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万見
- PDB-6gkw: Crystal structure of the R-type bacteriocin sheath protein CD1363... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6gkw
タイトルCrystal structure of the R-type bacteriocin sheath protein CD1363 from Clostridium difficile in the pre-assembled state
要素Putative phage XkdK-like protein
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / Diffocin Sheath
機能・相同性Tail sheath protein, subtilisin-like domain / Phage tail sheath protein subtilisin-like domain / Tail sheath protein, C-terminal domain / Phage tail sheath C-terminal domain / Phage XkdK-like protein
機能・相同性情報
生物種Peptoclostridium difficile (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Schwemmlein, N. / Pippel, J. / Gazdag, E.M. / Blankenfeldt, W.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
Volkswagen FoundationVWZN2889/3215/3266. ドイツ
引用ジャーナル: Front Microbiol / 年: 2018
タイトル: Crystal Structures of R-Type Bacteriocin Sheath and Tube Proteins CD1363 and CD1364 FromClostridium difficilein the Pre-assembled State.
著者: Schwemmlein, N. / Pippel, J. / Gazdag, E.M. / Blankenfeldt, W.
履歴
登録2018年5月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年8月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年8月29日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22024年11月6日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative phage XkdK-like protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,7701
ポリマ－39,7701
非ポリマー00
水3,243180
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: SAXS
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area16070 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)75.935, 47.878, 112.500
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 92.250, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Putative phage XkdK-like protein


分子量: 39769.746 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Peptoclostridium difficile (strain 630) (バクテリア)
株: 630 / 遺伝子: CD630_13630 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q18BN0
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 180 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.75 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 1.0 M Lithium chloride, 0.1 M Tris pH 8.0, 20% (w/v) PEG 6000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年6月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→40.49 Å / Num. obs: 32088 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 13.5 % / Biso Wilson estimate: 33.46 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.085 / Rpim(I) all: 0.024 / Rrim(I) all: 0.088 / Net I/σ(I): 21.5
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / 冗長度: 13.3 %

解像度 (Å)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
1.9-1.941.50720870.7260.4211.56699.8
9.11-40.490.043160.9990.0110.04299.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.6.3データスケーリング
PHENIXdev_3112精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
XDSデータ削減
AutoSol位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.9→38.352 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.1
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2485 1671 5.21 %
Rwork0.2131 --
obs0.2149 32078 99.79 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 191.67 Å2 / Biso mean: 56.5317 Å2 / Biso min: 20.28 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.9→38.352 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2697 0 0 180 2877
Biso mean---45.59 -
残基数----351
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 12

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.9-1.9560.36221500.316625082658100
1.956-2.01910.27861300.2962488261899
2.0191-2.09120.34121370.281825202657100
2.0912-2.1750.29731380.252925292667100
2.175-2.27390.25921570.235724792636100
2.2739-2.39380.27121340.230325452679100
2.3938-2.54380.27521430.228225132656100
2.5438-2.74010.28421230.237125262649100
2.7401-3.01580.2691520.228525412693100
3.0158-3.45190.24661370.220725642701100
3.4519-4.34810.21431470.179125412688100
4.3481-38.35940.21631230.182726532776100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.90430.3054-0.75451.4809-1.24733.466-0.354-1.8557-0.23070.2417-0.0993-0.06830.37140.57450.02970.42810.0168-0.02741.1198-0.02630.357311.4873-1.628336.6958
26.46431.3831-0.37382.8273-0.20971.860.1271-1.33520.98750.1987-0.08710.25320.02280.06240.05560.3284-0.04280.01170.561-0.25470.4101-3.57433.660232.8582
32.34391.1067-0.46613.3492-0.00494.6643-0.125-0.0207-0.1135-0.15870.02420.19460.2015-0.33380.03760.2412-0.0145-0.03010.1299-0.01820.172717.41959.65312.2625
43.3898-0.8754-0.3374.3660.46910.2119-0.29370.09390.39770.1458-0.2463-0.011-1.4324-0.04140.41470.80040.0076-0.05780.23960.01760.326819.092127.06892.7216
54.32514.78850.0656.4088-0.48122.93570.046-0.13590.2249-0.1410.03180.84410.242-0.54840.01510.3076-0.038-0.01820.28610.00940.40768.60379.94512.3789
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 4 through 61 )A4 - 61
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 62 through 248 )A62 - 248
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 249 through 311 )A249 - 311
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 312 through 328 )A312 - 328
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 329 through 354)A329 - 354

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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