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万見
- PDB-6gkr: Crystal structure of branched-chain amino acid aminotransferase f... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6gkr
タイトルCrystal structure of branched-chain amino acid aminotransferase from Thermobaculum terrenum in PLP-form (holo-form)
要素Branched-chain-amino-acid aminotransferase
キーワードTRANSFERASE / branched-chain / aminotransferase / PLP / PMP / transaminase / thermophlic / dimer / Thermobaculum terrenum
機能・相同性
機能・相同性情報


L-leucine:2-oxoglutarate aminotransferase activity / branched-chain-amino-acid transaminase / L-leucine transaminase activity / L-valine transaminase activity / L-isoleucine transaminase activity / L-leucine biosynthetic process / valine biosynthetic process / isoleucine biosynthetic process / amino acid biosynthetic process
類似検索 - 分子機能
Branched-chain amino acid aminotransferase I / D-amino Acid Aminotransferase; Chain A, domain 2 / D-amino Acid Aminotransferase, subunit A, domain 2 / Aminotransferase class IV / Aminotransferase-like, PLP-dependent enzymes / Branched-chain-amino-acid aminotransferase-like, N-terminal / Branched-chain-amino-acid aminotransferase-like, C-terminal / Amino-transferase class IV / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / Branched-chain-amino-acid aminotransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.19 Å
データ登録者Boyko, K.M. / Bezsudnova, E.Y. / Nikolaeva, A.Y. / Zeifman, Y.S. / Rakitina, T.V. / Popov, V.O.
資金援助 ロシア, 1件
組織認可番号国
Russian Science Foundation14-24-00172 ロシア
引用ジャーナル: Biochimie / 年: 2018
タイトル: Biochemical and structural insights into PLP fold type IV transaminase from Thermobaculum terrenum.
著者: Bezsudnova, E.Y. / Boyko, K.M. / Nikolaeva, A.Y. / Zeifman, Y.S. / Rakitina, T.V. / Suplatov, D.A. / Popov, V.O.
履歴
登録2018年5月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年9月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年11月14日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.version
改定 1.22019年1月16日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.32019年1月23日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.42024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Branched-chain-amino-acid aminotransferase
B: Branched-chain-amino-acid aminotransferase
C: Branched-chain-amino-acid aminotransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)110,1539
ポリマ－109,2823
非ポリマー8716
水8,737485
1
A: Branched-chain-amino-acid aminotransferase
B: Branched-chain-amino-acid aminotransferase
C: Branched-chain-amino-acid aminotransferase
ヘテロ分子

A: Branched-chain-amino-acid aminotransferase
B: Branched-chain-amino-acid aminotransferase
C: Branched-chain-amino-acid aminotransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)220,30618
ポリマ－218,5636
非ポリマー1,74312
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_556x,-y,-z+11
Buried area29650 Å2
ΔGint-176 kcal/mol
Surface area58200 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)102.509, 146.610, 119.570
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-669-

HOH

21B-649-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13B
23C

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: GLU / Beg label comp-ID: GLU / End auth comp-ID: GLY / End label comp-ID: GLY / Refine code: _ / Auth seq-ID: 6 - 310 / Label seq-ID: 5 - 309

Dom-IDEns-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
11AA
21BB
12AA
22CC
13BB
23CC

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

-
要素

#1: タンパク質 Branched-chain-amino-acid aminotransferase / BCAT


分子量: 36427.219 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798 (バクテリア)
遺伝子: ilvE, Tter_1720 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: D1CCW1, branched-chain-amino-acid transaminase
#2: 化合物 ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate / ピリドキサ-ル5′-りん酸


分子量: 247.142 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H10NO6P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 485 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.16 %
結晶化温度: 293 K / 手法: liquid diffusion / pH: 7.5 / 詳細: HEPES 0.1M pH 7.5; Sodium chloride 3.4M

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年6月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.19→84.01 Å / Num. obs: 45692 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 4.4 % / CC1/2: 0.99 / Rrim(I) all: 0.172 / Net I/σ(I): 7
反射 シェル解像度: 2.19→2.26 Å / 冗長度: 4.2 % / CC1/2: 0.661 / Rrim(I) all: 0.884 / % possible all: 99

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ削減
MOLREP位相決定
REFMAC5.8.0222精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
Aimlessデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6GKP

6gkp
PDB 未公開エントリ


解像度: 2.19→84.01 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.94 / SU B: 6.529 / SU ML: 0.158 / SU R Cruickshank DPI: 0.2992 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.299 / ESU R Free: 0.198 / 詳細: U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2058 2301 5 %RANDOM
Rwork0.1593 ---
obs0.1617 43383 98.01 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.7 Å / 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å
原子変位パラメータBiso max: 135.76 Å2 / Biso mean: 30.27 Å2 / Biso min: 14.39 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.03 Å2-0 Å20 Å2
2--1.93 Å2-0 Å2
3----1.96 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.19→84.01 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7398 0 51 485 7934
Biso mean--31.68 31.53 -
残基数----920
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0127696
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6041.65110457
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.2355917
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg28.88820.063477
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.162151240
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.9961587
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1130.2988
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.025889
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.08 Å / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数
11A10103
12B10103
21A10079
22C10079
31B10066
32C10066
LS精密化 シェル解像度: 2.19→2.247 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.294 181 -
Rwork0.243 3160 -
all-3341 -
obs--98.88 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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