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- PDB-6gjk: A degradation product of PD 404182 (P2742) bound to Histone Deace... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6gjk
タイトルA degradation product of PD 404182 (P2742) bound to Histone Deacetylase-like Amidohydrolase
要素Histone deacetylase-like amidohydrolase
キーワードHYDROLASE / HDAH / HDAC / P2742 / PD 404182 / HISTONE DEACETYLASE-LIKE AMIDOHYDROLASE / HISTONE DEACETYLASE / covalent modification
機能・相同性
機能・相同性情報


加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 鎖状アミドに作用 / hydrolase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Histone deacetylase domain / Arginase; Chain A / : / Histone deacetylase family / Histone deacetylase domain / Histone deacetylase domain superfamily / Histone deacetylase domain / Ureohydrolase domain superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / 2-(1,4,5,6-tetrahydropyrimidin-2-yl)benzenethiol / : / D-MALATE / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Histone deacetylase-like amidohydrolase
類似検索 - 構成要素
生物種Alcaligenaceae bacterium FB188 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.47 Å
データ登録者Kraemer, A. / Meyer-Almes, F.J.
引用ジャーナル: Biochim Biophys Acta Gen Subj / 年: 2019
タイトル: Covalent inhibition of histone deacetylase 8 by 3,4-dihydro-2H-pyrimido[1,2-c][1,3]benzothiazin-6-imine.
著者: Muth, M. / Jansch, N. / Kopranovic, A. / Kramer, A. / Wossner, N. / Jung, M. / Kirschhofer, F. / Meyer-Almes, F.J.
履歴
登録2018年5月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年1月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年1月23日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Histone deacetylase-like amidohydrolase
B: Histone deacetylase-like amidohydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,92923
ポリマ－80,5072
非ポリマー2,42221
水14,952830
1
A: Histone deacetylase-like amidohydrolase
B: Histone deacetylase-like amidohydrolase
ヘテロ分子

A: Histone deacetylase-like amidohydrolase
B: Histone deacetylase-like amidohydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)165,85746
ポリマ－161,0144
非ポリマー4,84442
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565-x,-y+1,z1
Buried area20120 Å2
ΔGint-187 kcal/mol
Surface area42340 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)100.680, 100.680, 175.530
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number94
Space group name H-MP42212

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Histone deacetylase-like amidohydrolase / HDAH


分子量: 40253.480 Da / 分子数: 2 / 変異: H257P / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Alcaligenaceae bacterium FB188 (バクテリア)
遺伝子: hdaH, hdaH1 / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌)
参照: UniProt: Q70I53, 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 鎖状アミドに作用

-
非ポリマー , 8種, 851分子

#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#4: 化合物 ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル


分子量: 238.278 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22O6 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#6: 化合物
ChemComp-F0Z / 2-(1,4,5,6-tetrahydropyrimidin-2-yl)benzenethiol / 2-(2-メルカプトフェニル)-1,4,5,6-テトラヒドロピリミジン


分子量: 192.281 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H12N2S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#8: 化合物 ChemComp-MLT / D-MALATE / (2R)-2-HYDROXYBUTANEDIOIC ACID / 2-HYDROXY-SUCCINIC ACID / D-りんご酸


分子量: 134.087 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O5
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 830 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 56 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.25 / 詳細: 0.1 M Malate-Imidazole buffer pH 5.25, 4 % PEG400

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.99988 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年11月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99988 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.47→87.77 Å / Num. obs: 152110 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.1 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.146 / Rpim(I) all: 0.06 / Net I/σ(I): 10.6
反射 シェル解像度: 1.47→1.5 Å / CC1/2: 0.791 / Rpim(I) all: 0.409

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
MOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5G1A

5g1a


解像度: 1.47→87.77 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.975 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.966 / SU B: 2.388 / SU ML: 0.039 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.06 / ESU R Free: 0.056 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.17446 7459 4.9 %RANDOM
Rwork0.14442 ---
obs0.14591 144560 99.94 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 16.193 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.34 Å2-0 Å20 Å2
2--0.34 Å20 Å2
3----0.69 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.47→87.77 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5533 0 144 830 6507
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0195921
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.025362
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4621.968032
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.973.00112380
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0875758
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.49423.216255
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.76715842
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.8251543
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0850.2870
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0216755
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021224
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.5731.3873007
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.571.3873005
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.0082.0893772
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.0082.093773
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.3051.6512914
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.3051.6512915
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.7272.3674261
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined3.81919.3196900
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other3.58618.8496797
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.695311280
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free28.3625489
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded10.37511473
LS精密化 シェル解像度: 1.473→1.511 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.256 539 -
Rwork0.228 10559 -
obs--99.82 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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