PDB-6gho: Crystal structure of Spx in complex with YjbH

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6gho

タイトル

Crystal structure of Spx in complex with YjbH

要素

Regulatory protein Spx
UPF0413 protein GK0824

キーワード

PROTEIN BINDING / Regulatory protein spx Adaptor protein YjbH

機能・相同性

機能・相同性情報

negative regulation of DNA-templated transcription / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)

Geobacillus kaustophilus HTA426 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.79 Å

データ登録者

Awad, W. / Logan, D.T. / von Wachenfeldt, C.

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2019
タイトル: Structural Basis for YjbH Adaptor-Mediated Recognition of Transcription Factor Spx.
著者: Awad, W. / Al-Eryani, Y. / Ekstrom, S. / Logan, D.T. / von Wachenfeldt, C.

履歴

登録	2018年5月8日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2019年4月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年6月19日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / pdbx_database_proc / Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first
改定 1.2	2024年10月23日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6gho.cif.gz	182 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6gho.ent.gz	144.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6gho.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6gho_validation.pdf.gz	432.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6gho_full_validation.pdf.gz	438.3 KB	表示
XML形式データ	6gho_validation.xml.gz	18.7 KB	表示
CIF形式データ	6gho_validation.cif.gz	27 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gh/6gho ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gh/6gho	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6ghbC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2ip4-2 1gso-d 2ip4-1 6ghb-2 6ghb-1 2rjb-3 4d7a-1 4ej5-d 4a69-1 3usi-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Regulatory protein Spx

B: UPF0413 protein GK0824

ヘテロ分子

49.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	52.100, 85.340, 109.530
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Regulatory protein Spx 分子量: 15638.970 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌) 遺伝子: spxA, yjbD, BSU11500 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Star / 参照: UniProt: O31602
#2: タンパク質	UPF0413 protein GK0824 分子量: 33716.727 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Geobacillus kaustophilus HTA426 (バクテリア) 遺伝子: GK0824 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Star / 参照: UniProt: Q5L1S1
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 248 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.47 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.14 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: PEG 3350, MgCl2 and Bis-Tris pH 6.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I911-3 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年9月8日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.79→42.7 Å / Num. obs: 46753 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5.1 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.043 / R_rim(I) all: 0.047 / Net I/σ(I): 20.43
反射シェル	解像度: 1.79→1.85 Å / 冗長度: 5 % / Mean I/σ(I) obs: 1.91 / Num. unique obs: 4619 / CC_1/2: 0.719 / R_rim(I) all: 0.943 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.13_2998: ???)	精密化
Coot		モデル構築
XDS		データスケーリング
PHENIX		位相決定
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.79→42.67 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 23.05

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2214	2000	4.28 %
R_work	0.1866	-	-
obs	0.1881	46747	99.89 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.79→42.67 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3196	0	1	248	3445

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	3307
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.776	4490
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	19.8	2044
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.047	499
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	580

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.79-1.8348	0.2635	139	0.2642	3123	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8348-1.8844	0.2558	142	0.2531	3157	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8844-1.9399	0.2878	140	0.2314	3158	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9399-2.0025	0.2495	142	0.2187	3165	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0025-2.074	0.2712	142	0.2046	3167	X-RAY DIFFRACTION	100
2.074-2.1571	0.2197	140	0.1977	3142	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1571-2.2552	0.2524	142	0.192	3181	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2552-2.3741	0.2254	143	0.1939	3193	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3741-2.5229	0.2377	141	0.1884	3165	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5229-2.7176	0.2276	143	0.1986	3189	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7176-2.9911	0.2679	143	0.195	3206	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9911-3.4237	0.2273	145	0.1927	3235	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4237-4.3129	0.1803	145	0.1638	3257	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3129-42.6821	0.2067	153	0.1741	3409	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.1263	0.605	-0.478	3.1348	-3.8368	4.7275	-0.2112	-0.5758	0.2839	1.0733	-0.0401	-0.5942	-0.5269	0.2861	0.2178	0.4296	0.0101	-0.0135	0.3745	-0.1459	0.2971	31.2409	44.7909	89.0182
2	1.8455	-0.7545	0.1707	3.5096	-0.7902	1.5244	-0.0884	-0.3448	0.3059	0.0418	0.162	0.4368	-0.3696	-0.2039	-0.0674	0.2358	0.0218	0.0311	0.2859	-0.065	0.2757	20.863	43.6145	77.0538
3	1.8227	0.3918	0.4814	2.7767	0.0524	2.0643	-0.0723	-0.1586	-0.0547	-0.0511	0.0221	-0.3728	0.0887	0.2482	0.0474	0.1783	0.0245	0.0354	0.2458	0.0489	0.2362	37.8497	23.2192	79.4069
4	1.7266	0.9383	1.5175	1.7072	0.8071	2.1698	-0.1437	-0.0414	0.4929	-0.4846	-0.0387	0.2449	-0.6008	0.1187	0.0947	0.5067	-0.0494	-0.0139	0.3222	-0.041	0.3491	18.1975	41.9326	56.7209
5	0.0409	-0.1023	-0.4914	-0.0597	-0.0125	2.7165	0.566	0.4777	0.094	-0.9528	0.3812	-1.4242	-0.0813	0.5106	-0.4082	0.7668	-0.0401	0.2332	0.8908	0.165	1.0569	36.3196	53.4406	57.8262
6	2.0899	0.6619	0.6289	3.6034	0.4069	1.5117	0.0101	0.1216	0.26	-0.1854	-0.0721	-0.2178	-0.3466	-0.1052	-0.0661	0.5097	-0.0503	-0.0358	0.2477	-0.0062	0.3102	23.7697	47.5617	60.5358
7	0.9496	-0.4576	0.3107	1.6881	-0.3848	2.3449	0.0806	-0.0544	-0.5049	-0.2032	-0.0315	-0.3423	0.2559	-0.1525	0.1317	0.2877	-0.0633	-0.0719	0.2392	0.0416	0.3469	17.7275	22.8582	62.6369
8	2.6697	-0.8027	-0.2179	3.2962	0.5602	1.3389	0.038	-0.1658	0.1742	-0.2354	0.0482	-0.1493	-0.0358	0.0155	-0.0928	0.1651	-0.0136	0.0424	0.1934	0.02	0.2129	29.4008	25.5745	74.7094
9	-0.1383	-0.044	-0.0276	-0.0856	0.0124	-0.0058	0.2454	-1.1157	0.0879	0.5364	0.1025	0.5958	-0.2052	-0.8862	-0.0735	0.8752	0.2183	0.2342	1.1127	-0.1926	0.9069	16.0531	32.6143	94.2757
10	1.6265	-0.3728	1.204	3.6577	-0.8372	2.7811	-0.0754	-0.4665	0.0532	0.5069	0.0468	0.1386	-0.25	-0.2542	0.0504	0.2709	0.003	0.0434	0.3462	-0.0674	0.2178	28.4074	34.5252	89.4228

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'B' and (resid 142 through 157 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'B' and (resid 158 through 187 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'B' and (resid 188 through 294 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 0 through 61 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 62 through 75 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 76 through 100 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 101 through 125 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 21 through 63 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 64 through 77 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 78 through 141 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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