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- PDB-6gki: Structure of E coli MlaC in Variously Loaded States -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6gki
タイトルStructure of E coli MlaC in Variously Loaded States
要素Probable phospholipid-binding protein MlaC
キーワードLIPID TRANSPORT / Lipid Transfer Outer Membranes
機能・相同性Tgt2/MlaC superfamily / Toluene tolerance Ttg2/phospholipid-binding protein MlaC / MlaC protein / intermembrane phospholipid transfer / phospholipid transport / outer membrane-bounded periplasmic space / BROMIDE ION / Intermembrane phospholipid transport system binding protein MlaC
機能・相同性情報
生物種Escherichia coli K-12 (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.23 Å
データ登録者Knowles, T.J. / Lovering, A.L.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research CouncilBB/P009840/1 英国
引用ジャーナル: Nat Microbiol / 年: 2019
タイトル: Evidence for phospholipid export from the bacterial inner membrane by the Mla ABC transport system.
著者: Hughes, G.W. / Hall, S.C.L. / Laxton, C.S. / Sridhar, P. / Mahadi, A.H. / Hatton, C. / Piggot, T.J. / Wotherspoon, P.J. / Leney, A.C. / Ward, D.G. / Jamshad, M. / Spana, V. / Cadby, I.T. / ...著者: Hughes, G.W. / Hall, S.C.L. / Laxton, C.S. / Sridhar, P. / Mahadi, A.H. / Hatton, C. / Piggot, T.J. / Wotherspoon, P.J. / Leney, A.C. / Ward, D.G. / Jamshad, M. / Spana, V. / Cadby, I.T. / Harding, C. / Isom, G.L. / Bryant, J.A. / Parr, R.J. / Yakub, Y. / Jeeves, M. / Huber, D. / Henderson, I.R. / Clifton, L.A. / Lovering, A.L. / Knowles, T.J.
履歴
登録2018年5月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年4月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年9月4日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22019年10月2日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Probable phospholipid-binding protein MlaC
B: Probable phospholipid-binding protein MlaC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,54913
ポリマ－45,6582
非ポリマー89111
水1,35175
1
A: Probable phospholipid-binding protein MlaC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,3087
ポリマ－22,8291
非ポリマー4796
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Probable phospholipid-binding protein MlaC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,2416
ポリマ－22,8291
非ポリマー4125
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)105.290, 105.290, 96.410
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-411-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLN / Beg label comp-ID: GLN / End auth comp-ID: THR / End label comp-ID: THR / Refine code: _ / Auth seq-ID: 24 - 206 / Label seq-ID: 3 - 185

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

-
要素

#1: タンパク質 Probable phospholipid-binding protein MlaC


分子量: 22828.830 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 遺伝子: mlaC, yrbC, b3192, JW3159 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0ADV7
#2: 化合物
ChemComp-BR / BROMIDE ION / ブロミド


分子量: 79.904 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: Br
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 75 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.26 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: seed grown in (0.1M Na Cacodylate pH 6.5, 2M ammonium sulphate, 0.2M NaCl) seed transferred to drop of (0.09M NaF/Br/I, 0.1M Tris/bicine pH 8.5, 20% glycerol, 10% PEG 4000)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.97951 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年2月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97951 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.23→52.64 Å / Num. obs: 30115 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 18.6 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.113 / Rpim(I) all: 0.027 / Rrim(I) all: 0.117 / Net I/σ(I): 17.9 / Num. measured all: 559345
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
2.23-2.2912.12.49219780.490.7222.60389
9.97-52.6416.20.0383980.9990.0090.03999.5

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5.8.0216精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5UWA

5uwa


解像度: 2.23→52.64 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.944 / SU B: 14.017 / SU ML: 0.157 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.199 / ESU R Free: 0.179
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2364 1573 5.2 %RANDOM
Rwork0.197 ---
obs0.1991 28511 98.66 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.7 Å / 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1 Å
原子変位パラメータBiso max: 141.72 Å2 / Biso mean: 62.722 Å2 / Biso min: 40.61 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.25 Å20.63 Å20 Å2
2--1.25 Å2-0 Å2
3----4.06 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.23→52.64 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2985 0 16 75 3076
Biso mean--96.08 56.47 -
残基数----370
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.023119
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022882
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5711.9614244
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.81136713
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.0795382
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.22924.737152
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.60815545
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.0551520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0910.2461
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0213484
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02616
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 5502 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.15 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 2.23→2.288 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.399 82 -
Rwork0.349 1886 -
all-1968 -
obs--88.69 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.03250.13831.08620.55820.54893.11330.19080.0148-0.2243-0.0197-0.0237-0.10970.07820.1258-0.16710.02170.0007-0.01510.01380.00460.041664.54327.22434.02
21.15390.2744-0.75041.9440.80715.19350.1549-0.05020.0509-0.06740.0367-0.167-0.16960.2153-0.19160.1855-0.02880.03880.0121-0.01740.084542.6087.85149.031
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A23 - 207
2X-RAY DIFFRACTION2B24 - 208

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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