscR / 参照: UniProt: Q9FYU1, 1.18.99.1

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非ポリマー , 5種, 378分子

#2: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物 ChemComp-SO3 / SULFITE ION / 亜硫酸アニオン


分子量: 80.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 373 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.56 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 0.1 M MES, 12% PEG 4000, 0.6 M NaCl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.97625 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年2月4日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→19.905 Å / Num. obs: 80746 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 9.975 % / Biso Wilson estimate: 29.27 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.121 / Rrim(I) all: 0.128 / Χ2: 0.958 / Net I/σ(I): 11.6 / Num. measured all: 805470 / Scaling rejects: 34
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.8-1.8510.0982.0081.2460163595959580.4772.116100
1.85-1.910.011.6651.5558168581258110.5491.756100
1.9-1.959.8731.3471.9856195569256920.6761.422100
1.95-2.019.9251.022.7454734551655150.7811.077100
2.01-2.089.6910.8063.5152101537953760.8790.85299.9
2.08-2.158.9670.5824.746037514251340.9280.61899.8
2.15-2.2310.1430.4826.0650574498649860.9550.509100
2.23-2.3210.0960.3627.7247734472847280.9760.382100
2.32-2.4310.0680.2829.4946835465246520.9830.297100
2.43-2.5510.0470.22711.1843985437843780.9870.239100
2.55-2.689.7530.17712.9840594416741620.9920.18799.9
2.68-2.859.7730.12916.4938800398039700.9940.13699.7
2.85-3.0410.7260.10620.2139709370237020.9970.111100
3.04-3.2910.6090.08424.0236622345234520.9980.089100
3.29-3.610.3680.0728.0633095319231920.9980.074100
3.6-4.029.2610.06328.5426282284428380.9980.06799.8
4.02-4.6510.5650.05833.1426899254725460.9990.061100
4.65-5.6910.5150.05833.4122618215121510.9980.061100
5.69-8.059.3680.05832.6415466165616510.9980.06199.7
8.05-19.90510.3980.05838.8788599118520.9970.06193.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX位相決定
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.8→19.905 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 21.06 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1968 4056 5.02 %
Rwork0.1694 76685 -
obs0.1708 80741 99.95 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 122.86 Å2 / Biso mean: 40.831 Å2 / Biso min: 19.97 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.8→19.905 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3076 0 15 373 3464
Biso mean--30.07 44.42 -
残基数----406
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0053161
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9614285
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.036478
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004555
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.5021179
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 29 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
1.8-1.82120.32561380.297426472785
1.8212-1.84340.3481320.282326032735
1.8434-1.86670.30911440.283226882832
1.8667-1.89120.27531440.277526172761
1.8912-1.91710.30941400.273326692809
1.9171-1.94450.30871400.279826492789
1.9445-1.97350.32451320.267926572789
1.9735-2.00430.27011400.250126042744
2.0043-2.03710.2571340.236926692803
2.0371-2.07220.24661440.23126152759
2.0722-2.10990.23041380.205126742812
2.1099-2.15040.23011360.190226872823
2.1504-2.19420.21791360.193526182754
2.1942-2.24190.19831380.182426022740
2.2419-2.2940.25181280.17226642792
2.294-2.35120.20461540.156426762830
2.3512-2.41470.19191420.156226382780
2.4147-2.48560.20841360.157126322768
2.4856-2.56570.18111360.158926442780
2.5657-2.65720.20851420.166226302772
2.6572-2.76330.23681360.161726432779
2.7633-2.88870.18671480.172526182766
2.8887-3.04050.21751380.159826612799
3.0405-3.23030.18951340.157526852819
3.2303-3.47850.16631460.144926272773
3.4785-3.82630.21121420.141626522794
3.8263-4.37480.1531460.127426492795
4.3748-5.49260.14491490.133526382787
5.4926-19.90610.15241430.183526292772

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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