+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4zul | |||||||||
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Title | Structure ALDH7A1 complexed with alpha-aminoadipate | |||||||||
Components | Alpha-aminoadipic semialdehyde dehydrogenase | |||||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / ALDEHYDE DEHYDROGENASE / NAD / LYSINE CATABOLISM | |||||||||
Function / homology | Function and homology information L-aminoadipate-semialdehyde dehydrogenase / L-aminoadipate-semialdehyde dehydrogenase activity / Choline catabolism / choline catabolic process / betaine-aldehyde dehydrogenase / betaine-aldehyde dehydrogenase activity / glycine betaine biosynthetic process from choline / Lysine catabolism / cellular aldehyde metabolic process / glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (NAD+) (non-phosphorylating) activity ...L-aminoadipate-semialdehyde dehydrogenase / L-aminoadipate-semialdehyde dehydrogenase activity / Choline catabolism / choline catabolic process / betaine-aldehyde dehydrogenase / betaine-aldehyde dehydrogenase activity / glycine betaine biosynthetic process from choline / Lysine catabolism / cellular aldehyde metabolic process / glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (NAD+) (non-phosphorylating) activity / aldehyde dehydrogenase (NAD+) / aldehyde dehydrogenase (NAD+) activity / sensory perception of sound / mitochondrial matrix / mitochondrion / extracellular exosome / identical protein binding / nucleus / cytosol Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Homo sapiens (human) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.76 Å | |||||||||
Authors | Luo, M. / Tanner, J.J. | |||||||||
Citation | Journal: Biochemistry / Year: 2015 Title: Structural Basis of Substrate Recognition by Aldehyde Dehydrogenase 7A1. Authors: Luo, M. / Tanner, J.J. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4zul.cif.gz | 1.5 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4zul.ent.gz | 1.2 MB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4zul.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zu/4zul ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zu/4zul | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 4zukC 4zvwC 4zvxC 4zvyC 2j6lS C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 55620.367 Da / Num. of mol.: 8 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: ALDH7A1, ATQ1 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) References: UniProt: P49419, L-aminoadipate-semialdehyde dehydrogenase, aldehyde dehydrogenase (NAD+), betaine-aldehyde dehydrogenase #2: Chemical | ChemComp-PGE / #3: Chemical | ChemComp-UN1 / #4: Chemical | #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.23 Å3/Da / Density % sol: 44.82 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8 Details: The reservoir contained 0.1 M MgCl2, 0.1 M sodium acetate trihydrate, 0.1 M Tris-HCl pH 8.0, and 20% w/v PEG 4000. The protein stock solution contained 3 mg/mL ALDH7A1 and 50 millimolar alpha-aminoadipate. PH range: 8 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 19-ID / Wavelength: 0.9791 Å | |||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Jun 22, 2014 | |||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9791 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.76→47.86 Å / Num. obs: 381768 / % possible obs: 99.4 % / Redundancy: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 20.35 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.066 / Rpim(I) all: 0.04 / Net I/σ(I): 12.3 / Num. measured all: 1405606 / Scaling rejects: 1 | |||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / Rejects: 0
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 2J6L Resolution: 1.76→41.789 Å / SU ML: 0.2 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.97 / Phase error: 21.38 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 69.81 Å2 / Biso mean: 24.8804 Å2 / Biso min: 10.45 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.76→41.789 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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